More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0009 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0009  tRNA-Met  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.426915 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0089  tRNA-Met  97.1 
 
 		 75 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  113  6e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0053  tRNA-Met  95.24 
 
 		 72 bp  101  2e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0028  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0042  tRNA-Met  98.04 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0290864  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0037  tRNA-Met  93.65 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Met-3  tRNA-Met  93.65 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-2  tRNA-Met  98.04 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0970138  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0014  tRNA-Met  98.04 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0018085  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1097  tRNA-Met  93.65 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0005  tRNA-Met  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0064  tRNA-Met  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00167035  normal  0.614853 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1453  tRNA-Met  97.92 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0455  tRNA-Met  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00135587  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2250  tRNA-Met  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2163  tRNA-Met  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.214808  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0633  tRNA-Met  94.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  unclonable  0.00000000739177  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0018  tRNA-Met  94.34 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0011  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00089204  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0019  tRNA-Met  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0837222 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0035  tRNA-Met  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.906537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0053  tRNA-Met  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.307129  normal  0.0211178 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0018  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00237238  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0025  tRNA-Met  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0036  tRNA-Met  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.784357  normal  0.0160013 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0052  tRNA-Met  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0036  tRNA-Met  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.465493  normal  0.444935 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0039  tRNA-Met  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0013  tRNA-Met  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.105797  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0029  tRNA-Met  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000365135 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0006  tRNA-Met  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.0000000000568844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0024  tRNA-Met  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0058  tRNA-Met  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000407746  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet03  tRNA-Met  95.74 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.02291 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1572  tRNA-Met  95.74 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1598  tRNA-Met  95.74 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000050926  normal  0.567134 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1607  tRNA-Met  95.74 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.836309 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0062  tRNA-Met  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  91.94 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0034  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168709  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0032  tRNA-Met  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0004  tRNA-Met  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000171027  normal  0.958978 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0045  tRNA-Met  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0049  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000256943  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0021  tRNA-Met  95.65 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.114788  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0753  tRNA-Met  95.65 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0540995  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0024  tRNA-Met  95.92 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000264757  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0083  tRNA-Met  95.92 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000703171  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0040  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0041  tRNA-Met  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000116747 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0028  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAMetVIMSS1309108  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0048  tRNA-Met  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00409102  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0093  tRNA-Met  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.482828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0038  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0078  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000612862  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0057  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0127  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00272429  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0012  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0084  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0249486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3201t  tRNA-Met  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-4  tRNA-Met  93.62 
 
 		 80 bp  69.9  0.00000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00179817  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-5  tRNA-Met  93.62 
 
 		 80 bp  69.9  0.00000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.996221  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt019  tRNA-Met  97.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00289748  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0002  tRNA-Met  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.594163  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt41  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3203t  tRNA-Met  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3197t  tRNA-Met  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3199t  tRNA-Met  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.976924  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0026  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3204t  tRNA-Met  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5022  tRNA-Met  93.62 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00192595  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-6  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00021362  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4991  tRNA-Met  93.62 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0029  tRNA-Met  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0090  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419074  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0031  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0036  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0037  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0070  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.734677  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0071  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957172  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0058  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263555  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0060  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0052  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.902877 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0053  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.896198 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0054  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.871356 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0055  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.867908 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0056  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.880459 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0057  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.88568 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0070  tRNA-Met  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0025  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0027  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0008  tRNA-Met  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0047  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0009  tRNA-Met  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0063  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00364456  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0105  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0093247  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0024  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0236841  normal  0.117231 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0025  tRNA-Met  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0370437  normal  0.116281 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>