100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0046 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_R0046  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0027  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.20425  decreased coverage  0.00178196 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0001  tRNA-Val  94.92 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1374  tRNA-Val  94.92 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.110948 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0040  tRNA-Val  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.184579  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  91.53 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  91.53 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  91.53 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  92.73 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  90.91 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0047  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0462581  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0045  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000126264 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0010  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0068  tRNA-Val  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.392082  normal  0.0474076 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  89.09 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  89.09 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0001  tRNA-Val  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-3  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t01  tRNA-Val  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0313004  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0004  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0002  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00524383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0067  tRNA-Val  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000631396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0068  tRNA-Val  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000545577  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0054  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0070  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0320721  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0002  tRNA-Val  84.06 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.159605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0026  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.583187  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0013  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0036  tRNA-Val  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0012    96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.735583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0033  tRNA-Met  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.404585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0035  tRNA-Met  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.481386  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10770  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.029864  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10740  tRNA-Gly  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.0089339  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0010  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.239466  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0033  tRNA-Ile  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000392062  normal  0.115132 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0037  tRNA-Met  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0565757  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0009  tRNA-Ile  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.389462  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0035  tRNA-Met  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170326  normal  0.471041 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0055  tRNA-Met  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0001  tRNA-Val  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000456569  normal  0.401472 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1201  tRNA-Val  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0742483  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0002  tRNA-Val  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.18537  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6035  tRNA-Val  87.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0015496  normal  0.392625 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0018  tRNA-Ala  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0605541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0027  tRNA-Ala  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.877101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0037  tRNA-Ala  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00519956  normal  0.826758 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0033  tRNA-Val  91.18 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0011  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167662 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0023  tRNA-Val  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.169175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0024  tRNA-Val  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.469275  hitchhiker  0.0000034793 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5695  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 81 bp  44.1  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000753452  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0018  tRNA-Met  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.169574 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0002  tRNA-Val  82.86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0011  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.259096  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0010  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.448229  hitchhiker  0.009241 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0051  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.094292  normal  0.53316 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0385  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.900506  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3083  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>