40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0606 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0606  hypothetical protein  100 
 
 		 188 aa  378  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1734  hypothetical protein  32.26 
 
 		 210 aa  111  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4620  hypothetical protein  31.61 
 
 		 199 aa  103  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.317809  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0113  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  33.53 
 
 		 219 aa  101  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.139035  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0557  hypothetical protein  32.97 
 
 		 216 aa  94.7  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2568  TRAP transporter, transmembrane protein, putative  38.03 
 
 		 181 aa  90.9  9e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.667948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3154  TRAP transporter-DctQ subunit putative  37.21 
 
 		 182 aa  85.9  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2484  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.94 
 
 		 169 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.01974 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1376  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.94 
 
 		 169 aa  60.5  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1875  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component  29.46 
 
 		 183 aa  54.3  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00459438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1970  TRAP dicarboxylate transporter  27.27 
 
 		 688 aa  53.1  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.413092  normal  0.415684 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0558  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.54 
 
 		 159 aa  52  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5135  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.36 
 
 		 189 aa  50.8  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.621733 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0524  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.69 
 
 		 172 aa  50.8  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1412  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.36 
 
 		 178 aa  50.8  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.210554  normal  0.0626613 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0033  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.58 
 
 		 187 aa  49.7  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.870626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2076  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.17 
 
 		 168 aa  49.7  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.380977  normal  0.312464 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1778  hypothetical protein  29.13 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442336  normal  0.0573301 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2910  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.47 
 
 		 230 aa  48.9  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3149  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.05 
 
 		 201 aa  48.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0190342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0643  hypothetical protein  28.89 
 
 		 170 aa  47.4  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0648569 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7254  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  22.38 
 
 		 209 aa  47  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.343633  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1662  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.82 
 
 		 241 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.892075 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1387  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.82 
 
 		 241 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495058 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1025  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.57 
 
 		 185 aa  47  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.045195  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1383  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.06 
 
 		 241 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0125297  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1403  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  25.74 
 
 		 174 aa  46.2  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.392798  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3061  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.12 
 
 		 186 aa  45.8  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.287187  hitchhiker  0.000081525 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2293  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.81 
 
 		 176 aa  45.1  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0961  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  25.38 
 
 		 168 aa  45.1  0.0006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.093725  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3545  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.98 
 
 		 188 aa  44.7  0.0007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.940799 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2812  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.56 
 
 		 185 aa  44.3  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1773  hypothetical protein  30.82 
 
 		 169 aa  44.3  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.110118 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0629  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.71 
 
 		 162 aa  43.5  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0377495  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3083  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.78 
 
 		 186 aa  43.1  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.34847  normal  0.232987 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1608  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.04 
 
 		 169 aa  42.4  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3878  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 183 aa  42  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2457  tripartite ATP-independent periplasmic transporters, DctQ component, putative  31.21 
 
 		 156 aa  42  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3640  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.67 
 
 		 165 aa  41.6  0.006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.6832  normal  0.687836 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1553  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.43 
 
 		 200 aa  41.6  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>