189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0429 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0429  glycosyl transferase family protein  100 
 
 
380 aa  733    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2724  glycosyl transferase family protein  42.9 
 
 
354 aa  211  2e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.291211 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3967  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  25.14 
 
 
352 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00179779  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5002  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  25.14 
 
 
352 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0026899  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3841  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  25.14 
 
 
352 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196072  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4057  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  24.86 
 
 
352 aa  67.8  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245519  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4133  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  25.42 
 
 
340 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000187228  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0079  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  25.42 
 
 
340 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00999711  hitchhiker  0.0000104869 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03489  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  24.04 
 
 
352 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.339394  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03441  hypothetical protein  25.42 
 
 
340 aa  66.2  0.0000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.331205  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3715  hypothetical protein  26.03 
 
 
382 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1535  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  25.14 
 
 
346 aa  65.1  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0626  glycosyl transferase family protein  21.18 
 
 
340 aa  62.8  0.000000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0429094  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3011  glycosyl transferase family protein  30.71 
 
 
381 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0169965  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0170  lipopolysaccharide heptosyltransferase III  23.3 
 
 
361 aa  59.7  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.792363  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2239  glycosyl transferase family protein  27.15 
 
 
431 aa  58.5  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1870  heptosyltransferase family protein  24.58 
 
 
352 aa  57.8  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0073  lipopolysaccharide heptosyltransferase III  24.23 
 
 
356 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0372  glycosyl transferase family protein  32.98 
 
 
369 aa  57.4  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3391  glycosyl transferase family protein  20 
 
 
409 aa  57.4  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17200  glycosyl transferase family 9  24.16 
 
 
360 aa  57.4  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4048  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  22.99 
 
 
356 aa  56.6  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.52837  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3940  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  22.99 
 
 
356 aa  56.6  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.465225  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4110  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  22.99 
 
 
356 aa  56.6  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0371925  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4003  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  23.61 
 
 
356 aa  56.2  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.043966  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0149  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  36.52 
 
 
341 aa  56.2  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3215  glycosyl transferase family protein  23.97 
 
 
347 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3922  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  22.99 
 
 
356 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0304832  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3991  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  30 
 
 
348 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3948  ADP-heptose:LPS heptosyl transferase I  33.61 
 
 
323 aa  55.5  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4036  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  30 
 
 
348 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3929  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  30 
 
 
348 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3910  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  30 
 
 
348 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0446452 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0491  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  23.42 
 
 
354 aa  55.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0359  glycosyl transferase family protein  36.59 
 
 
402 aa  55.1  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3949  lipopolysaccharide heptosyltransferase III  23.82 
 
 
361 aa  54.7  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4097  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  30 
 
 
348 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5595  glycosyl transferase family 9  26.62 
 
 
356 aa  54.7  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.421623  normal  0.389921 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0205  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  33.78 
 
 
331 aa  53.9  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0684  putative ADP-heptose--LPS heptosyltransferaseii  29.3 
 
 
341 aa  53.9  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.182742 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4375  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  23.44 
 
 
356 aa  53.5  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0454  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  33.68 
 
 
341 aa  53.1  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.788826  normal  0.709845 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0389  glycosyl transferase family 9  22.73 
 
 
330 aa  53.1  0.000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3282  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  29.8 
 
 
341 aa  53.1  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0473  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  28.85 
 
 
341 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0828  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  32.63 
 
 
346 aa  52.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0115  ADP-heptose:LPS heptosyl transferase I  37.5 
 
 
328 aa  52.4  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0486  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  28.85 
 
 
341 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109958  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3683  glycosyl transferase family protein  32.65 
 
 
403 aa  52.8  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.761404  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3562  glycosyl transferase family protein  35.65 
 
 
326 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0907  glycosyl transferase family 9  26.92 
 
 
382 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4047  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  29.33 
 
 
348 aa  51.2  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000910947  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4386  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  37.89 
 
 
415 aa  51.2  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0149  glycosyl transferase family 9  28.42 
 
 
352 aa  51.2  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0112  heptosyltransferase  32.79 
 
 
335 aa  51.2  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0772  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  24.24 
 
 
359 aa  51.2  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2616  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase II  32.29 
 
 
346 aa  51.2  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2725  glycosyl transferase family protein  25.5 
 
 
346 aa  51.2  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.756386  normal  0.0898734 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0063  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  28.77 
 
 
354 aa  51.2  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.877737  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0093  heptosyltransferase  24.12 
 
 
335 aa  50.8  0.00004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.283951  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3702  glycosyl transferase family 9  35.65 
 
 
408 aa  50.8  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1612  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase II  28.19 
 
 
346 aa  50.8  0.00004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1820  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  22.77 
 
 
343 aa  50.8  0.00004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0069  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  28.77 
 
 
354 aa  50.4  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.270694  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4147  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  28.77 
 
 
354 aa  50.4  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4383  glycosyl transferase family protein  29.41 
 
 
390 aa  50.4  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.764481  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1263  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase II  24.23 
 
 
343 aa  49.7  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1552  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  30.26 
 
 
353 aa  49.7  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2105  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase  30.23 
 
 
351 aa  49.7  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0081  heptosyltransferase family protein  30.23 
 
 
351 aa  49.7  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0197496  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03477  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  33.33 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000025219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0085  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  33.33 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000038978  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0229  glycosyl transferase family 9  23.49 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0565  ADP-heptose--lipopolysaccharide heptosyltransferase II protein  30.09 
 
 
341 aa  49.3  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.995222  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1824  glycosyl transferase family 9  29.8 
 
 
390 aa  48.9  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3628  glycosyl transferase family 9  34.78 
 
 
362 aa  49.3  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3957  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  33.33 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000313085  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3516  putative lipopolysaccharide heptosyltransferase III  33.02 
 
 
387 aa  49.3  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4993  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  28.67 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000211589  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3831  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  33.33 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000276456  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4123  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  33.33 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0437858  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03428  hypothetical protein  33.33 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000123646  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1775  lipopolysaccharide heptosyltransferase III, putative  25.87 
 
 
389 aa  48.9  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0175609  normal  0.113724 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0852  putative lipopolysaccharide heptosyltransferase III  33.02 
 
 
387 aa  49.3  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3647  lipopolysaccharide heptosyltransferase III  33.02 
 
 
397 aa  49.3  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0089  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  33.33 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000834595  normal  0.156713 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03478  ADP-heptose:LPS heptosyl transferase I  37.5 
 
 
326 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00734996  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0084  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  37.5 
 
 
319 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00990907  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0157  glycosyl transferase family protein  30.3 
 
 
382 aa  48.1  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03429  hypothetical protein  37.5 
 
 
300 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00616403  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4994  ADP-heptose:LPS heptosyl transferase I  37.5 
 
 
330 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3958  ADP-heptose:LPS heptosyl transferase I  37.5 
 
 
323 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0259947  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0116  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  32.99 
 
 
348 aa  48.1  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2606  lipopolysaccharide biosynthesis protein  36.08 
 
 
357 aa  48.5  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.21938  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0366  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  31.37 
 
 
349 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3832  ADP-heptose:LPS heptosyl transferase I  37.5 
 
 
323 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000019224  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3149  glycosyl transferase family protein  27.96 
 
 
366 aa  48.1  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00459  lipopolysaccharide heptosyltransferase-1, putative  23.96 
 
 
359 aa  48.1  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4048  ADP-heptose:LPS heptosyl transferase I  35.64 
 
 
326 aa  48.5  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000904915  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0088  ADP-heptose:LPS heptosyl transferase I  37.5 
 
 
323 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0341266  normal  0.158006 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>