76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_A0214 on replicon NC_010660
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E1240  IS1203 transposase orfB  100 
 
 
891 bp  724    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4842    99.73 
 
 
480 bp  716    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.553346  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0102  IS629 transposase orfB  99.18 
 
 
888 bp  700    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0471323  hitchhiker  0.000157883 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2258  IS629 transposase orfB  98.08 
 
 
891 bp  668    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4791  IS1203 transposase orfB  98.9 
 
 
891 bp  692    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.2388 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1664  IS1203 transposase orfB  99.73 
 
 
891 bp  716    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0208  IS629 transposase orfB  100 
 
 
891 bp  724    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0214    100 
 
 
564 bp  1118    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0221  IS629 transposase orfB  100 
 
 
891 bp  724    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0297  IS629 transposase orfB  100 
 
 
891 bp  724    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000478745  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0134  IS629 transposase orfB  96.99 
 
 
891 bp  636  1e-180  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0247  IS629 transposase orfB  96.99 
 
 
891 bp  636  1e-180  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.45525  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4763  IS1203 transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4642  IS629 transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.835933  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0291  IS629, transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.638063 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0988  IS629 transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4771  IS1203 transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.220432  normal 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0041  IS629, transposase orfB  96.71 
 
 
888 bp  628  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1170  IS629, transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.728097  normal  0.563398 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1178  IS629, transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1657  IS629, transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000216946  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3516  IS629, transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0367503 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3386  IS629, transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3232  IS629, transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.312429  hitchhiker  0.000944743 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2932  IS629, transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.529947  hitchhiker  0.00000000000000217145 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2843  IS629, transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.69714 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2789  IS629, transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.194228  normal 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0015    96.71 
 
 
480 bp  628  1e-178  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3874  IS629, transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.816642 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4591  IS629, transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.987029  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2286  IS629, transposase orfB  96.71 
 
 
891 bp  628  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.292769  hitchhiker  5.1383e-16 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1592  IS629 transposase orfB  96.44 
 
 
891 bp  620  1e-176  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1924  IS629 transposase orfB  96.44 
 
 
891 bp  620  1e-176  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.454462  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0231  IS1203 transposase orfB  96.44 
 
 
891 bp  620  1e-176  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0117658  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0026    96.16 
 
 
480 bp  613  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.144429  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0054    96.16 
 
 
480 bp  613  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0035  IS629, transposase orfB  95.07 
 
 
888 bp  581  1e-164  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2665  transposase  95.07 
 
 
690 bp  581  1e-164  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000236219 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2492  IS629, transposase orfB  94.79 
 
 
888 bp  573  1e-161  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1379  IS629, transposase orfB  94.52 
 
 
888 bp  565  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.822294  normal  0.0945096 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2680  IS629, transposase orfB  94.52 
 
 
888 bp  565  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00648038  normal  0.0200158 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1303  IS629, transposase orfB  94.52 
 
 
888 bp  565  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0102  IS629, transposase orfB  94.25 
 
 
888 bp  557  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.147873  normal 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0081    99.32 
 
 
669 bp  281  1e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000841675  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0059    99.32 
 
 
669 bp  281  1e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4704  ISEc16, orfB  91.26 
 
 
867 bp  256  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02658    91.26 
 
 
1163 bp  256  6e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.404747  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01035  hypothetical protein  91.26 
 
 
867 bp  256  6e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01372    91.26 
 
 
1163 bp  256  6e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.282168  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01520  hypothetical protein  91.26 
 
 
897 bp  256  6e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01360  IS3 element protein InsF  91.26 
 
 
867 bp  256  6e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.236251  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2616  Integrase catalytic region  91.26 
 
 
867 bp  256  6e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.170186  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3237  Integrase catalytic region  91.26 
 
 
867 bp  256  6e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3304  Integrase catalytic region  91.26 
 
 
867 bp  256  6e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.408812  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2506  Integrase catalytic region  91.26 
 
 
867 bp  256  6e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.239261  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1569  Integrase catalytic region  91.26 
 
 
867 bp  256  6e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0876401  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0079    91.26 
 
 
868 bp  256  6e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1145    91.26 
 
 
867 bp  256  6e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0200183  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1146  IS3, transposase orfB  91.26 
 
 
867 bp  256  6e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4847  IS3, transposase orfB  91.26 
 
 
867 bp  256  6e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0729  integrase catalytic region  91.26 
 
 
867 bp  256  6e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2570  integrase catalytic region  91.26 
 
 
867 bp  256  6e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0458433 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3716  integrase catalytic region  91.26 
 
 
867 bp  256  6e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3746  integrase catalytic region  91.26 
 
 
867 bp  256  6e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.05522  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2260    91.26 
 
 
834 bp  256  6e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01525  putative transposase for IS3  91.26 
 
 
867 bp  256  6e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0082    91.46 
 
 
868 bp  250  4e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0254232  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3025  IS3, transposase orfB  90.78 
 
 
867 bp  248  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1773    90.78 
 
 
868 bp  248  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.627034  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01028  putative transposase for IS3  91.33 
 
 
816 bp  244  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0198    89.95 
 
 
641 bp  234  2e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02696  putative transposase for IS3  91.3 
 
 
807 bp  228  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.367073  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0074    89.11 
 
 
868 bp  216  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0019  hypothetical protein  100 
 
 
204 bp  73.8  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.692933  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0213    100 
 
 
250 bp  69.9  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3157    87.76 
 
 
468 bp  50.1  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.749394  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>