More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0041 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014151  Cfla_0006  DNA gyrase, B subunit  67.42 
 
 		 698 aa  849    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0041  DNA gyrase, B subunit  100 
 
 		 691 aa  1425    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0005  DNA gyrase, B subunit  53.26 
 
 		 644 aa  660    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00336478  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0009  DNA gyrase, B subunit  56.37 
 
 		 688 aa  749    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0051  DNA gyrase, B subunit  52.84 
 
 		 640 aa  645    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0006  DNA gyrase, B subunit  60.21 
 
 		 657 aa  791    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0640432  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2549  DNA gyrase, B subunit  54.23 
 
 		 643 aa  643    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0007  DNA gyrase, B subunit  57.92 
 
 		 648 aa  748    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000647413 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0006  DNA gyrase, B subunit  62.24 
 
 		 649 aa  806    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2717  DNA gyrase, B subunit  52.2 
 
 		 649 aa  682    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0623  DNA gyrase subunit B  54.26 
 
 		 650 aa  656    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00302751  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00100  DNA gyrase subunit B  63.24 
 
 		 711 aa  813    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0995  DNA gyrase, B subunit  53.51 
 
 		 645 aa  647    Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0006  DNA gyrase, B subunit  50.81 
 
 		 650 aa  656    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000273734  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2271  DNA gyrase, B subunit  52.5 
 
 		 644 aa  657    Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0006  DNA gyrase, B subunit  66.96 
 
 		 681 aa  882    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0006  DNA gyrase subunit B  64.73 
 
 		 695 aa  862    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000061906 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0006  DNA gyrase subunit B  61.24 
 
 		 661 aa  780    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.60604  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2729  DNA gyrase, B subunit  53.1 
 
 		 641 aa  654    Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.739794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2805  DNA gyrase subunit B  54.7 
 
 		 633 aa  672    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.035041  hitchhiker  0.00161489 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0132  DNA gyrase, B subunit  50.99 
 
 		 637 aa  647    Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.312038  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0005  DNA gyrase, B subunit  52.69 
 
 		 647 aa  647    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0010  DNA gyrase, B subunit  56.19 
 
 		 680 aa  711    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0007  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  61.75 
 
 		 647 aa  789    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0007  DNA gyrase, B subunit  56.99 
 
 		 670 aa  733    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0006  DNA gyrase, B subunit  52.32 
 
 		 647 aa  666    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0005  DNA gyrase subunit B  54.83 
 
 		 640 aa  636    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00060  DNA gyrase subunit B  68.17 
 
 		 683 aa  893    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0005  DNA gyrase, B subunit  52.84 
 
 		 633 aa  663    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0006  DNA gyrase, B subunit  55.69 
 
 		 648 aa  709    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000466462  hitchhiker  0.000000932752 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0006  DNA gyrase subunit B  67.87 
 
 		 685 aa  878    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00050  DNA gyrase subunit B  63.48 
 
 		 720 aa  845    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0005  DNA gyrase subunit B  54.44 
 
 		 640 aa  637    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00215329  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0007  DNA gyrase, B subunit  51.29 
 
 		 634 aa  648    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000328066  unclonable  0.0000000130354 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0006  DNA gyrase subunit B  57.66 
 
 		 679 aa  716    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.216936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00060  DNA gyrase subunit B  61.67 
 
 		 701 aa  829    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1044  DNA gyrase, B subunit  47.97 
 
 		 675 aa  645    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.248456 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0006  DNA gyrase subunit B  57.51 
 
 		 652 aa  716    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0006  DNA gyrase, B subunit  53.64 
 
 		 642 aa  647    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.965796  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0006  DNA gyrase subunit B  56.8 
 
 		 675 aa  768    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0596209 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0419  DNA gyrase subunit B  52.57 
 
 		 632 aa  663    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0006  DNA gyrase, B subunit  59.97 
 
 		 645 aa  769    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0161215 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0008  DNA gyrase, B subunit  57.62 
 
 		 719 aa  738    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.107754  hitchhiker  0.00597045 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0006  DNA gyrase, B subunit  61.83 
 
 		 686 aa  786    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00629788 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0005  DNA gyrase, B subunit  51.36 
 
 		 635 aa  652    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0006  DNA gyrase subunit B  56.8 
 
 		 675 aa  768    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0005  DNA gyrase subunit B  54.09 
 
 		 644 aa  700    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.375435  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0005  DNA gyrase, B subunit  58.61 
 
 		 685 aa  786    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0006  DNA gyrase B subunit  59.43 
 
 		 656 aa  769    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.381905 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0006  DNA gyrase subunit B  54.68 
 
 		 638 aa  644    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0006  DNA gyrase subunit B  54.83 
 
 		 638 aa  644    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0009  DNA gyrase subunit B  52.8 
 
 		 633 aa  653    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000695632  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00050  DNA gyrase subunit B  54.8 
 
 		 648 aa  690    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000300089  hitchhiker  0.00265407 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00060  DNA gyrase subunit B  59.79 
 
 		 654 aa  786    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0159442  normal  0.243862 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2376  DNA gyrase subunit B  53.21 
 
 		 641 aa  648    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2748  DNA gyrase, B subunit  49.93 
 
 		 637 aa  659    Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000339515  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0005  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  52.3 
 
 		 633 aa  684    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0984  DNA gyrase subunit B  55.39 
 
 		 651 aa  674    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00050  DNA gyrase subunit B  56.16 
 
 		 645 aa  714    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0377504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0007  DNA gyrase subunit B  50.83 
 
 		 640 aa  676    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.630363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0006  DNA gyrase subunit B  61.42 
 
 		 661 aa  816    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.925878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0306  DNA gyrase, B subunit  52.66 
 
 		 643 aa  661    Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.337431  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0130  DNA gyrase, B subunit  49.62 
 
 		 636 aa  638    Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.95821  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1432  DNA gyrase subunit B  89.54 
 
 		 696 aa  1236    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1480  DNA gyrase subunit B  56.38 
 
 		 650 aa  671    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.515184  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0006  DNA gyrase subunit B  63.58 
 
 		 696 aa  860    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.248414  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1393  DNA gyrase, B subunit  53.03 
 
 		 628 aa  679    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0006  DNA gyrase subunit B  62.2 
 
 		 647 aa  786    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.195447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0005  DNA gyrase subunit B  60.06 
 
 		 666 aa  798    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10005  DNA gyrase subunit B  54.79 
 
 		 714 aa  770    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0005  DNA gyrase, B subunit  66.67 
 
 		 686 aa  925    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.217672  normal  0.192252 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0006  DNA gyrase, B subunit  53.56 
 
 		 635 aa  640    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.98095 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0006  DNA gyrase subunit B  56.24 
 
 		 711 aa  698    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.685499  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3685  DNA gyrase, B subunit  50.23 
 
 		 636 aa  651    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.50658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0014  DNA gyrase subunit B  56.8 
 
 		 675 aa  768    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.14054 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0006  DNA gyrase subunit B  55.75 
 
 		 675 aa  756    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.313096 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0822  DNA gyrase subunit B  56.49 
 
 		 675 aa  762    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.795596  normal  0.437658 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0015  DNA gyrase, B subunit  48.74 
 
 		 644 aa  632  1e-180  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000401037  normal  0.862842 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1048  DNA gyrase, B subunit  47.54 
 
 		 665 aa  632  1e-180  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.903378  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00060  DNA gyrase, B subunit  52.11 
 
 		 642 aa  634  1e-180  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0403  DNA gyrase, B subunit  49.78 
 
 		 659 aa  635  1e-180  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11740  DNA gyrase, B subunit  50.38 
 
 		 637 aa  633  1e-180  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00171708  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0006  DNA gyrase, B subunit  53.06 
 
 		 638 aa  634  1e-180  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.014329  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0015  DNA gyrase, B subunit  49.25 
 
 		 644 aa  629  1e-179  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000155334 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0005  DNA gyrase subunit B  52.74 
 
 		 649 aa  628  1e-178  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0005  DNA gyrase subunit B  53.18 
 
 		 640 aa  627  1e-178  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.204678  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0047  DNA gyrase, B subunit  49.85 
 
 		 645 aa  627  1e-178  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109606 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0005  DNA gyrase subunit B  52.88 
 
 		 640 aa  622  1e-177  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.19557  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0862  DNA gyrase, B subunit  50.67 
 
 		 652 aa  623  1e-177  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00557988 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0005  DNA gyrase subunit B  52.88 
 
 		 640 aa  622  1e-177  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0005  DNA gyrase subunit B  52.88 
 
 		 640 aa  622  1e-177  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0005  DNA gyrase, B subunit  52.5 
 
 		 642 aa  622  1e-177  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0005  DNA gyrase subunit B  52.88 
 
 		 640 aa  622  1e-177  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0005  DNA gyrase subunit B  53.64 
 
 		 640 aa  625  1e-177  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0005  DNA gyrase subunit B  52.88 
 
 		 640 aa  622  1e-177  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00230725  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0005  DNA gyrase, B subunit  53.78 
 
 		 640 aa  624  1e-177  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0005  DNA gyrase, B subunit  53.78 
 
 		 640 aa  624  1e-177  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0005  DNA gyrase subunit B  52.88 
 
 		 640 aa  622  1e-177  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0005  DNA gyrase subunit B  53.33 
 
 		 640 aa  622  1e-176  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4195  DNA gyrase, B subunit  49.09 
 
 		 653 aa  620  1e-176  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00698411 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>