More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2220 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
314 aa  652    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  74.04 
 
 
315 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  70.45 
 
 
310 aa  464  9.999999999999999e-131  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.45 
 
 
320 aa  456  1e-127  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000773597 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.22 
 
 
310 aa  193  3e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.63 
 
 
309 aa  189  4e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.56 
 
 
313 aa  189  4e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.01 
 
 
309 aa  187  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.94 
 
 
309 aa  185  7e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.62 
 
 
330 aa  183  4.0000000000000006e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409004  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.85 
 
 
310 aa  181  2e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.48 
 
 
313 aa  181  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.02 
 
 
303 aa  177  1e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.43 
 
 
306 aa  177  2e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.31 
 
 
331 aa  177  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  36.51 
 
 
302 aa  176  4e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.92 
 
 
329 aa  175  9.999999999999999e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.87 
 
 
317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  33.02 
 
 
326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.05 
 
 
310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.78 
 
 
321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000491095  unclonable  4.61706e-23 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.48 
 
 
310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.38 
 
 
296 aa  172  9e-42  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.18 
 
 
314 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.51 
 
 
302 aa  171  1e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.91 
 
 
310 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.06 
 
 
311 aa  171  2e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.78 
 
 
323 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.74 
 
 
314 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.38 
 
 
305 aa  171  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.83 
 
 
333 aa  170  3e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.24 
 
 
310 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0795  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  36.75 
 
 
344 aa  169  6e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
316 aa  169  6e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0690  NAD dependent epimerase/dehydratase family  36.75 
 
 
345 aa  169  6e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.595947  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  36.71 
 
 
318 aa  168  9e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.09 
 
 
331 aa  168  9e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0648845  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.74 
 
 
306 aa  168  9e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1079  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
343 aa  167  1e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.471078  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.69 
 
 
292 aa  167  2e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.34 
 
 
292 aa  167  2e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13665  UDP-glucose 4-epimerase galE1  35.99 
 
 
314 aa  167  2e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0159869 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.29 
 
 
345 aa  167  2e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1121  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  36.99 
 
 
330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0894  NAD dependent epimerase/dehydratase family  37.11 
 
 
331 aa  166  4e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.37 
 
 
306 aa  166  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.84 
 
 
309 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.03 
 
 
327 aa  166  5e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01011  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.23 
 
 
324 aa  166  5e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.533116 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
336 aa  166  5e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.150051  normal  0.64899 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.3 
 
 
299 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
314 aa  165  8e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.51 
 
 
310 aa  165  9e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.65 
 
 
310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.16 
 
 
292 aa  164  3e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.06 
 
 
328 aa  164  3e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.41 
 
 
328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.62 
 
 
312 aa  163  4.0000000000000004e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.7 
 
 
317 aa  162  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.7 
 
 
317 aa  162  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.307285  normal  0.160905 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.87 
 
 
325 aa  162  5.0000000000000005e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1901  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.52 
 
 
312 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.747333  normal  0.141884 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.28 
 
 
311 aa  162  7e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.95 
 
 
301 aa  162  8.000000000000001e-39  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0360193  hitchhiker  0.000175953 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  37.36 
 
 
309 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37 
 
 
309 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.01 
 
 
310 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.5 
 
 
311 aa  161  1e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.56 
 
 
309 aa  161  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.1 
 
 
332 aa  161  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.299125 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.05 
 
 
326 aa  160  2e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.476272  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.01 
 
 
310 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0563  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.75 
 
 
321 aa  158  9e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.06 
 
 
321 aa  158  1e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8322  UDP-glucose 4-epimerase  35.09 
 
 
314 aa  158  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.57 
 
 
321 aa  157  3e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0561  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.44 
 
 
321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.85 
 
 
328 aa  156  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.93 
 
 
345 aa  155  9e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0418  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  33.44 
 
 
321 aa  154  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.8 
 
 
334 aa  154  1e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.245783 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  33.33 
 
 
307 aa  154  1e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.44 
 
 
321 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0422  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  33.44 
 
 
321 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0488  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.44 
 
 
321 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.44 
 
 
321 aa  154  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.15 
 
 
328 aa  154  2e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.29 
 
 
316 aa  154  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.556452  hitchhiker  0.000650625 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4020  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
318 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1809  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.17 
 
 
302 aa  154  2e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.41 
 
 
313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.5 
 
 
328 aa  153  4e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.71 
 
 
322 aa  153  4e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0169  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase (UDP-glucose 4-epimerase)  33.01 
 
 
319 aa  152  5e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.54 
 
 
285 aa  152  5e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4115  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.33 
 
 
346 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0560376  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0424  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.13 
 
 
321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
346 aa  152  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.784993 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.83 
 
 
312 aa  152  7e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>