More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1086 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1086  peptide chain release factor 1  100 
 
 		 365 aa  748    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1889  peptide chain release factor 1  87.5 
 
 		 362 aa  627  1e-179  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.640153  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1785  peptide chain release factor 1  64.06 
 
 		 361 aa  448  1e-125  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.19209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2352  peptide chain release factor 1  60.62 
 
 		 357 aa  436  1e-121  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000547652 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1751  peptide chain release factor 1  60.34 
 
 		 357 aa  436  1e-121  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.102915  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1286  peptide chain release factor 1  63.1 
 
 		 373 aa  433  1e-120  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.258232 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2619  peptide chain release factor 1  60.06 
 
 		 357 aa  432  1e-120  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.254824  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1205  peptide chain release factor 1  58.79 
 
 		 356 aa  425  1e-118  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.326603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09920  peptide chain release factor 1  64.86 
 
 		 361 aa  422  1e-117  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1656  peptide chain release factor 1  58.5 
 
 		 350 aa  415  9.999999999999999e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2459  peptide chain release factor 1  61.5 
 
 		 366 aa  415  9.999999999999999e-116  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0324  peptide chain release factor 1  56.86 
 
 		 356 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119961 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0641  peptide chain release factor 1  62.1 
 
 		 364 aa  404  1e-111  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0914644 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6150  peptide chain release factor 1  57.93 
 
 		 354 aa  399  9.999999999999999e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.749977  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2419  peptide chain release factor 1  57.71 
 
 		 355 aa  395  1e-109  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.922635  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1304  peptide chain release factor 1  56.65 
 
 		 367 aa  392  1e-108  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29910  peptide chain release factor 1  58.86 
 
 		 358 aa  394  1e-108  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.363268 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4148  peptide chain release factor 1  57.35 
 
 		 363 aa  394  1e-108  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0888  peptide chain release factor 1  59.65 
 
 		 350 aa  389  1e-107  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.255714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3720  peptide chain release factor 1  57.66 
 
 		 357 aa  391  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.565362 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4339  peptide chain release factor 1  54.65 
 
 		 357 aa  390  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0776399 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2101  peptide chain release factor 1  56.9 
 
 		 361 aa  386  1e-106  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.015284  normal  0.0674921 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08070  peptide chain release factor 1  57.63 
 
 		 369 aa  382  1e-105  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3931  peptide chain release factor 1  58.74 
 
 		 361 aa  384  1e-105  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.337468  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3873  peptide chain release factor 1  54.62 
 
 		 357 aa  383  1e-105  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0688189 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3887  peptide chain release factor 1  54.62 
 
 		 357 aa  383  1e-105  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11326  peptide chain release factor 1  54.29 
 
 		 357 aa  382  1e-105  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.11651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3961  peptide chain release factor 1  54.62 
 
 		 357 aa  383  1e-105  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287406 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3644  peptide chain release factor 1  58.93 
 
 		 362 aa  378  1e-104  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.99323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1010  peptide chain release factor 1  56.2 
 
 		 356 aa  380  1e-104  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.527553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4026  peptide chain release factor 1  59.16 
 
 		 362 aa  377  1e-103  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000605474 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1236  peptide chain release factor 1  54.08 
 
 		 362 aa  374  1e-102  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.417509  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1061  peptide chain release factor 1  61.49 
 
 		 392 aa  374  1e-102  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.742793  normal  0.892078 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2307  peptide chain release factor 1  56 
 
 		 357 aa  370  1e-101  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.822119 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18340  peptide chain release factor 1  56.61 
 
 		 357 aa  364  1e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2397  peptide chain release factor 1  51.58 
 
 		 356 aa  357  9.999999999999999e-98  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.456174 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1257  peptide chain release factor 1  57.06 
 
 		 355 aa  357  1.9999999999999998e-97  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626202  normal  0.01526 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19240  peptide chain release factor 1  54.91 
 
 		 378 aa  340  2e-92  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.256465  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0821  peptide chain release factor 1  47.7 
 
 		 357 aa  340  2.9999999999999998e-92  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.16719  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3170  peptide chain release factor 1  49.44 
 
 		 356 aa  339  4e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000384415  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6577  peptide chain release factor 1  49.43 
 
 		 363 aa  339  5e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.940895 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2397  peptide chain release factor 1  49.44 
 
 		 355 aa  339  5.9999999999999996e-92  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000706535  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0063  peptide chain release factor 1  49.15 
 
 		 355 aa  335  1e-90  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  unclonable  0.00000000318273  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1909  peptide chain release factor 1  51.16 
 
 		 364 aa  330  2e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.150349  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2872  peptide chain release factor 1 (bRF-1)  48.01 
 
 		 357 aa  327  3e-88  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000416881  hitchhiker  0.000000000305481 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1713  peptide chain release factor 1  51.31 
 
 		 355 aa  325  7e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0456393  normal  0.957916 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2154  peptide chain release factor 1  48 
 
 		 355 aa  324  1e-87  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.000000509235  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4833  peptide chain release factor 1  47.85 
 
 		 355 aa  323  3e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000263816  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2791  peptide chain release factor 1  46.88 
 
 		 353 aa  322  5e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2083  peptide chain release factor 1  49.01 
 
 		 356 aa  322  7e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00000000963425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0599  peptide chain release factor 1  47.04 
 
 		 360 aa  322  8e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4472  peptide chain release factor 1  45.14 
 
 		 359 aa  320  3e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0064  peptide chain release factor 1  49.29 
 
 		 355 aa  320  3e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000729315  hitchhiker  0.00306425 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0394  peptide chain release factor 1  45.88 
 
 		 370 aa  319  3.9999999999999996e-86  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.462298  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0380  peptide chain release factor 1  49.41 
 
 		 355 aa  319  5e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.362441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0396  peptide chain release factor 1  45.88 
 
 		 370 aa  319  5e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0094  peptide chain release factor 1  49.14 
 
 		 356 aa  319  5e-86  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.494548  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0366  peptide chain release factor 1  46.33 
 
 		 370 aa  319  6e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.200814  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1654  peptide chain release factor 1  47.29 
 
 		 355 aa  318  7.999999999999999e-86  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0436  peptide chain release factor 1  47.81 
 
 		 360 aa  317  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4213  peptide chain release factor 1  47.51 
 
 		 372 aa  317  3e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.42192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1029  peptide chain release factor 1  48.22 
 
 		 355 aa  316  3e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0336853  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2930  peptide chain release factor 1  48.09 
 
 		 360 aa  317  3e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0451  peptide chain release factor 1  47.2 
 
 		 357 aa  316  5e-85  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3522  peptide chain release factor 1  47.27 
 
 		 360 aa  315  6e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.217548  normal  0.148888 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2466  peptide chain release factor 1  44.86 
 
 		 360 aa  315  6e-85  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000799175  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2176  peptide chain release factor 1  44.86 
 
 		 360 aa  315  6e-85  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.00000000328118  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3603  peptide chain release factor 1  47.81 
 
 		 360 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2064  peptide chain release factor 1  47.43 
 
 		 361 aa  315  9.999999999999999e-85  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.243868  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3614  peptide chain release factor 1  47.81 
 
 		 360 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.528922  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0119  peptide chain release factor 1  47.43 
 
 		 361 aa  315  9.999999999999999e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000299484  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3590  peptide chain release factor 1  47.81 
 
 		 360 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.637465  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0753  peptide chain release factor 1  47.59 
 
 		 358 aa  313  1.9999999999999998e-84  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000176457  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01250  peptide chain release factor 1  45.2 
 
 		 362 aa  314  1.9999999999999998e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2593  peptide chain release factor 1  46.43 
 
 		 360 aa  313  1.9999999999999998e-84  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000361971  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3104  peptide chain release factor 1  47.18 
 
 		 355 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0504  peptide chain release factor 1  47.54 
 
 		 360 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3597  peptide chain release factor 1  47.27 
 
 		 360 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0972  peptide chain release factor 1  47.54 
 
 		 360 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0793395  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0472  peptide chain release factor 1  46.72 
 
 		 356 aa  313  2.9999999999999996e-84  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257905  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1943  peptide chain release factor 1  47.54 
 
 		 360 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.640725  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0676  peptide chain release factor 1  47.54 
 
 		 360 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0482  peptide chain release factor 1  47.27 
 
 		 360 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.464905 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2595  peptide chain release factor 1  47.27 
 
 		 360 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.324585  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0510  peptide chain release factor 1  47.27 
 
 		 360 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.206813  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2360  peptide chain release factor 1  47.04 
 
 		 363 aa  312  4.999999999999999e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2721  peptide chain release factor 1  47.27 
 
 		 360 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2493  peptide chain release factor 1  47.59 
 
 		 360 aa  312  5.999999999999999e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3201  peptide chain release factor 1  46.74 
 
 		 360 aa  312  5.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0805  peptide chain release factor 1  44.73 
 
 		 367 aa  312  6.999999999999999e-84  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0675137  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2692  peptide chain release factor 1  47.63 
 
 		 356 aa  311  1e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000179951  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0702  peptide chain release factor 1  46.07 
 
 		 355 aa  311  1e-83  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.759041 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0255  peptide chain release factor 1  43.89 
 
 		 359 aa  310  2e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018292  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0980  peptide chain release factor 1  43.84 
 
 		 360 aa  310  2e-83  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000572262  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004203  peptide chain release factor 1  45.2 
 
 		 362 aa  311  2e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0254288  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0414  peptide chain release factor 1  46.72 
 
 		 360 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.592527  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0440  peptide chain release factor 1  46.72 
 
 		 360 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.518401 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2299  peptide chain release factor 1  45.48 
 
 		 356 aa  310  4e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1071  peptide chain release factor 1  45.04 
 
 		 355 aa  309  5.9999999999999995e-83  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.471814  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1444  peptide chain release factor 1  50.3 
 
 		 357 aa  309  5.9999999999999995e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>