More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0089 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0089  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0009  tRNA-Met  97.1 
 
 		 72 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.426915 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0041  tRNA-Met  96.49 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0064  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00167035  normal  0.614853 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0053  tRNA-Met  92.06 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-2  tRNA-Met  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0970138  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0028  tRNA-Met  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0014  tRNA-Met  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0018085  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0042  tRNA-Met  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0290864  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0005  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Met-3  tRNA-Met  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0037  tRNA-Met  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1097  tRNA-Met  90.62 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0455  tRNA-Met  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00135587  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2163  tRNA-Met  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.214808  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2250  tRNA-Met  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1453  tRNA-Met  95.65 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0032  tRNA-Met  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0039  tRNA-Met  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0004  tRNA-Met  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000171027  normal  0.958978 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0011  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00089204  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0018  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00237238  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0035  tRNA-Met  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0039  tRNA-Met  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.788311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0043  tRNA-Met  95.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0019  tRNA-Met  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0837222 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0035  tRNA-Met  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.906537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0036  tRNA-Met  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.784357  normal  0.0160013 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0053  tRNA-Met  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.307129  normal  0.0211178 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0032  tRNA-Met  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0058  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000407746  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0021  tRNA-Met  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.114788  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0753  tRNA-Met  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0540995  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0034  tRNA-Met  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0025  tRNA-Met  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0002  tRNA-Met  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.594163  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07715  tRNA-Met  94.12 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.461139  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0006  tRNA-Met  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.0000000000568844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0039  tRNA-Met  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0024  tRNA-Met  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0045  tRNA-Met  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet03  tRNA-Met  93.48 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.02291 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1572  tRNA-Met  93.48 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1598  tRNA-Met  93.48 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000050926  normal  0.567134 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1607  tRNA-Met  93.48 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.836309 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0062  tRNA-Met  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0013  tRNA-Met  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.105797  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0034  tRNA-Met  97.37 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168709  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0023  tRNA-Met  97.37 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.3726300000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0633  tRNA-Met  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  unclonable  0.00000000739177  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0029  tRNA-Met  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000365135 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0052  tRNA-Met  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0049  tRNA-Met  97.37 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000256943  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0036  tRNA-Met  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465493  normal  0.444935 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-1  tRNA-Met  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-2  tRNA-Met  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0089  tRNA-Met  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014219  hitchhiker  0.00718403 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0045  tRNA-Met  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00820009  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0045  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.207036  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0061  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0038  tRNA-Met  88.41 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0040  tRNA-Met  88.41 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0036  tRNA-Met  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000000382466  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0048  tRNA-Met  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0036  tRNA-Met  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000106815  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0048  tRNA-Met  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.726502  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0018  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.721782  hitchhiker  0.000298186 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0019  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000306016 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0020  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000296259 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0021  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313815 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0022  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030404 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0023  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00031593 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0051  tRNA-Met  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.289296 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0018  tRNA-Met  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0028  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0018  tRNA-Met  90.57 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0017  tRNA-Met  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.655239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0606  tRNA-Met  90 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-1  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-3  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.589398  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-4  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.567742  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-5  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0012  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0040  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.318814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0030  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0035  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0088  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1722  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0043  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAMetVIMSS1309263  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.105935 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0020  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0013  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.474812  normal  0.0245771 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1100  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000893651  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAMetVIMSS1309377  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  hitchhiker  0.00798098  hitchhiker  0.0000123944 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0020  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.798024  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0058  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0093  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.482828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000116747 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0050  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.540362  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0010  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000563126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>