More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0937 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0937  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  100 
 
 
493 aa  940    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0486491  normal  0.876229 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5605  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  70.65 
 
 
499 aa  561  1e-158  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00234552 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2717  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase dimerization region  51.72 
 
 
472 aa  427  1e-118  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5845  mercuric reductase, truncated  54.12 
 
 
470 aa  423  1e-117  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.499074 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1577  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase dimerization region  51.72 
 
 
474 aa  417  9.999999999999999e-116  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.975611  normal  0.280145 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3447  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  50.61 
 
 
467 aa  405  1.0000000000000001e-112  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0298342  normal  0.259477 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4568  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  49.6 
 
 
517 aa  404  1e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.904468  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0813  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  48.11 
 
 
484 aa  399  9.999999999999999e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37510  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dihydrolipoamide dehydrogenase component  51.5 
 
 
493 aa  399  9.999999999999999e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.102404  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0113  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  48.28 
 
 
505 aa  392  1e-108  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7133  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  47.57 
 
 
481 aa  394  1e-108  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00959772  normal  0.390939 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10810  oxidoreductase  47.78 
 
 
499 aa  390  1e-107  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000610041  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0665  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  46.95 
 
 
488 aa  390  1e-107  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1337  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase dimerization region  48.16 
 
 
500 aa  382  1e-105  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.64499  hitchhiker  0.000372157 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4083  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  53.5 
 
 
478 aa  382  1e-105  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.931282  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3562  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  47.82 
 
 
482 aa  370  1e-101  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4489  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerization region  47.37 
 
 
480 aa  350  5e-95  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1076  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerization region  48.54 
 
 
509 aa  349  6e-95  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.372705  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1315  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerization region  49.8 
 
 
459 aa  348  1e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.701404  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1334  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase dimerization region  43.18 
 
 
452 aa  296  5e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.106224 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1765  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  40.65 
 
 
448 aa  291  2e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.187504  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2419  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  41.98 
 
 
458 aa  276  4e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.103015  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2170  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  41.87 
 
 
445 aa  268  2e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4957  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  39.92 
 
 
462 aa  250  4e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27390  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dihydrolipoamide dehydrogenase component  40.15 
 
 
546 aa  248  1e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.622847  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4442  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  39.33 
 
 
469 aa  249  1e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.684899 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2073  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  39.2 
 
 
458 aa  246  8e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.785339  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4514  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.09 
 
 
449 aa  239  5.999999999999999e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0080326 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2105  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerization region  39.88 
 
 
448 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0584847  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0072  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  37.2 
 
 
451 aa  229  1e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.201849  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1855  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  42.39 
 
 
452 aa  226  7e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.463238  normal  0.391833 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2180  dihydrolipoamide dehydrogenase  28.69 
 
 
585 aa  211  2e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000695519  hitchhiker  0.00000000000000384983 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1206  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.71 
 
 
453 aa  207  3e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.65246  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6297  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  35.4 
 
 
466 aa  206  8e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.533551 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4533  mercuric reductase  32.72 
 
 
546 aa  204  3e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1270  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  37.09 
 
 
460 aa  204  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.751643  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3059  mercuric reductase  34.41 
 
 
460 aa  202  9.999999999999999e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0658861 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3705  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.72 
 
 
468 aa  201  1.9999999999999998e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.215491 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5151  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.13 
 
 
465 aa  200  5e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0369329  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2755  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.87 
 
 
466 aa  198  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0982206  hitchhiker  0.000532855 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0840  mercuric reductase  32.73 
 
 
459 aa  199  1.0000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.909893 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1878  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.67 
 
 
466 aa  195  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.932595  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3623  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  36.44 
 
 
456 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0259828 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0751  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  35.29 
 
 
473 aa  196  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3468  mercuric reductase  34.14 
 
 
457 aa  194  3e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.211907  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0385  mercuric reductase  31.65 
 
 
459 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1652  mercuric reductase  33.8 
 
 
459 aa  192  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0283  mercuric reductase  33.8 
 
 
590 aa  192  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0194  mercuric reductase  33.8 
 
 
459 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1248  mercuric reductase  28.75 
 
 
460 aa  191  2e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0590144  normal  0.359043 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1118  mercuric reductase  32.11 
 
 
516 aa  191  2.9999999999999997e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.583122  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3138  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.2 
 
 
465 aa  191  2.9999999999999997e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1982  mercuric reductase  32.4 
 
 
507 aa  190  4e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1070  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  33.12 
 
 
482 aa  189  7e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2023  mercuric reductase  29.46 
 
 
546 aa  189  9e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1709  SNARE associated Golgi protein  33.81 
 
 
720 aa  189  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794028 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3154  mercuric reductase  33 
 
 
459 aa  188  2e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3142  mercuric reductase  33 
 
 
459 aa  188  2e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3204  mercuric reductase  33 
 
 
459 aa  188  2e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.337711 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1128  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.78 
 
 
470 aa  187  4e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.025111 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0314  hypothetical protein  28.39 
 
 
464 aa  186  6e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1254  mercuric reductase  29.25 
 
 
546 aa  186  7e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1509  mercuric reductase  33.2 
 
 
461 aa  186  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.344309  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5924  mercuric reductase  32.92 
 
 
461 aa  186  7e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.184883  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3551  mercuric reductase  33.33 
 
 
458 aa  186  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.895988  normal  0.343975 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5901  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.09 
 
 
478 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1365  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.86 
 
 
465 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0890108  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4636  mercuric reductase  30.96 
 
 
458 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.295825 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0473  mercuric reductase  31.64 
 
 
507 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000001036 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2790  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.6 
 
 
479 aa  184  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1315  mercuric reductase  33.54 
 
 
505 aa  184  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5056  mercuric reductase  32.06 
 
 
459 aa  184  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.135768 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3018  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.8 
 
 
479 aa  184  3e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.340958 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0426  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.72 
 
 
475 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0430  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.72 
 
 
475 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000011549  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0271  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.58 
 
 
593 aa  184  4.0000000000000006e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.146735  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2992  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.86 
 
 
459 aa  183  5.0000000000000004e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1130  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.81 
 
 
466 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.392309  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3597  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.72 
 
 
475 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000546829  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4513  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.71 
 
 
465 aa  183  5.0000000000000004e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0173943  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3185  mercuric reductase  32.37 
 
 
546 aa  183  6e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0428  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.72 
 
 
475 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00251394  normal  0.166632 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0298  hypothetical protein  28.18 
 
 
464 aa  182  9.000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2913  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.6 
 
 
479 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00695223  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2807  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.28 
 
 
473 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.831058 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1626  dihydrolipoamide dehydrogenase  29.58 
 
 
487 aa  182  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.139185  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3775  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.72 
 
 
476 aa  182  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000442431  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5390  mercuric reductase  32.73 
 
 
458 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0802  alpha keto acid dehydrogenase complex, E3 component, lipoamide dehydrogenase  29.84 
 
 
449 aa  181  2e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1847  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.66 
 
 
464 aa  182  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0478321  normal  0.511647 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3932  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.27 
 
 
475 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000133391  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1096  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.55 
 
 
464 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3911  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.31 
 
 
475 aa  181  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000450783  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0994  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.77 
 
 
479 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0279881  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6519  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.12 
 
 
478 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4052  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.06 
 
 
475 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00676379  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3415  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.88 
 
 
475 aa  179  8e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000233503  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1429  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  29.92 
 
 
515 aa  179  8e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.905339  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4459  dihydrolipoamide dehydrogenase  29.61 
 
 
473 aa  179  9e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.250901 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0794  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.61 
 
 
464 aa  179  1e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0822036  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>