47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1240 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011149  SeAg_B0359  ISEc16, orfB  99.4 
 
 		 624 bp  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1240    100 
 
 		 333 bp  660    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.268129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2945  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  98.8 
 
 		 867 bp  628  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19707e-26 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1118  ISEc16, orfB  98.2 
 
 		 867 bp  613  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.433654  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0417    97.6 
 
 		 471 bp  597  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00057901 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0365    99.25 
 
 		 561 bp  515  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4877    94.44 
 
 		 216 bp  333  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.672818  hitchhiker  0.00547052 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4579    93.98 
 
 		 216 bp  325  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4664    93.52 
 
 		 216 bp  317  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.200653  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1228    86.19 
 
 		 854 bp  295  4e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3025  IS3, transposase orfB  88.52 
 
 		 867 bp  262  6e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01520  hypothetical protein  88.52 
 
 		 897 bp  262  6e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01525  putative transposase for IS3  88.52 
 
 		 867 bp  262  6e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02696  putative transposase for IS3  88.52 
 
 		 807 bp  262  6e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.367073  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02658    88.52 
 
 		 1163 bp  262  6e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.404747  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01360  IS3 element protein InsF  88.11 
 
 		 867 bp  254  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.236251  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4704  ISEc16, orfB  88.11 
 
 		 867 bp  254  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1569  Integrase catalytic region  88.11 
 
 		 867 bp  254  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0876401  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2506  Integrase catalytic region  88.11 
 
 		 867 bp  254  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.239261  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2616  Integrase catalytic region  88.11 
 
 		 867 bp  254  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.170186  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3237  Integrase catalytic region  88.11 
 
 		 867 bp  254  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3304  Integrase catalytic region  88.11 
 
 		 867 bp  254  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.408812  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01028  putative transposase for IS3  88.11 
 
 		 816 bp  254  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3746  integrase catalytic region  88.11 
 
 		 867 bp  254  1e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.05522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3716  integrase catalytic region  88.11 
 
 		 867 bp  254  1e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2570  integrase catalytic region  88.11 
 
 		 867 bp  254  1e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0458433 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0729  integrase catalytic region  88.11 
 
 		 867 bp  254  1e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4847  IS3, transposase orfB  88.11 
 
 		 867 bp  254  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01035  hypothetical protein  88.11 
 
 		 867 bp  254  1e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1146  IS3, transposase orfB  88.11 
 
 		 867 bp  254  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1145    88.11 
 
 		 867 bp  254  1e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0200183  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01372    88.11 
 
 		 1163 bp  254  1e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.282168  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3159    90.91 
 
 		 432 bp  250  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1773    88.16 
 
 		 868 bp  248  8e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.627034  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0082    88.16 
 
 		 868 bp  248  8e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0254232  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0079    88.46 
 
 		 868 bp  242  5e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0074    87.76 
 
 		 868 bp  240  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4202    86.08 
 
 		 825 bp  240  2e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0042  ISEc17, transposase orfB  87.61 
 
 		 585 bp  234  1e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0059    84.77 
 
 		 265 bp  182  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0306  IS3 family element, transposase orfB  86.93 
 
 		 153 bp  145  9e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0261857  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2260    87.77 
 
 		 834 bp  141  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4298  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  95.77 
 
 		 171 bp  117  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1229    98.25 
 
 		 57 bp  105  8e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1151    91.67 
 
 		 48 bp  63.9  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2767    82.83 
 
 		 129 bp  61.9  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1458  hypothetical protein  93.94 
 
 		 150 bp  50.1  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>