47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4877 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A4877    100 
 
 		 216 bp  428  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.672818  hitchhiker  0.00547052 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0359  ISEc16, orfB  94.44 
 
 		 624 bp  333  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1240    94.44 
 
 		 333 bp  333  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.268129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0417    93.52 
 
 		 471 bp  317  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00057901 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2945  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  93.52 
 
 		 867 bp  317  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19707e-26 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1118  ISEc16, orfB  93.06 
 
 		 867 bp  309  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.433654  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4579    92.59 
 
 		 216 bp  301  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4664    91.83 
 
 		 216 bp  278  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.200653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0365    93.96 
 
 		 561 bp  224  8e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3159    87.88 
 
 		 432 bp  202  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01520  hypothetical protein  86.11 
 
 		 897 bp  190  1e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02658    86.11 
 
 		 1163 bp  190  1e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.404747  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1228    86.11 
 
 		 854 bp  190  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3025  IS3, transposase orfB  86.11 
 
 		 867 bp  190  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02696  putative transposase for IS3  86.11 
 
 		 807 bp  190  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.367073  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01525  putative transposase for IS3  86.11 
 
 		 867 bp  190  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0042  ISEc17, transposase orfB  86.76 
 
 		 585 bp  190  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01035  hypothetical protein  85.65 
 
 		 867 bp  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01372    85.65 
 
 		 1163 bp  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.282168  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4704  ISEc16, orfB  85.65 
 
 		 867 bp  182  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4202    86.27 
 
 		 825 bp  182  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01360  IS3 element protein InsF  85.65 
 
 		 867 bp  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.236251  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3746  integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.05522  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01028  putative transposase for IS3  85.65 
 
 		 816 bp  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3716  integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1569  Integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0876401  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2570  integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0458433 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0729  integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4847  IS3, transposase orfB  85.65 
 
 		 867 bp  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2506  Integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.239261  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1146  IS3, transposase orfB  85.65 
 
 		 867 bp  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1145    85.65 
 
 		 867 bp  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0200183  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2616  Integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.170186  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3237  Integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3304  Integrase catalytic region  85.65 
 
 		 867 bp  182  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.408812  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0079    85.71 
 
 		 868 bp  176  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0082    85.71 
 
 		 868 bp  176  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0254232  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1773    85.71 
 
 		 868 bp  176  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.627034  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0074    85.25 
 
 		 868 bp  168  4e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0059    85.13 
 
 		 265 bp  151  9e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0306  IS3 family element, transposase orfB  90 
 
 		 153 bp  143  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0261857  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4298  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  94.29 
 
 		 171 bp  107  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2260    85.96 
 
 		 834 bp  99.6  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1229    96.49 
 
 		 57 bp  97.6  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1151    89.58 
 
 		 48 bp  56  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2767    81.63 
 
 		 129 bp  52  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4168    96.3 
 
 		 177 bp  46.1  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>