54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3159 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_3159    100 
 
 		 432 bp  856    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01525  putative transposase for IS3  85.88 
 
 		 867 bp  357  2e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02696  putative transposase for IS3  85.88 
 
 		 807 bp  357  2e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.367073  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01520  hypothetical protein  85.88 
 
 		 897 bp  357  2e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02658    85.88 
 
 		 1163 bp  357  2e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.404747  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1228    85.71 
 
 		 854 bp  357  2e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3716  integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  349  4e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01035  hypothetical protein  85.65 
 
 		 867 bp  349  4e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01372    85.65 
 
 		 1163 bp  349  4e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.282168  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4704  ISEc16, orfB  85.65 
 
 		 867 bp  349  4e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01028  putative transposase for IS3  85.65 
 
 		 816 bp  349  4e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3746  integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  349  4e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.05522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2570  integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  349  4e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0458433 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0729  integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  349  4e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3025  IS3, transposase orfB  85.65 
 
 		 867 bp  349  4e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1146  IS3, transposase orfB  85.65 
 
 		 867 bp  349  4e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01360  IS3 element protein InsF  85.65 
 
 		 867 bp  349  4e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.236251  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1569  Integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  349  4e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0876401  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2506  Integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  349  4e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.239261  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2616  Integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  349  4e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.170186  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3237  Integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  349  4e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3304  Integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  349  4e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.408812  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0042  ISEc17, transposase orfB  85.89 
 
 		 585 bp  345  5.999999999999999e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1773    85.68 
 
 		 868 bp  343  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.627034  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0082    85.68 
 
 		 868 bp  343  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0254232  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4847  IS3, transposase orfB  85.42 
 
 		 867 bp  341  9.999999999999999e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1145    85.42 
 
 		 867 bp  341  9.999999999999999e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0200183  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0074    85.45 
 
 		 868 bp  335  6e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0079    85.45 
 
 		 868 bp  335  6e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0359  ISEc16, orfB  83.57 
 
 		 624 bp  281  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4202    87.37 
 
 		 825 bp  280  3e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0417    83.33 
 
 		 471 bp  274  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00057901 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2260    84.96 
 
 		 834 bp  252  7e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1240    90.91 
 
 		 333 bp  250  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.268129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2945  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  82.7 
 
 		 867 bp  240  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19707e-26 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0059    87.11 
 
 		 265 bp  240  3e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1118  ISEc16, orfB  89.9 
 
 		 867 bp  234  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.433654  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4664    88.89 
 
 		 216 bp  218  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.200653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4579    88.89 
 
 		 216 bp  218  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4877    87.88 
 
 		 216 bp  202  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.672818  hitchhiker  0.00547052 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0365    81.56 
 
 		 561 bp  180  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4298  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  98.8 
 
 		 171 bp  157  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0306  IS3 family element, transposase orfB  86.93 
 
 		 153 bp  145  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0261857  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1229    92.98 
 
 		 57 bp  81.8  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1151    91.67 
 
 		 48 bp  63.9  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2767    82.35 
 
 		 129 bp  60  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1239    87.04 
 
 		 540 bp  52  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.203096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20540  Integrase, catalytic domain-containing protein  81.19 
 
 		 861 bp  50.1  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36460  Integrase, catalytic domain-containing protein  81.19 
 
 		 603 bp  50.1  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40520  Integrase, catalytic domain-containing protein  81.19 
 
 		 861 bp  50.1  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41860  Integrase, catalytic domain-containing protein  81.19 
 
 		 861 bp  50.1  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16550  Integrase, catalytic domain-containing protein  81.19 
 
 		 861 bp  50.1  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09750  Integrase, catalytic domain-containing protein  81.19 
 
 		 861 bp  50.1  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0036  transposase family  84.21 
 
 		 1233 bp  48.1  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>