More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1578 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1578  radical SAM family protein  100 
 
 		 280 aa  588  1e-167  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0135  (Formate-C-acetyltransferase)-activating enzyme  47.12 
 
 		 294 aa  261  1e-68  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.957254 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1777  (Formate-C-acetyltransferase)-activating enzyme  48.87 
 
 		 279 aa  260  2e-68  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000493175  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0637  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  48.79 
 
 		 273 aa  240  2e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.581706  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0641  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  48.39 
 
 		 273 aa  232  4.0000000000000004e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4819  pyruvate formate lyase activating enzyme  42.05 
 
 		 287 aa  205  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.387597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4921  pyruvate formate lyase activating enzyme  42.05 
 
 		 287 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3677  radical SAM domain-containing protein  41.43 
 
 		 287 aa  204  1e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.005025 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4886  pyruvate formate lyase activating enzyme  42.05 
 
 		 287 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0614153  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0270  radical SAM domain-containing protein  40.55 
 
 		 292 aa  203  3e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000473608 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4973  pyruvate formate lyase activating enzyme  42.05 
 
 		 287 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.577557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4980  pyruvate formate lyase activating enzyme  41.7 
 
 		 287 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.902486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3944  radical SAM domain-containing protein  39.02 
 
 		 292 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04255  predicted pyruvate formate lyase activating enzyme  40.71 
 
 		 287 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.542782  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04221  hypothetical protein  40.71 
 
 		 287 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.606707  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3619  Radical SAM domain protein  40.71 
 
 		 287 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4614  radical SAM domain-containing protein  40.71 
 
 		 287 aa  199  3e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4927  radical SAM domain-containing protein  41.13 
 
 		 287 aa  199  5e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0267  putative pyruvate formate lyase activating enzyme  39.02 
 
 		 298 aa  195  6e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0149457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4923  radical SAM domain protein  40 
 
 		 287 aa  194  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5892  radical SAM domain protein  40.36 
 
 		 287 aa  194  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4977  radical SAM domain-containing protein  39.29 
 
 		 287 aa  192  4e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.258865  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2065  radical SAM domain-containing protein  37.19 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2408  radical activating enzyme  37.98 
 
 		 286 aa  191  9e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1084  putative 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  41.83 
 
 		 303 aa  191  9e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003579  radical activating enzyme  42.23 
 
 		 293 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2061  Radical SAM domain protein  37.28 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000288905 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2284  radical SAM domain-containing protein  36.93 
 
 		 298 aa  185  6e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00260507  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2401  radical SAM domain-containing protein  36.59 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.312992  unclonable  0.00000836266 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1984  radical SAM domain-containing protein  35.44 
 
 		 320 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.450438  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0539  radical SAM domain-containing protein  39.83 
 
 		 286 aa  176  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.536382  normal  0.0504206 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3054  radical-activating enzyme  30.94 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.969131  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1874  radical SAM domain-containing protein  35.48 
 
 		 241 aa  142  9e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0168  glycyl-radical enzyme activating protein family  31.47 
 
 		 303 aa  135  5e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.465492  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2365  glycyl-radical enzyme activating protein family  33.61 
 
 		 306 aa  135  8e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000514278  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3258  glycyl-radical enzyme activating protein family  27.44 
 
 		 303 aa  132  5e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.807185  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3704  glycyl-radical enzyme activating protein family  31.25 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0980  glycyl-radical activating family protein  32.64 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.131362 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2477  glycyl-radical enzyme activating protein family  30.62 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.731109  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2102  pyruvate formate-lyase-activating enzyme, putative  28.28 
 
 		 298 aa  126  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.510382  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1073  glycyl-radical enzyme activating protein family  31.98 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.949815  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0207  glycyl-radical activating family protein  31.65 
 
 		 306 aa  124  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2752  glycyl-radical activating family protein  31.42 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02539  hypothetical protein  33.48 
 
 		 236 aa  122  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2192  glycyl-radical activating family protein  30.8 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1396  glycerol dehydratase activating enzyme  30.42 
 
 		 322 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.214688  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2820  pyruvate formate-lyase activating enzyme  32.27 
 
 		 250 aa  118  9e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000272816  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17450  glycyl-radical enzyme activator family protein  33.71 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.478583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0506  pyruvate formate-lyase activating enzyme  29.3 
 
 		 238 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0339577  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1176  glycyl-radical activating protein  32.11 
 
 		 306 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2966  glycyl-radical activating family protein  27.95 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2144  glycyl-radical enzyme activating protein family  30.97 
 
 		 298 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1438  glycyl-radical enzyme activating protein family  31.87 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0513  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  30.91 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3277  glycyl-radical activating family protein  30.37 
 
 		 318 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0425  formate acetyltransferase activating enzyme (pyruvate formate-lyase activating enzyme)  32.24 
 
 		 243 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3544  glycyl-radical enzyme activating protein family  28.57 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0427  pyruvate formate-lyase activating enzyme  30.18 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0482  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  32.24 
 
 		 243 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0510  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  32.24 
 
 		 243 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3715  glycyl-radical enzyme activating protein family  30 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0491  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  32.24 
 
 		 243 aa  110  3e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4810  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  30.55 
 
 		 243 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2500  glycyl-radical enzyme activating protein family  28.09 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0490  glycyl-radical activating family protein  30.82 
 
 		 307 aa  109  5e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.164514 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0564  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  31.84 
 
 		 243 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0916  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  33.67 
 
 		 306 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0858803  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0566  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  31.84 
 
 		 243 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1247  glycyl-radical enzyme activating protein family  26.75 
 
 		 299 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0421  formate acetyltransferase activating enzyme (pyruvate formate-lyase activating enzyme)  31.84 
 
 		 243 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0432  pyruvate formate-lyase activating enzyme  31.84 
 
 		 243 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2581  pyruvate formate-lyase activating enzyme  29.88 
 
 		 240 aa  106  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0367  glycyl-radical enzyme activating protein family  29.89 
 
 		 310 aa  106  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23160  pyruvate formate-lyase activating enzyme  28.32 
 
 		 247 aa  106  5e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3281  radical-activating enzyme  27.88 
 
 		 320 aa  105  7e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1586  glycyl-radical enzyme activating protein family  29.45 
 
 		 314 aa  104  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0487316  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1605  pyruvate-formate lyase activating enzyme  30.58 
 
 		 266 aa  104  1e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1272  radical-activating enzyme  30.08 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1358  glycyl-radical enzyme activating protein family  25.18 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1460  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30.14 
 
 		 246 aa  103  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4904  glycyl-radical enzyme activating protein family  28.32 
 
 		 327 aa  103  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0297  pyruvate formate-lyase activating enzyme  30.15 
 
 		 247 aa  102  6e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4091  glycyl-radical enzyme activating protein family  28.52 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3391  pyruvate formate-lyase activating enzyme  29.21 
 
 		 249 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1999  pyruvate-formate lyase activating enzyme  26.64 
 
 		 263 aa  99  7e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.637211  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1996  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.4 
 
 		 246 aa  98.2  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003978  pyruvate formate-lyase activating enzyme  29.81 
 
 		 246 aa  98.2  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1422  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.68 
 
 		 246 aa  98.2  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2379  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.4 
 
 		 246 aa  97.4  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0648375  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1728  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.24 
 
 		 246 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00906  pyruvate formate lyase activating enzyme 1  27.68 
 
 		 246 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.84876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2741  pyruvate formate-lyase activating enzyme  27.68 
 
 		 246 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0692  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  27.6 
 
 		 293 aa  97.1  3e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.104164  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2694  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.68 
 
 		 246 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.489101 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0980  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.78 
 
 		 265 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1063  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.68 
 
 		 246 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1008  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.68 
 
 		 246 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.312248  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00913  hypothetical protein  27.68 
 
 		 246 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.880778  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2426  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.68 
 
 		 255 aa  97.1  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0764987  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2672  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.7 
 
 		 246 aa  96.7  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.209524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>