More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0693 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0693  DNA gyrase, B subunit, C-terminal domain protein  100 
 
 		 792 aa  1634    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0298  DNA topoisomerase plasmid partition protein B  78.81 
 
 		 758 aa  1262    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15910  DNA topoisomerase IV subunit B  61.66 
 
 		 709 aa  585  1.0000000000000001e-165  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.39843 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1988  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  61.05 
 
 		 715 aa  580  1e-164  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1425  DNA topoisomerase IV subunit B  57.95 
 
 		 723 aa  575  1.0000000000000001e-162  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1922  DNA topoisomerase IV subunit B  59.52 
 
 		 708 aa  571  1e-161  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.921776  normal  0.0348119 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2055  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  57.82 
 
 		 713 aa  564  1.0000000000000001e-159  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14380  DNA topoisomerase IV subunit B  58.53 
 
 		 705 aa  557  1e-157  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1619  DNA topoisomerase IV subunit B  60.57 
 
 		 702 aa  553  1e-156  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0681707  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1613  DNA topoisomerase IV subunit B  59.52 
 
 		 702 aa  550  1e-155  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000263124 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15990  DNA topoisomerase IV subunit B  59.43 
 
 		 710 aa  552  1e-155  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.440467  normal  0.0965428 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1534  DNA topoisomerase IV subunit B  57.33 
 
 		 693 aa  533  1e-150  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.300498  normal  0.0102248 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13260  DNA topoisomerase IV subunit B  55.8 
 
 		 701 aa  523  1e-147  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0630779  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2958  DNA topoisomerase IV subunit B  54.59 
 
 		 710 aa  515  1e-144  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.414962  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2134  DNA topoisomerase IV subunit B  54.64 
 
 		 702 aa  511  1e-143  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1763  DNA topoisomerase IV subunit B  55.36 
 
 		 709 aa  510  1e-143  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00060  DNA gyrase subunit B  40.59 
 
 		 683 aa  508  9.999999999999999e-143  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3307  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  53.66 
 
 		 701 aa  506  9.999999999999999e-143  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00060  DNA gyrase subunit B  41.54 
 
 		 701 aa  499  1e-140  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00050  DNA gyrase subunit B  40.31 
 
 		 720 aa  496  1e-139  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0006  DNA gyrase subunit B  39.05 
 
 		 675 aa  496  1e-139  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0596209 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0006  DNA gyrase subunit B  39.05 
 
 		 675 aa  496  1e-139  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0006  DNA gyrase subunit B  40 
 
 		 696 aa  497  1e-139  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.248414  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0014  DNA gyrase subunit B  39.05 
 
 		 675 aa  496  1e-139  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.14054 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7084  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  53.93 
 
 		 690 aa  492  1e-137  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2394  DNA topoisomerase  54.05 
 
 		 690 aa  484  1e-135  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.367142  normal  0.572955 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1611  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  55.19 
 
 		 696 aa  473  1e-132  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00143665  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0006  DNA gyrase subunit B  39.23 
 
 		 685 aa  473  1e-132  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00100  DNA gyrase subunit B  38.85 
 
 		 711 aa  466  1e-129  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1427  DNA topoisomerase IV subunit B  53.38 
 
 		 703 aa  450  1e-125  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.529913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1680  DNA topoisomerase type IIA subunit B region 2 domain-containing protein  47.92 
 
 		 702 aa  416  9.999999999999999e-116  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.313615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1674  DNA gyrase subunit B  48.14 
 
 		 730 aa  413  1e-114  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.759972 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08220  DNA topoisomerase IV subunit B  45.3 
 
 		 701 aa  390  1e-107  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2280  DNA gyrase subunit B domain protein  45.3 
 
 		 680 aa  372  1e-101  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.557074  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2748  DNA gyrase, B subunit  42.06 
 
 		 637 aa  362  2e-98  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000339515  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1044  DNA gyrase, B subunit  42.86 
 
 		 675 aa  361  2e-98  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.248456 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0007  DNA gyrase subunit B  42.26 
 
 		 640 aa  361  3e-98  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.630363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0087  DNA gyrase subunit B  41.46 
 
 		 650 aa  358  1.9999999999999998e-97  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0984  DNA gyrase subunit B  42.73 
 
 		 651 aa  355  2.9999999999999997e-96  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0094  DNA gyrase, B subunit  43.14 
 
 		 636 aa  353  1e-95  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000129942  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0094  DNA gyrase, B subunit  43.14 
 
 		 636 aa  351  3e-95  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000363706  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1393  DNA gyrase, B subunit  42.48 
 
 		 628 aa  350  4e-95  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1432  DNA gyrase subunit B  40.12 
 
 		 696 aa  348  2e-94  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2717  DNA gyrase, B subunit  41.94 
 
 		 649 aa  348  2e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1480  DNA gyrase subunit B  45.32 
 
 		 650 aa  348  3e-94  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.515184  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0041  DNA gyrase, B subunit  40.56 
 
 		 691 aa  347  4e-94  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0006  DNA gyrase subunit B  40.65 
 
 		 695 aa  346  8e-94  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000061906 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0006  DNA gyrase, B subunit  41.48 
 
 		 635 aa  345  1e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.98095 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0623  DNA gyrase subunit B  40.98 
 
 		 650 aa  345  2e-93  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00302751  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0005  DNA gyrase, B subunit  41.85 
 
 		 686 aa  345  2e-93  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.217672  normal  0.192252 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2805  DNA gyrase subunit B  45.55 
 
 		 633 aa  345  2.9999999999999997e-93  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.035041  hitchhiker  0.00161489 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0006  DNA gyrase, B subunit  41.85 
 
 		 681 aa  344  4e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1048  DNA gyrase, B subunit  42.83 
 
 		 665 aa  343  5e-93  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.903378  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0009  DNA gyrase subunit B  43.78 
 
 		 633 aa  343  5e-93  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000695632  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11740  DNA gyrase, B subunit  41.56 
 
 		 637 aa  343  7e-93  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00171708  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0006  DNA gyrase, B subunit  41.79 
 
 		 647 aa  343  9e-93  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00050  DNA gyrase subunit B  42.54 
 
 		 645 aa  342  1e-92  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0377504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0005  DNA gyrase subunit B  42.95 
 
 		 640 aa  341  2.9999999999999998e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0419  DNA gyrase subunit B  45.01 
 
 		 632 aa  340  4e-92  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10005  DNA gyrase subunit B  42.12 
 
 		 714 aa  340  8e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1634  DNA gyrase, B subunit  41.96 
 
 		 708 aa  338  1.9999999999999998e-91  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.00000582851  hitchhiker  0.000898108 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2549  DNA gyrase, B subunit  42.22 
 
 		 643 aa  337  5e-91  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0005  DNA gyrase, B subunit  44.12 
 
 		 644 aa  337  5.999999999999999e-91  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00336478  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0005  DNA gyrase subunit B  42.76 
 
 		 640 aa  336  1e-90  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00215329  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0005  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  41.61 
 
 		 633 aa  335  2e-90  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0005  DNA gyrase, B subunit  39.55 
 
 		 685 aa  335  2e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0015  DNA gyrase, B subunit  42.86 
 
 		 644 aa  334  4e-90  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000401037  normal  0.862842 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0130  DNA gyrase, B subunit  41.74 
 
 		 636 aa  334  4e-90  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.95821  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0006  DNA gyrase, B subunit  41.74 
 
 		 638 aa  333  6e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.014329  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0412  DNA gyrase subunit B  42.89 
 
 		 651 aa  333  8e-90  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.000264952  decreased coverage  0.0001901 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0006  DNA gyrase subunit B  42.17 
 
 		 661 aa  333  1e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.925878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0005  DNA gyrase, B subunit  44.3 
 
 		 655 aa  332  1e-89  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.452102  hitchhiker  2.3265900000000002e-23 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0005  DNA gyrase subunit B  41.19 
 
 		 640 aa  332  2e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.19557  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0041  DNA gyrase, B subunit  45.43 
 
 		 634 aa  332  2e-89  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0007  DNA gyrase, B subunit  42.22 
 
 		 634 aa  332  2e-89  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000328066  unclonable  0.0000000130354 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0005  DNA gyrase subunit B  40.18 
 
 		 649 aa  332  2e-89  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0005  DNA gyrase subunit B  42.28 
 
 		 640 aa  332  2e-89  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0005  DNA gyrase subunit B  40.97 
 
 		 640 aa  331  3e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00230725  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0005  DNA gyrase subunit B  40.97 
 
 		 640 aa  331  3e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0005  DNA gyrase subunit B  40.97 
 
 		 640 aa  331  3e-89  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0005  DNA gyrase subunit B  40.97 
 
 		 640 aa  331  3e-89  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0005  DNA gyrase subunit B  40.97 
 
 		 640 aa  331  3e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0005  DNA gyrase, B subunit  43.18 
 
 		 637 aa  331  4e-89  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0005  DNA gyrase, B subunit  44.32 
 
 		 642 aa  330  5.0000000000000004e-89  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1407  DNA gyrase, B subunit  44.19 
 
 		 656 aa  330  8e-89  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.68269  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0005  DNA gyrase subunit B  41.19 
 
 		 640 aa  329  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.204678  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0015  DNA gyrase, B subunit  42.98 
 
 		 644 aa  329  1.0000000000000001e-88  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000155334 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0005  DNA gyrase subunit B  41.03 
 
 		 672 aa  329  1.0000000000000001e-88  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.78617  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0005  DNA gyrase subunit B  42.22 
 
 		 644 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.375435  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0006  DNA gyrase subunit B  41.74 
 
 		 638 aa  328  3e-88  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0005  DNA gyrase, B subunit  40.72 
 
 		 633 aa  328  3e-88  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0006  DNA gyrase, B subunit  42.32 
 
 		 657 aa  328  3e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0640432  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0006  DNA gyrase subunit B  41.74 
 
 		 638 aa  327  4.0000000000000003e-88  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5315  DNA gyrase subunit B  41.48 
 
 		 640 aa  327  5e-88  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.021698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2271  DNA gyrase, B subunit  43.33 
 
 		 644 aa  327  6e-88  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3685  DNA gyrase, B subunit  40.18 
 
 		 636 aa  327  8.000000000000001e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.50658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00060  DNA gyrase, B subunit  41.46 
 
 		 642 aa  327  8.000000000000001e-88  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0005  DNA gyrase subunit B  40.75 
 
 		 640 aa  326  1e-87  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4195  DNA gyrase, B subunit  40.98 
 
 		 653 aa  326  1e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00698411 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0006  DNA gyrase, B subunit  39.56 
 
 		 650 aa  326  1e-87  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000273734  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>