46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1239 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A1239    100 
 
 		 540 bp  1070    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.203096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0356  transposase  97.81 
 
 		 528 bp  743    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1118  ISEc16, orfB  95.13 
 
 		 867 bp  892    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.433654  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2945  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  95.67 
 
 		 867 bp  916    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19707e-26 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0365    95.18 
 
 		 561 bp  505  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0359  ISEc16, orfB  94.86 
 
 		 624 bp  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4578    94.71 
 
 		 207 bp  317  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4663    94.23 
 
 		 207 bp  309  4.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4878    86.61 
 
 		 534 bp  212  8e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00461894 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0417    93.97 
 
 		 471 bp  167  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00057901 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2570  integrase catalytic region  82.55 
 
 		 867 bp  141  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0458433 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4704  ISEc16, orfB  82.55 
 
 		 867 bp  141  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01035  hypothetical protein  82.55 
 
 		 867 bp  141  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01372    82.55 
 
 		 1163 bp  141  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.282168  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01520  hypothetical protein  82.55 
 
 		 897 bp  141  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02658    82.55 
 
 		 1163 bp  141  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.404747  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01028  putative transposase for IS3  82.55 
 
 		 816 bp  141  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2260    82.55 
 
 		 834 bp  141  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3746  integrase catalytic region  82.55 
 
 		 867 bp  141  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.05522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3716  integrase catalytic region  82.55 
 
 		 867 bp  141  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0079    82.55 
 
 		 868 bp  141  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01360  IS3 element protein InsF  82.55 
 
 		 867 bp  141  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.236251  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01525  putative transposase for IS3  82.55 
 
 		 867 bp  141  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02696  putative transposase for IS3  82.55 
 
 		 807 bp  141  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.367073  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1569  Integrase catalytic region  82.55 
 
 		 867 bp  141  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0876401  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2506  Integrase catalytic region  82.55 
 
 		 867 bp  141  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.239261  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2616  Integrase catalytic region  82.55 
 
 		 867 bp  141  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.170186  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3237  Integrase catalytic region  82.55 
 
 		 867 bp  141  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3304  Integrase catalytic region  82.55 
 
 		 867 bp  141  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.408812  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0074    82.55 
 
 		 868 bp  141  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0082    82.55 
 
 		 868 bp  141  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0254232  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1145    82.55 
 
 		 867 bp  141  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0200183  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1146  IS3, transposase orfB  82.55 
 
 		 867 bp  141  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0729  integrase catalytic region  82.55 
 
 		 867 bp  141  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1773    82.13 
 
 		 868 bp  133  6e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.627034  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3025  IS3, transposase orfB  82.13 
 
 		 867 bp  133  6e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4847  IS3, transposase orfB  82.13 
 
 		 867 bp  133  6e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1228    94.81 
 
 		 854 bp  121  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3157    84.52 
 
 		 468 bp  117  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.749394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0198    84.25 
 
 		 641 bp  107  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0042  ISEc17, transposase orfB  87.38 
 
 		 585 bp  101  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0213    81.42 
 
 		 250 bp  93.7  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0074    80 
 
 		 399 bp  83.8  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.376988 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4202    80.68 
 
 		 825 bp  79.8  0.0000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3141  hypothetical protein  86.3 
 
 		 240 bp  65.9  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3159    87.04 
 
 		 432 bp  52  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>