More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0733 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0733  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  647    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3307  transcriptional regulator, LysR family  73.81 
 
 		 294 aa  436  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4269  LysR family transcriptional regulator  71.53 
 
 		 297 aa  422  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  65.17 
 
 		 305 aa  356  2.9999999999999997e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  61.97 
 
 		 303 aa  348  7e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6259  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6661  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 299 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6426  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 299 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 299 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4774  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 296 aa  209  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 304 aa  192  7e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 293 aa  186  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  42.36 
 
 		 299 aa  186  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 296 aa  186  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 296 aa  185  9e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  41.18 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  38.3 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 321 aa  171  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.08 
 
 		 294 aa  162  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 310 aa  162  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 		 294 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 		 294 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 310 aa  159  6e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 294 aa  159  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 302 aa  159  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3000  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  35.82 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 300 aa  152  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  36.05 
 
 		 302 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0747  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 302 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 306 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 318 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3637  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.360851 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4031  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 293 aa  149  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.252627  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.55 
 
 		 329 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.55 
 
 		 329 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.55 
 
 		 329 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2723  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 310 aa  149  8e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4445  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 299 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.528712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.48 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0879  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 314 aa  147  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0572  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 311 aa  146  5e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.220776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 305 aa  146  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 293 aa  145  9e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 293 aa  145  9e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 		 293 aa  145  9e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.83 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 296 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.78 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  32.3 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.22 
 
 		 328 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  33.91 
 
 		 305 aa  144  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 305 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 305 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 315 aa  142  5e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0844  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 295 aa  142  5e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.546579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 295 aa  142  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.89 
 
 		 313 aa  142  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5424  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 311 aa  142  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.23 
 
 		 323 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.23 
 
 		 328 aa  142  9e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  30.41 
 
 		 315 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.55 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>