More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1870 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1870  heptosyltransferase family protein  100 
 
 
352 aa  714    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0576  glycosyl transferase family protein  30.18 
 
 
331 aa  140  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0860  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  27.06 
 
 
339 aa  124  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0772  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  29.54 
 
 
359 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3215  glycosyl transferase family protein  28.02 
 
 
347 aa  117  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18890  Three-deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase domain protein  28.53 
 
 
779 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000185158  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1197  glycosyl transferase family protein  32 
 
 
323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0375  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  30.65 
 
 
362 aa  110  5e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.66681 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1263  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase II  29.01 
 
 
343 aa  108  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0377  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.99 
 
 
352 aa  106  8e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0009  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  29.67 
 
 
349 aa  103  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1069  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  31.67 
 
 
356 aa  103  5e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.327087 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3035  glycosyl transferase family 9  28.78 
 
 
341 aa  103  5e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.128179 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1297  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  30.7 
 
 
357 aa  103  5e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0491  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.51 
 
 
354 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3089  glycosyl transferase family 9  25.22 
 
 
330 aa  100  3e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1264  heptosyl transferase I  30.14 
 
 
350 aa  99.8  7e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18880  lipopolysaccharide heptosyltransferase III, putative  24.32 
 
 
348 aa  99  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0347069  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0800  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  27.9 
 
 
353 aa  97.4  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4359  glycosyl transferase family protein  29.51 
 
 
381 aa  97.1  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.114677  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0510  glycosyl transferase family 9  23.86 
 
 
345 aa  96.7  5e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0370  lipopolysaccharide heptosyltransferase III, putative  26.43 
 
 
352 aa  95.9  9e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.911139 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0229  glycosyl transferase family 9  24.22 
 
 
348 aa  95.1  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44850  lipopolysaccharide heptosyltransferase I, waaC  29.57 
 
 
354 aa  95.9  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.721697  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4832  lipopolysaccharide heptosyltransferase III, putative  27.09 
 
 
360 aa  95.5  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.329757  hitchhiker  0.0000441962 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0565  ADP-heptose--lipopolysaccharide heptosyltransferase II protein  26.25 
 
 
341 aa  94  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.995222  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5003  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase II  28.11 
 
 
344 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2345  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.77 
 
 
359 aa  93.6  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0473  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.76 
 
 
341 aa  94  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2100  glycosyl transferase family protein  29.18 
 
 
361 aa  93.6  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1852  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  28.18 
 
 
343 aa  92.8  9e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0337  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase II  28.18 
 
 
343 aa  92.8  9e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0520  glycosyl transferase family protein  27.14 
 
 
344 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5670  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase II  30.61 
 
 
354 aa  92.4  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.170483 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2514  glycosyl transferase family protein  27.33 
 
 
333 aa  91.7  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.566705  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3411  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.17 
 
 
368 aa  91.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3841  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  26.17 
 
 
352 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196072  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5002  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  26.17 
 
 
352 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0026899  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03489  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  26.17 
 
 
352 aa  91.3  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.339394  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0849  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  25.7 
 
 
360 aa  90.5  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.539129  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1820  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  25.79 
 
 
343 aa  90.9  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4057  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  25.84 
 
 
352 aa  89.7  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245519  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1796  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  35.85 
 
 
314 aa  89.7  7e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0153252 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0486  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.18 
 
 
341 aa  89.7  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109958  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4735  glycosyl transferase family protein  29.33 
 
 
404 aa  89.4  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2614  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  28.91 
 
 
332 aa  89.4  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.82358  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3967  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  25.84 
 
 
352 aa  89.4  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00179779  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3226  glycosyl transferase family protein  28.61 
 
 
364 aa  88.6  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44860  lipopolysaccharide heptosyltransferase II- LPS biosynthesis, waaF  28.25 
 
 
349 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.57864  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2713  lipopolysaccharide heptosyltransferase-1, putative  26.61 
 
 
349 aa  88.2  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0465  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.84 
 
 
344 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3406  glycosyl transferase family 9  29.09 
 
 
337 aa  88.6  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03441  hypothetical protein  25.95 
 
 
340 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.331205  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4133  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  25.95 
 
 
340 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000187228  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0079  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  25.95 
 
 
340 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00999711  hitchhiker  0.0000104869 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0282  glycosyl transferase family 9  25.66 
 
 
350 aa  87  4e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4862  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.12 
 
 
349 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1433  heptosyltransferase family protein  24.79 
 
 
372 aa  86.7  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.561852  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2795  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  28.91 
 
 
332 aa  86.7  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0545  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.09 
 
 
340 aa  86.7  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0086605  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0579  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  27.06 
 
 
347 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0417722 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0507  glycosyl transferase family protein  26.36 
 
 
406 aa  86.7  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2700  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  28.91 
 
 
332 aa  86.7  6e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.257964  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2822  glycosyl transferase family 9  26.99 
 
 
357 aa  86.3  8e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1688  glycosyl transferase family protein  30.28 
 
 
318 aa  86.3  8e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0593754 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0578  glycosyl transferase family protein  27.4 
 
 
302 aa  85.9  9e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0366  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  25.71 
 
 
349 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3090  glycosyl transferase family 9  25.52 
 
 
344 aa  85.5  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1613  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  28.1 
 
 
358 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.938574  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2581  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  31.78 
 
 
332 aa  85.1  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0315509  normal  0.0579279 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2256  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase II, putative  27.46 
 
 
356 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.253661  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0341  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  25.71 
 
 
349 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.455159  normal  0.818708 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0369  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  25.71 
 
 
349 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.489126 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0389  glycosyl transferase family 9  23.39 
 
 
330 aa  85.1  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3025  heptosyltransferase family protein  26.01 
 
 
517 aa  84  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0742  ADP-heptose--LPS heptosyltransferase II  26.24 
 
 
393 aa  84.3  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.010597  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1991  glycosyl transferase family protein  26.95 
 
 
351 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.010394  normal  0.201882 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0069  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  26.3 
 
 
354 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.270694  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0114  lipopolysaccharide heptosyltransferase III, putative  24.28 
 
 
367 aa  84.3  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4147  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  26.3 
 
 
354 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0063  ADP-heptose:LPS heptosyltransferase II  26.01 
 
 
354 aa  83.6  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.877737  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3214  glycosyl transferase family 9  25.08 
 
 
367 aa  83.6  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.360505  normal  0.269759 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0093  heptosyltransferase  25.71 
 
 
335 aa  83.2  0.000000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.283951  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3375  glycosyl transferase family protein  32.12 
 
 
317 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0684  putative ADP-heptose--LPS heptosyltransferaseii  27.98 
 
 
341 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.182742 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0152  lipopolysaccharide heptosyltransferase III, putative  27.97 
 
 
367 aa  82.8  0.000000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3940  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  24.32 
 
 
356 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.465225  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0965  lipopolysaccharide heptosyltransferase III  28.76 
 
 
392 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199318  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4048  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  24.32 
 
 
356 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.52837  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3922  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  24.23 
 
 
356 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0304832  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5746  lipopolysaccharide heptosyltransferase I  27.41 
 
 
355 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.887327  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1482  heptosyltransferase family protein  26.49 
 
 
344 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000479014  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1430  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.44 
 
 
359 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.433095 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0828  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  26.92 
 
 
346 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4110  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  24.32 
 
 
356 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0371925  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2252  heptosyltransferase family protein  28.29 
 
 
370 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.548459  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0670  ADP-heptoselps heptosyltransferase  27.33 
 
 
365 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.374437  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0582  lipopolysaccharide heptosyltransferase II  25.87 
 
 
325 aa  81.3  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000000000638797  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17200  glycosyl transferase family 9  23.26 
 
 
360 aa  81.6  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4003  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  24.32 
 
 
356 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.043966  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>