More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_R0009 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_R0009  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0024  tRNA-Met  98.65 
 
 		 77 bp  139  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0070  tRNA-Met  98.65 
 
 		 77 bp  139  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.734677  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0071  tRNA-Met  98.65 
 
 		 77 bp  139  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957172  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0006  tRNA-Met  98.65 
 
 		 77 bp  139  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.0000000000568844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0070  tRNA-Met  98.65 
 
 		 77 bp  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0042  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0290864  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0030  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.299355 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0046  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.140483  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-2  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0970138  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0052  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0060  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80591  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-4  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0019  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.119121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1982  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2752  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0054  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0068  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0078  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0029  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000365135 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1857  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2507  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0034  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.544535 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0047  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.808514  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0052  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.491192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0056  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.401301  normal  0.029437 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0039  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0031  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0043  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0090  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419074  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0013  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.105797  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0026  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0305546  normal  0.617665 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0046  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0060  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0070  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.770554  normal  0.621408 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1598  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000050926  normal  0.567134 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0040  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.321259 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0044  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.3828  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0058  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263555  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0068  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0014  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0018085  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0046  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0060  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1732  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2238  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869817  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0062  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0390  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3081  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1813  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2621  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1829  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2677  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0772  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1510  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.268798  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0560  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1603  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0127  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00272429  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5022  tRNA-Met  94.59 
 
 		 79 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00192595  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5720  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0159176  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0105  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0093247  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-4  tRNA-Met  94.59 
 
 		 80 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00179817  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-5  tRNA-Met  94.59 
 
 		 80 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.996221  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-5  tRNA-Met  94.59 
 
 		 80 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000520832  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0078  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000612862  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0057  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0064  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0042  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000000238456  normal  0.634383 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4991  tRNA-Met  94.59 
 
 		 79 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-6  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00021362  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0034  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0058  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000407746  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1572  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1607  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.836309 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0014  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0039  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0030  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0041  tRNA-Met  96.83 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0831228  normal  0.361197 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA11  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.113777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0045  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03939  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03940  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0041  tRNA-Met  94.59 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000116747 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0021    93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.24709  hitchhiker  0.00028661 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0023  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205789  normal  0.0373381 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0019  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0046  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0056  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0022  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.136375  normal  0.0369046 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0027  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0057  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.492622  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0010  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00010521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0026  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0010  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000563126  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0030  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00091315  normal  0.388606 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0023  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000339625  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0026  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0368817  normal  0.25242 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0027  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0686525  normal  0.260083 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0025  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000322634  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0052  tRNA-Met  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0858392  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>