More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0053 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_R0036  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.784357  normal  0.0160013 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0035  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.906537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0053  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.307129  normal  0.0211178 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0019  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0837222 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0018  tRNA-Met  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0064  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00167035  normal  0.614853 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0041  tRNA-Met  93.44 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0455  tRNA-Met  96.23 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00135587  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0061  tRNA-Met  90.79 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0011  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00089204  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0018  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00237238  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0089  tRNA-Met  93.55 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014219  hitchhiker  0.00718403 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0032  tRNA-Met  94.44 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2250  tRNA-Met  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2163  tRNA-Met  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.214808  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0049  tRNA-Met  91.8 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000256943  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0002  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0053  tRNA-Met  91.8 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0034  tRNA-Met  91.8 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168709  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0017  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0046  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.918384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0005  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0002  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.287146 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0025  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0009  tRNA-Met  94.23 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.426915 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0045  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.207036  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0043  tRNA-Met  91.94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0036  tRNA-Met  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000000382466  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0048  tRNA-Met  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2751  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  4.74519e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-1  tRNA-Met  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-2  tRNA-Met  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0096  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t56  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189804  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0005  tRNA-Met  93.1 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.208114  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA63  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.779094 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0017  tRNA-Met  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.655239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0083  tRNA-Met  93.1 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0036  tRNA-Met  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000106815  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0018  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.721782  hitchhiker  0.000298186 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0019  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000306016 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0048  tRNA-Met  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.726502  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet01  tRNA-Met  88.31 
 
 		 80 bp  75.8  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0051  tRNA-Met  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.289296 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0020  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000296259 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0018  tRNA-Met  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0022  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030404 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0023  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00031593 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0005  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.098649 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0021  tRNA-Met  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313815 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5465  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.239722  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1453  tRNA-Met  95.65 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0094  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.19946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0037  tRNA-Met  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Met-3  tRNA-Met  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t71  tRNA-Met  90.62 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0872657  hitchhiker  0.00727048 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0560  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0007  tRNA-Met  95.92 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0026  tRNA-Met  95.92 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  6.52648e-26  unclonable  0.0000000488908 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0014  tRNA-Met  95.92 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0042  tRNA-Met  95.92 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.324618  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0086  tRNA-Met  95.92 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0068  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0035  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.575749  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60270  tRNA-Met  90.62 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0014  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1097  tRNA-Met  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0019  tRNA-Met  95.92 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0324694  normal  0.0212218 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0024  tRNA-Met  95.92 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0898053 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0016  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.69639  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna34  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.775098  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0023  tRNA-Met  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1603  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0046  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.363544  normal  0.0435272 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0069  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62790  tRNA-Met  90.62 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0016  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0676778  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60370  tRNA-Met  90.62 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0023  tRNA-Met  88.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.247152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0046  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.140483  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03939  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03940  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0042  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000000238456  normal  0.634383 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0004  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000171027  normal  0.958978 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0058  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000407746  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0034  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.544535 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0047  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.808514  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0010  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00010521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0031  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0043  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0014  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0390  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3081  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0048  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00409102  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0032  tRNA-Met  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2621  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1829  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2677  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0772  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1510  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.268798  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>