More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1176 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_1176  Ribonuclease H  100 
 
 		 196 aa  394  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.593352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1460  ribonuclease HII  100 
 
 		 196 aa  394  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  56.38 
 
 		 201 aa  188  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  55.38 
 
 		 201 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38850  ribonuclease HII  55.43 
 
 		 207 aa  187  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234048  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1324  ribonuclease HII  54.55 
 
 		 191 aa  186  2e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1327  ribonuclease HII  53.98 
 
 		 191 aa  184  5e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4934  ribonuclease HII  59.55 
 
 		 235 aa  184  5e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207973  normal  0.116655 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1115  ribonuclease HII  53.55 
 
 		 213 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3039  ribonuclease HII  55.91 
 
 		 208 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982104  normal  0.582676 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2583  ribonuclease HII  54.05 
 
 		 199 aa  181  7e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.584045  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1548  ribonuclease HII  52.94 
 
 		 217 aa  180  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1160  ribonuclease HII  53.51 
 
 		 207 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1837  ribonuclease HII  54.46 
 
 		 240 aa  179  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  55.25 
 
 		 218 aa  179  2.9999999999999997e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4068  ribonuclease HII  52.97 
 
 		 207 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0312759 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2022  ribonuclease H  51.87 
 
 		 201 aa  177  7e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1237  ribonuclease HII  56.28 
 
 		 209 aa  177  8e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2571  ribonuclease HII  56.28 
 
 		 209 aa  177  8e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.480513  normal  0.0641 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  48.37 
 
 		 211 aa  177  9e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0668  ribonuclease H  53.01 
 
 		 199 aa  177  1e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0544972  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4172  ribonuclease HII  52.97 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709481  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1605  ribonuclease HII  52.97 
 
 		 207 aa  175  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.388739  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2613  ribonuclease HII  54.4 
 
 		 240 aa  175  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  48.91 
 
 		 212 aa  174  6e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0554  Ribonuclease H  55.85 
 
 		 214 aa  174  8e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.14554 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1357  ribonuclease HII  52.43 
 
 		 218 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00181  ribonuclease HII  50.8 
 
 		 198 aa  172  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0135226  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1175  Ribonuclease H  52.69 
 
 		 202 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0721  ribonuclease HII  51.63 
 
 		 198 aa  172  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1428  ribonuclease HII  51.11 
 
 		 202 aa  172  1.9999999999999998e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.982643  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3477  ribonuclease HII  50.8 
 
 		 198 aa  172  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000111932  normal  0.110141 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00180  hypothetical protein  50.8 
 
 		 198 aa  172  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.010735  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1492  ribonuclease HII  51.11 
 
 		 202 aa  172  1.9999999999999998e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1837  ribonuclease HII  48.91 
 
 		 206 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2534  ribonuclease H  50.51 
 
 		 227 aa  172  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2441  ribonuclease HII  51.1 
 
 		 248 aa  171  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal  0.0206101 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0252  ribonuclease HII  50.8 
 
 		 198 aa  171  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.653457 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0252  ribonuclease HII  50.8 
 
 		 198 aa  171  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.553168 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0256  ribonuclease HII  50.8 
 
 		 198 aa  171  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0268  ribonuclease HII  50.8 
 
 		 198 aa  171  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.443462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0271  ribonuclease HII  50.8 
 
 		 198 aa  171  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.259033  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0154  RNase HII  53.89 
 
 		 198 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  hitchhiker  0.0000294513 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1772  ribonuclease HII  55.56 
 
 		 208 aa  170  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1696  ribonuclease HII  51.38 
 
 		 248 aa  170  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915201  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2413  ribonuclease HII  51.93 
 
 		 207 aa  170  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0194  ribonuclease HII  50.8 
 
 		 198 aa  169  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00608058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1357  ribonuclease HII  48.39 
 
 		 211 aa  169  2e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0703  ribonuclease H  52.22 
 
 		 269 aa  169  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.076303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0193  ribonuclease HII  50.8 
 
 		 198 aa  169  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.614653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0176  ribonuclease HII  50.8 
 
 		 198 aa  169  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0723713  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3420  Ribonuclease H  50.8 
 
 		 198 aa  168  4e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00118566  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0185  ribonuclease HII  50.8 
 
 		 198 aa  168  4e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000292767  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3151  ribonuclease HII  51.1 
 
 		 198 aa  168  4e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0033757  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0799  RNase HII  56.22 
 
 		 204 aa  168  4e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0187  ribonuclease HII  50.8 
 
 		 198 aa  168  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000269157  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2681  ribonuclease HII  54.44 
 
 		 199 aa  167  8e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.474695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1204  ribonuclease HII  53.04 
 
 		 268 aa  167  1e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000113775  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1850  RNase HII  55.21 
 
 		 198 aa  167  1e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1452  ribonuclease HII  53.8 
 
 		 209 aa  167  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1481  Ribonuclease H  54.64 
 
 		 226 aa  166  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.581957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1568  ribonuclease HII  50.54 
 
 		 214 aa  166  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0878508  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1286  ribonuclease H  50 
 
 		 199 aa  166  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1418  ribonuclease HII  52.43 
 
 		 236 aa  165  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal  0.0561712 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5315  ribonuclease HII  51.65 
 
 		 214 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.120662  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1271  ribonuclease HII  51.37 
 
 		 210 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.329181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2621  ribonuclease HII  48.15 
 
 		 208 aa  165  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.322497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1324  ribonuclease HII  52.49 
 
 		 249 aa  165  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0444833  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2966  ribonuclease HII  50.82 
 
 		 198 aa  165  4e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.208356  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  47.8 
 
 		 203 aa  165  5e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6072  ribonuclease HII  51.65 
 
 		 214 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.236887  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2005  ribonuclease HII  51.65 
 
 		 214 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2025  ribonuclease HII  51.65 
 
 		 214 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1027  ribonuclease HII  50.27 
 
 		 198 aa  164  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3421  ribonuclease HII  50.27 
 
 		 198 aa  164  6.9999999999999995e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.329934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2038  ribonuclease HII  51.1 
 
 		 217 aa  164  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.886397  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1080  ribonuclease HII  50.27 
 
 		 198 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1907  ribonuclease HII  51.1 
 
 		 217 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3346  ribonuclease HII  50 
 
 		 198 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.114641  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1407  Ribonuclease H  50.53 
 
 		 204 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2002  ribonuclease HII  54.17 
 
 		 207 aa  162  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2568  ribonuclease HII  51.87 
 
 		 214 aa  161  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.446358  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0955  ribonuclease HII  49.45 
 
 		 198 aa  161  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0144418  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3776  ribonuclease HII  48.94 
 
 		 197 aa  162  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0312514  hitchhiker  0.00441554 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1478  ribonuclease H  48.33 
 
 		 255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2422  ribonuclease HII  51.87 
 
 		 214 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000428257  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1313  ribonuclease HII  51.87 
 
 		 214 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00162066  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1541  ribonuclease HII  51.87 
 
 		 214 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0283248  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2041  ribonuclease HII  51.34 
 
 		 214 aa  160  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000010241  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1516  RNase HII  50 
 
 		 193 aa  160  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3270  ribonuclease HII  51.87 
 
 		 214 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000737319  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2041  ribonuclease HII  51.87 
 
 		 214 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00230414  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2478  ribonuclease HII  51.87 
 
 		 214 aa  160  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0544675  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1756  ribonuclease HII  54.8 
 
 		 196 aa  159  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.384083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3147  ribonuclease HII  46.28 
 
 		 213 aa  159  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.236655  normal  0.0126167 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1569  ribonuclease HII  43.28 
 
 		 217 aa  159  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1292  ribonuclease HII  51.89 
 
 		 232 aa  158  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.060784  normal  0.581124 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1449  ribonuclease HII  49.19 
 
 		 226 aa  158  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000143368  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1284  ribonuclease HII  51.11 
 
 		 212 aa  158  5e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.103887  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2164  ribonuclease HII  53.3 
 
 		 203 aa  158  6e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.159466  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>