70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2260 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01360  IS3 element protein InsF  99.87 
 
 		 867 bp  1526    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.236251  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01028  putative transposase for IS3  99.86 
 
 		 816 bp  1425    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0042  ISEc17, transposase orfB  94.83 
 
 		 585 bp  729    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4704  ISEc16, orfB  99.87 
 
 		 867 bp  1526    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01035  hypothetical protein  99.87 
 
 		 867 bp  1526    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01372    99.87 
 
 		 1163 bp  1526    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.282168  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2260    100 
 
 		 834 bp  1653    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3746  integrase catalytic region  99.87 
 
 		 867 bp  1518    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.05522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3716  integrase catalytic region  99.87 
 
 		 867 bp  1518    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2570  integrase catalytic region  99.87 
 
 		 867 bp  1526    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0458433 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0729  integrase catalytic region  99.87 
 
 		 867 bp  1518    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01520  hypothetical protein  99.87 
 
 		 897 bp  1526    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4847  IS3, transposase orfB  99.48 
 
 		 867 bp  1503    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3025  IS3, transposase orfB  99.61 
 
 		 867 bp  1511    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1773    99.61 
 
 		 868 bp  1511    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.627034  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2616  Integrase catalytic region  99.87 
 
 		 867 bp  1526    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.170186  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01525  putative transposase for IS3  99.87 
 
 		 867 bp  1526    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02696  putative transposase for IS3  99.86 
 
 		 807 bp  1407    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.367073  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1569  Integrase catalytic region  99.87 
 
 		 867 bp  1526    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0876401  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1146  IS3, transposase orfB  99.87 
 
 		 867 bp  1526    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2506  Integrase catalytic region  99.87 
 
 		 867 bp  1526    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.239261  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3237  Integrase catalytic region  99.87 
 
 		 867 bp  1526    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3304  Integrase catalytic region  99.87 
 
 		 867 bp  1526    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.408812  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02658    99.87 
 
 		 1163 bp  1526    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.404747  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0074    98.32 
 
 		 868 bp  1431    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0079    99.74 
 
 		 868 bp  1518    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0082    99.74 
 
 		 868 bp  1518    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0254232  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1145    99.74 
 
 		 867 bp  1518    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0200183  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0198    95.58 
 
 		 641 bp  549  1e-154  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1228    84.41 
 
 		 854 bp  383  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0074    90.55 
 
 		 399 bp  313  4e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.376988 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2945  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  80.65 
 
 		 867 bp  262  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19707e-26 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0214    91.26 
 
 		 564 bp  256  9.000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3159    84.96 
 
 		 432 bp  252  1e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0365    81.01 
 
 		 561 bp  246  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1118  ISEc16, orfB  80.31 
 
 		 867 bp  246  9e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.433654  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0213    90.69 
 
 		 250 bp  246  9e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0359  ISEc16, orfB  80.81 
 
 		 624 bp  238  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0059    93.25 
 
 		 265 bp  230  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0417    82.2 
 
 		 471 bp  192  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00057901 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4202    86.19 
 
 		 825 bp  186  7e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1240    87.77 
 
 		 333 bp  141  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.268129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1239    82.55 
 
 		 540 bp  141  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.203096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3157    84.42 
 
 		 468 bp  115  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.749394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0356  transposase  81.12 
 
 		 528 bp  113  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4877    85.96 
 
 		 216 bp  99.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.672818  hitchhiker  0.00547052 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1238    100 
 
 		 459 bp  97.6  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4578    86.52 
 
 		 207 bp  81.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4663    86.52 
 
 		 207 bp  81.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0991    97.78 
 
 		 5850 bp  81.8  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3141  hypothetical protein  83.78 
 
 		 240 bp  77.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4878    91.53 
 
 		 534 bp  77.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00461894 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4773  hypothetical protein  95.56 
 
 		 300 bp  73.8  0.00000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.518043  normal  0.771182 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2284  exonuclease family protein  95.56 
 
 		 1131 bp  73.8  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0506505  hitchhiker  9.41038e-17 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0036  transposase family  88 
 
 		 1233 bp  69.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0306  IS3 family element, transposase orfB  88.33 
 
 		 153 bp  63.9  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0261857  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4579    86.11 
 
 		 216 bp  63.9  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4664    86.11 
 
 		 216 bp  63.9  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.200653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2377    86.36 
 
 		 256 bp  60  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1922    100 
 
 		 339 bp  58  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4765  transposase OrfA  100 
 
 		 309 bp  58  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0219    100 
 
 		 198 bp  58  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4589  general L-amino acid transport system permease protein AapM  96.55 
 
 		 1089 bp  50.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09750  Integrase, catalytic domain-containing protein  86.79 
 
 		 861 bp  50.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16550  Integrase, catalytic domain-containing protein  86.79 
 
 		 861 bp  50.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20540  Integrase, catalytic domain-containing protein  86.79 
 
 		 861 bp  50.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36460  Integrase, catalytic domain-containing protein  86.79 
 
 		 603 bp  50.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40520  Integrase, catalytic domain-containing protein  86.79 
 
 		 861 bp  50.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41860  Integrase, catalytic domain-containing protein  86.79 
 
 		 861 bp  50.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0060  integrase catalytic subunit  91.89 
 
 		 543 bp  50.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>