110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0022 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0015  tRNA-Leu  96 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0181398  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0050  tRNA-Leu  96 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.167619  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0033  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0031  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000305297  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0022  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000969844  normal  0.805987 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0066  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.557427  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0019  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0357055  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0054  tRNA-Leu  97.37 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.0000012405  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0039  tRNA-Leu  95 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000063325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0031  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.045624  normal  0.187566 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0035  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.986583  normal  0.610194 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0022  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0055  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.143811  hitchhiker  0.0000015114 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1580  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1615  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.622416 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0006  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0789376  normal  0.851363 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0076  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000528748  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0028  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.444964  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0020  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0381951  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0017  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0002  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.318863  normal  0.56109 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0004  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.446366  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0025  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000676753  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0058  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000819667  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0033  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1859  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0051  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0019  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.531024  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0054  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000628501  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0185  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0003  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 84 bp  54  0.000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0070  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.436303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0073  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.218287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0005  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 84 bp  54  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 81 bp  54  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 81 bp  54  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0027  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0039  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0042  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105612  normal  0.123579 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0094  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0027  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0033  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.37116 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0027  tRNA-Leu  87.76 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.319265  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0022  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0031  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0004  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00103905  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0057  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0404485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0036  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0034  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.148891  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0032  tRNA-Leu  90 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11710  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.35262 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09040  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00190056  normal  0.352495 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0044  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000291154  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0030  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000143039  normal  0.038652 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0036  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000019352  hitchhiker  0.000141748 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0015  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.134139  normal  0.0596328 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0025  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.330204  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0045  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259532  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0067  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.07892  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0068  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.46503  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.191845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0527771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0026  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000243318 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0025  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.333902  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0016  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1890  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0034  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0742482  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0035  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248446  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0070  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.39882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0044  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0016  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.23668 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0080  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309257  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0009  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>