More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_0898 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 293 aa  605  9.999999999999999e-173  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  47.39 
 
 		 295 aa  270  2e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  35.74 
 
 		 292 aa  208  8e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 292 aa  208  8e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 307 aa  202  8e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2769  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0236  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2679  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.626987  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3502  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2922  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 319 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 297 aa  182  4.0000000000000006e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0045  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 308 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0047  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 308 aa  182  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0063  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 308 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0026  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0044  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0036  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 308 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565587  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19670  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.663565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1693  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3228  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.155209 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  33.56 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4627  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 293 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  33.56 
 
 		 294 aa  172  5.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 293 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.55 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 295 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 296 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 320 aa  163  4.0000000000000004e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  31.36 
 
 		 295 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  31.36 
 
 		 295 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  31.36 
 
 		 295 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 295 aa  162  6e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  31.36 
 
 		 295 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  31.36 
 
 		 295 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 295 aa  162  7e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 294 aa  161  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 295 aa  161  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0828  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  159  5e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 295 aa  159  7e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0420  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 296 aa  158  9e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 300 aa  157  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4429  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.353494  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  30.82 
 
 		 294 aa  156  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 295 aa  155  6e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 307 aa  152  4e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0953  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 296 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 302 aa  152  8e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3390  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0988  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0974  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.966458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0894  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.45 
 
 		 290 aa  145  5e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0901  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 302 aa  145  9e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000228882 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1046  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 296 aa  144  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2928  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0645759  normal  0.282889 
 
 
-
 
NC_004310  BR0324  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 296 aa  142  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0340  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.45 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1336  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.916876  normal  0.272272 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.45 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.45 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.45 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.45 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  29.45 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.45 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.45 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1401  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  30.41 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  30.41 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  30.41 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  30.41 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>