More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_R0058 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_R0058  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0093  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.482828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000116747 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0089  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014219  hitchhiker  0.00718403 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0014  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000138583  hitchhiker  0.00843441 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0042  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00068414  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0048  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00409102  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26130  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet03  tRNA-Met  90.54 
 
 		 79 bp  91.7  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.02291 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0633  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  unclonable  0.00000000739177  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0088  tRNA-Met  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt019  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00289748  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0083  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0007  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0026  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  6.52648e-26  unclonable  0.0000000488908 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0014  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0042  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.324618  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0086  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0019  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0324694  normal  0.0212218 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0024  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0898053 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0025  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2792  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000935283  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2795  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000169803  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2478  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00948036  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2481  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000303707  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0093  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0094  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0095  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0096  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0097  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0005  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.208114  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0043  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0049  tRNA-Met  90.67 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0512381 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0074  tRNA-Met  97.87 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0141721  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0075  tRNA-Met  91.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.928415 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0076  tRNA-Met  91.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.931993 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0077  tRNA-Met  91.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.931993 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0023  tRNA-Met  90.67 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.216301  normal  0.182837 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0006  tRNA-Met  98 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.0000000000568844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0024  tRNA-Met  98 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0062  tRNA-Met  97.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0560501  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0062  tRNA-Met  97.96 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-2  tRNA-Met  97.96 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0970138  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0002  tRNA-Met  97.96 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0017  tRNA-Met  97.96 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0002  tRNA-Met  97.96 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.287146 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0029  tRNA-Met  97.96 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000365135 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0041  tRNA-Met  97.96 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0831228  normal  0.361197 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0052  tRNA-Met  97.96 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0013  tRNA-Met  97.96 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.105797  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0014  tRNA-Met  97.96 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0018085  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0061  tRNA-Met  97.96 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0039  tRNA-Met  97.96 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0047  tRNA-Met  97.96 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0042  tRNA-Met  97.96 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0290864  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0005  tRNA-Met  97.96 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03399  tRNA-Met  97.92 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00104  tRNA-Met  97.92 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0127  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00272429  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5022  tRNA-Met  97.92 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00192595  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00108  tRNA-Met  97.92 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t71  tRNA-Met  97.92 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0872657  hitchhiker  0.00727048 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5720  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0159176  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t022  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t56  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-4  tRNA-Met  97.92 
 
 		 80 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00179817  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-5  tRNA-Met  97.92 
 
 		 80 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.996221  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60270  tRNA-Met  97.92 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R19  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000168289  normal  0.0484178 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0011  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00089204  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0018  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00237238  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1185  hypothetical protein  97.73 
 
 		 1431 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.153905 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0033  tRNA-Met  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.219482 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t35  tRNA-Met  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0041  tRNA-Met  97.92 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0034  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0082  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0096  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0045  tRNA-Met  97.92 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00820009  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60370  tRNA-Met  97.92 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0077  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet01  tRNA-Met  97.92 
 
 		 80 bp  79.8  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0040  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000251493  hitchhiker  0.0001025 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0041  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000296842  normal  0.054295 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0033  tRNA-Met  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0037  tRNA-Met  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000756856  normal  0.859731 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0039  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00627079  hitchhiker  0.0000321051 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0026  tRNA-Met  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0419796  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0125  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000166673  hitchhiker  0.000558782 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0091  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000136537  hitchhiker  0.00304334 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4991  tRNA-Met  97.92 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0064  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0171  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000761498  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2747  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177551  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2750  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.88112e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2751  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  4.74519e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0094  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.19946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5465  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.239722  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0057  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0078  tRNA-Met  97.92 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000612862  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>