More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1532 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1532  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  623  1e-177  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.167364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2164  LacI family transcription regulator  88.5 
 
 		 347 aa  463  1e-129  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5761  transcriptional regulator, LacI family  49.47 
 
 		 363 aa  229  6e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.230872  normal  0.079116 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3918  LacI family transcription regulator  45.02 
 
 		 351 aa  199  6e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3970  LacI family transcription regulator  45.89 
 
 		 348 aa  193  3e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5149  transcriptional regulator, LacI family  43.19 
 
 		 346 aa  181  2e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3955  transcriptional regulator, LacI family  41.96 
 
 		 364 aa  177  2e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.337972  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0742  LacI family transcription regulator  39.32 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.13843  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  37.28 
 
 		 337 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4014  Alanine racemase  37.92 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.251479 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01740  transcriptional regulator  38.62 
 
 		 355 aa  150  4e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.42091  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  37.72 
 
 		 353 aa  148  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0627  transcriptional regulator, LacI family  35.29 
 
 		 350 aa  147  3e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.958953 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  37.59 
 
 		 334 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2545  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.95 
 
 		 341 aa  145  9e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2799  transcriptional regulator, LacI family  37.28 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  34.63 
 
 		 336 aa  144  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  38.36 
 
 		 339 aa  143  4e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  33.91 
 
 		 344 aa  142  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0417  LacI family transcription regulator  35.05 
 
 		 354 aa  142  7e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  39.33 
 
 		 351 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  32.88 
 
 		 332 aa  134  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  32.88 
 
 		 332 aa  133  5e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  32.54 
 
 		 332 aa  132  6e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  32.54 
 
 		 332 aa  132  6e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  35.44 
 
 		 332 aa  132  7.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  32.54 
 
 		 332 aa  132  9e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  34.47 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  32.54 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  30.49 
 
 		 342 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  32.2 
 
 		 332 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.86 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  32.2 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 346 aa  130  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  32.2 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1333  transcriptional regulator, LacI family  36.82 
 
 		 347 aa  130  3e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00834702  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.19 
 
 		 332 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.63 
 
 		 330 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 355 aa  127  2.0000000000000002e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3586  transcriptional regulator, LacI family  36.2 
 
 		 333 aa  127  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.04 
 
 		 335 aa  125  8.000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  32.18 
 
 		 339 aa  125  8.000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.06 
 
 		 337 aa  125  8.000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  42.21 
 
 		 340 aa  124  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.16 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  35.16 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.16 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.16 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.16 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.16 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  35.16 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.16 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0163  transcriptional regulator, LacI family  32.04 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000297035  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.16 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22460  transcriptional regulator  37.08 
 
 		 339 aa  123  4e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.912929  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  33.45 
 
 		 352 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  32.57 
 
 		 335 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.66 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.08 
 
 		 335 aa  120  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0306  LacI family transcription regulator  33.72 
 
 		 342 aa  119  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  34.11 
 
 		 349 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  33.9 
 
 		 342 aa  118  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  33.46 
 
 		 332 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.86 
 
 		 335 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.67 
 
 		 339 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  33.11 
 
 		 357 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  33.08 
 
 		 332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  32.5 
 
 		 336 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2790  LacI family transcription regulator  38.02 
 
 		 348 aa  117  3e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  33.45 
 
 		 391 aa  116  5e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  35.02 
 
 		 355 aa  116  6e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.79 
 
 		 335 aa  116  6e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.98 
 
 		 341 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.98 
 
 		 341 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.98 
 
 		 341 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  33.65 
 
 		 340 aa  115  6.9999999999999995e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.98 
 
 		 341 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.98 
 
 		 341 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.57 
 
 		 335 aa  115  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  31.99 
 
 		 342 aa  115  7.999999999999999e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  33.44 
 
 		 335 aa  115  8.999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  32.01 
 
 		 341 aa  115  8.999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  32.43 
 
 		 336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  31.14 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0113  transcriptional regulator, LacI family  37.29 
 
 		 350 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.07 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  33.84 
 
 		 336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  33.45 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  34.48 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  40.57 
 
 		 337 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.27 
 
 		 356 aa  112  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.67 
 
 		 341 aa  112  6e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0186  transcriptional regulator, LacI family  34.38 
 
 		 330 aa  112  7.000000000000001e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  32.57 
 
 		 331 aa  112  8.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  31.01 
 
 		 334 aa  112  8.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1332  transcriptional regulator, LacI family  36.49 
 
 		 377 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2559  alanine racemase  37.56 
 
 		 358 aa  112  9e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  32.76 
 
 		 335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2344  transcriptional regulator, LacI family  36.06 
 
 		 349 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  31.65 
 
 		 343 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>