More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Met-2 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0633  tRNA-Met  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  unclonable  0.00000000739177  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0083  tRNA-Met  94.92 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0746  tRNA-Met  94.92 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0005  tRNA-Met  94.92 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.208114  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0024  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000264757  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0083  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000703171  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0048  tRNA-Met  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00409102  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt019  tRNA-Met  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00289748  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0007  tRNA-Met  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0026  tRNA-Met  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  6.52648e-26  unclonable  0.0000000488908 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0014  tRNA-Met  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0042  tRNA-Met  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.324618  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0086  tRNA-Met  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0019  tRNA-Met  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0324694  normal  0.0212218 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0024  tRNA-Met  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0898053 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0040  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0038  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0028  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00000000334964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0014  tRNA-Met  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000138583  hitchhiker  0.00843441 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0034  tRNA-Met  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26130  tRNA-Met  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0074  tRNA-Met  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0141721  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0009  tRNA-Met  91.94 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.426915 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0026  tRNA-Met  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000815309  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet03  tRNA-Met  92.59 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.02291 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0093  tRNA-Met  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0094  tRNA-Met  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0095  tRNA-Met  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0096  tRNA-Met  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0097  tRNA-Met  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1453  tRNA-Met  92.86 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0041  tRNA-Met  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0025  tRNA-Met  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0041  tRNA-Met  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000116747 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0093  tRNA-Met  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.482828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0018  tRNA-Met  93.62 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2792  tRNA-Met  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000935283  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2795  tRNA-Met  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000169803  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2478  tRNA-Met  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00948036  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2481  tRNA-Met  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000303707  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0037  tRNA-Met  95.65 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0035  tRNA-Met  95.24 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.906537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0019  tRNA-Met  95.24 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0837222 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0011  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00089204  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0018  tRNA-Met  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00237238  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0089  tRNA-Met  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014219  hitchhiker  0.00718403 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0229  tRNA-Met  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0489  tRNA-Met  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.107964  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0228  tRNA-Met  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.883109  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0473  tRNA-Met  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0036  tRNA-Met  95.24 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.784357  normal  0.0160013 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0053  tRNA-Met  95.24 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.307129  normal  0.0211178 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-2  tRNA-Met  89.23 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0970138  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1732  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03939  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03940  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0390  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0772  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0560  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2677  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0016  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.69639  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0014  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0026  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0305546  normal  0.617665 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAMetVIMSS1309167  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0070  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.770554  normal  0.621408 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-4  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0040  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.321259 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0042  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000000238456  normal  0.634383 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1982  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2752  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0035  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.575749  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0054  tRNA-Met  92.45 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0068  tRNA-Met  92.45 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0078  tRNA-Met  92.45 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0056  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.401301  normal  0.029437 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0019  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.119121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0046  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.140483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0030  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.299355 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0060  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1510  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.268798  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1829  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0039  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2621  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAMetVIMSS1309108  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0023  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.22048  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0028  tRNA-Met  89.23 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0034  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1857  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0014  tRNA-Met  89.23 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0018085  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0031  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0043  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0068  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1813  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0046  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.363544  normal  0.0435272 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0042  tRNA-Met  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00068414  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0046  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0046  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0060  tRNA-Met  92.45 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>