More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0486 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0486  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 542 aa  1113    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.410451 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0252  oligopeptide ABC transporter periplasmic protein  67.4 
 
 		 546 aa  739    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.213679  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0565  oligopeptide ABC transporter periplasmic protein  49.81 
 
 		 546 aa  522  1e-147  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1125  4-phytase  47.25 
 
 		 585 aa  461  9.999999999999999e-129  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.2304 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11050  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  45.47 
 
 		 552 aa  452  1.0000000000000001e-126  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.273822  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2822  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 		 547 aa  440  9.999999999999999e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.630772  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3915  extracellular solute-binding protein family 5  41.07 
 
 		 543 aa  387  1e-106  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2540  4-phytase  42.07 
 
 		 561 aa  380  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000102543 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12610  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  40.43 
 
 		 586 aa  380  1e-104  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.183632 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13696  periplasmic dipeptide-binding lipoprotein dppA  38.35 
 
 		 541 aa  361  2e-98  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.17104 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0676  4-phytase  39.22 
 
 		 541 aa  320  3e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3311  extracellular solute-binding protein family 5  37.5 
 
 		 560 aa  317  4e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26170  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  46.51 
 
 		 537 aa  313  3.9999999999999997e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.369222  normal  0.443852 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0952  4-phytase  36.13 
 
 		 554 aa  300  5e-80  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3150  ABC-type oligopeptide transport system periplasmic component-like protein  35.14 
 
 		 537 aa  273  6e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.447408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1079  extracellular solute-binding protein family 5  34.33 
 
 		 552 aa  272  1e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.133059  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4176  4-phytase  35.52 
 
 		 534 aa  271  2e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00061687 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3796  4-phytase  35.11 
 
 		 533 aa  266  8e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.207613  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3630  extracellular solute-binding protein family 5  32.79 
 
 		 522 aa  263  4.999999999999999e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8934  ABC-type oligopeptide transport system periplasmic component-like protein  32.23 
 
 		 543 aa  259  1e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2462  4-phytase  32.84 
 
 		 543 aa  247  4e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.36886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3823  4-phytase  32.14 
 
 		 541 aa  245  9.999999999999999e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2461  4-phytase  32.55 
 
 		 543 aa  243  6e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.792128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4381  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 543 aa  243  7e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000255213 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4144  extracellular solute-binding protein family 5  34.29 
 
 		 527 aa  238  3e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.482132  hitchhiker  0.00782841 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4213  extracellular solute-binding protein  31.63 
 
 		 543 aa  229  9e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0562482  normal  0.0711224 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3657  4-phytase  33.06 
 
 		 536 aa  216  9e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5516  extracellular solute-binding protein family 5  30.69 
 
 		 528 aa  209  1e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.581672 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2385  extracellular solute-binding protein family 5  30.57 
 
 		 594 aa  190  5e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  30.13 
 
 		 544 aa  174  5e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2834  extracellular solute-binding protein family 5  29.31 
 
 		 526 aa  171  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.360597 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0547  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 531 aa  169  1e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  28.84 
 
 		 544 aa  168  2.9999999999999998e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3498  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.26 
 
 		 586 aa  167  4e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3103  extracellular solute-binding protein family 5  28.65 
 
 		 526 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.529212  normal  0.177978 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0699  extracellular solute-binding protein family 5  27.54 
 
 		 590 aa  158  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0469  extracellular solute-binding protein family 5  26.06 
 
 		 552 aa  159  2e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3843  extracellular solute-binding protein family 5  25.81 
 
 		 530 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0512301  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0573  oligopeptide-binding protein, putative  26.36 
 
 		 530 aa  156  9e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2961  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 541 aa  156  9e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3851  extracellular solute-binding protein family 5  26 
 
 		 530 aa  155  2e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000180183  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_512  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, periplasmic component  26.42 
 
 		 530 aa  155  2e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.135113  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0067  extracellular solute-binding protein family 5  26.51 
 
 		 532 aa  152  2e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2742  extracellular solute-binding protein family 5  27.72 
 
 		 541 aa  151  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7030  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.41 
 
 		 537 aa  151  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.394274  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4404  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 		 536 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  26.94 
 
 		 520 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0190  extracellular solute-binding protein  25.92 
 
 		 533 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.44 
 
 		 536 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0190  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.17 
 
 		 536 aa  147  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0189  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.17 
 
 		 536 aa  147  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3016  extracellular solute-binding protein family 5  25.78 
 
 		 545 aa  146  9e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0244604  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1954  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.87 
 
 		 542 aa  145  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0666582  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.17 
 
 		 536 aa  146  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0214  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.54 
 
 		 536 aa  146  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0174  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 		 536 aa  144  3e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0233  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.26 
 
 		 536 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1983  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.95 
 
 		 542 aa  144  4e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.776942  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2247  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 535 aa  144  4e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0125251  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5110  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.26 
 
 		 536 aa  144  5e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0044  extracellular solute-binding protein family 5  26.17 
 
 		 538 aa  143  7e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1653  periplasmic murein peptide-binding protein  28.41 
 
 		 537 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0552012 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1683  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, oppA-like  24.5 
 
 		 542 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1804  periplasmic murein peptide-binding protein  28.55 
 
 		 537 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.048276  normal  0.542022 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1905  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.5 
 
 		 542 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1471  periplasmic murein peptide-binding protein  28.55 
 
 		 537 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.857837  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1867  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.86 
 
 		 542 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1865  periplasmic murein peptide-binding protein  28.41 
 
 		 537 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  normal  0.987558 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1651  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  27.34 
 
 		 546 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.197678  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3475  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.59 
 
 		 542 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000252761 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1952  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.52 
 
 		 546 aa  141  3e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1709  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  24.41 
 
 		 542 aa  141  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.173972  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2012  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  26.13 
 
 		 545 aa  141  3e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1483  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 542 aa  141  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1917  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.06 
 
 		 546 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.445291  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1803  periplasmic murein peptide-binding protein  28.36 
 
 		 537 aa  140  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00501366 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1873  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.32 
 
 		 546 aa  140  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000232622 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1726  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 542 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00443196  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  26.74 
 
 		 535 aa  139  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.46 
 
 		 534 aa  139  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3850  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 522 aa  138  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1792  periplasmic murein peptide-binding protein  28.42 
 
 		 537 aa  138  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1542  periplasmic murein peptide-binding protein  28.42 
 
 		 537 aa  137  5e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01317  hypothetical protein  28.42 
 
 		 537 aa  137  5e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.441272  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01307  murein tripeptide (L-ala-gamma-D-glutamyl-meso-DAP) transporter subunit  28.42 
 
 		 537 aa  137  5e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.466837  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2316  extracellular solute-binding protein family 5  28.42 
 
 		 537 aa  137  5e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.151568  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3270  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 		 567 aa  137  5e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0963189  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1732  oligopeptide ABC transporter solute binding protein  24.58 
 
 		 519 aa  137  5e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1446  periplasmic murein peptide-binding protein  28.42 
 
 		 537 aa  137  5e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1569  periplasmic murein peptide-binding protein  28.42 
 
 		 537 aa  137  5e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2295  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 		 537 aa  137  5e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001004  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  26.85 
 
 		 541 aa  137  7.000000000000001e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0592  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 		 545 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1977  periplasmic murein peptide-binding protein  28.42 
 
 		 537 aa  137  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.526776 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3599  extracellular solute-binding protein  28.15 
 
 		 525 aa  136  9e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1646  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1913  extracellular solute-binding protein family 5  25.92 
 
 		 535 aa  136  9.999999999999999e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.988615  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2435  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 		 549 aa  135  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.882532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_932  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  27.37 
 
 		 558 aa  135  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000268358  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2999  extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 		 549 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.305947  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3596  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 526 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>