66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_F0074 on replicon NC_009786
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012892  B21_02658    98.39 
 
 
1163 bp  1602    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.404747  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4704  ISEc16, orfB  98.27 
 
 
867 bp  1594    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01028  putative transposase for IS3  98.41 
 
 
816 bp  1509    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01035  hypothetical protein  98.27 
 
 
867 bp  1594    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0042  ISEc17, transposase orfB  95.16 
 
 
585 bp  884    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01372    98.27 
 
 
1163 bp  1594    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.282168  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01520  hypothetical protein  98.39 
 
 
897 bp  1602    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2260    98.32 
 
 
834 bp  1431    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3746  integrase catalytic region  98.27 
 
 
867 bp  1594    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.05522  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3716  integrase catalytic region  98.27 
 
 
867 bp  1594    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2570  integrase catalytic region  98.27 
 
 
867 bp  1594    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0458433 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0729  integrase catalytic region  98.27 
 
 
867 bp  1594    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4847  IS3, transposase orfB  97.93 
 
 
867 bp  1570    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3025  IS3, transposase orfB  98.16 
 
 
867 bp  1586    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1773    98.27 
 
 
868 bp  1602    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.627034  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1145    98.16 
 
 
867 bp  1586    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0200183  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01360  IS3 element protein InsF  98.27 
 
 
867 bp  1594    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.236251  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01525  putative transposase for IS3  98.39 
 
 
867 bp  1602    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02696  putative transposase for IS3  98.51 
 
 
807 bp  1499    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.367073  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1569  Integrase catalytic region  98.27 
 
 
867 bp  1594    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0876401  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2506  Integrase catalytic region  98.27 
 
 
867 bp  1594    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.239261  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2616  Integrase catalytic region  98.27 
 
 
867 bp  1594    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.170186  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3237  Integrase catalytic region  98.27 
 
 
867 bp  1594    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3304  Integrase catalytic region  98.27 
 
 
867 bp  1594    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.408812  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0074    100 
 
 
868 bp  1721    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0079    98.39 
 
 
868 bp  1610    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0082    98.62 
 
 
868 bp  1626    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0254232  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1146  IS3, transposase orfB  98.27 
 
 
867 bp  1594    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0198    94.99 
 
 
641 bp  533  1e-149  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1228    84.84 
 
 
854 bp  466  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2945  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  81.74 
 
 
867 bp  361  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.19707e-26 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0059    93 
 
 
265 bp  353  5e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0359  ISEc16, orfB  82.15 
 
 
624 bp  345  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1118  ISEc16, orfB  81.3 
 
 
867 bp  337  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.433654  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3159    85.45 
 
 
432 bp  335  1e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0074    90.55 
 
 
399 bp  313  5e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.376988 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0417    83.52 
 
 
471 bp  291  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00057901 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0365    81.51 
 
 
561 bp  280  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4202    86.51 
 
 
825 bp  270  5.999999999999999e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0213    90.69 
 
 
250 bp  246  9e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1240    87.76 
 
 
333 bp  240  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.268129  normal 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0214    89.11 
 
 
564 bp  216  7.999999999999999e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0306  IS3 family element, transposase orfB  90.91 
 
 
153 bp  186  7e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0261857  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4877    85.25 
 
 
216 bp  168  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.672818  hitchhiker  0.00547052 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1239    82.55 
 
 
540 bp  141  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.203096  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4579    85.39 
 
 
216 bp  139  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4664    84.27 
 
 
216 bp  123  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.200653  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3157    84.42 
 
 
468 bp  115  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.749394  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0356  transposase  81.12 
 
 
528 bp  113  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460458  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3141  hypothetical protein  83.78 
 
 
240 bp  77.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4878    80.62 
 
 
534 bp  71.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00461894 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4298  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  86.9 
 
 
171 bp  71.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1229    93.75 
 
 
57 bp  71.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0036  transposase family  88 
 
 
1233 bp  69.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4578    88.14 
 
 
207 bp  61.9  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4663    88.14 
 
 
207 bp  61.9  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195939  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2377    86.36 
 
 
256 bp  60  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20540  Integrase, catalytic domain-containing protein  88.68 
 
 
861 bp  58  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41860  Integrase, catalytic domain-containing protein  88.68 
 
 
861 bp  58  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40520  Integrase, catalytic domain-containing protein  88.68 
 
 
861 bp  58  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36460  Integrase, catalytic domain-containing protein  88.68 
 
 
603 bp  58  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16550  Integrase, catalytic domain-containing protein  88.68 
 
 
861 bp  58  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09750  Integrase, catalytic domain-containing protein  88.68 
 
 
861 bp  58  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2767    89.13 
 
 
129 bp  52  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0060  integrase catalytic subunit  91.89 
 
 
543 bp  50.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1151    87.5 
 
 
48 bp  48.1  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>