More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4340 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_1180  isocitrate lyase  73.5 
 
 		 534 aa  824    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1448  isocitrate lyase  66.29 
 
 		 527 aa  729    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00397678  normal  0.373019 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2041  isocitrate lyase  79.92 
 
 		 527 aa  903    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01326  isocitrate lyase  75.61 
 
 		 531 aa  843    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.190818  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1232  isocitrate lyase  78.03 
 
 		 527 aa  871    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1090  isocitrate lyase  77.27 
 
 		 531 aa  880    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.198066  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2234  isocitrate lyase  82.35 
 
 		 527 aa  923    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0305365  decreased coverage  0.0000429136 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0542  isocitrate lyase  96.39 
 
 		 528 aa  1043    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2573  isocitrate lyase  83.21 
 
 		 531 aa  926    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157334  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1627  isocitrate lyase  66.48 
 
 		 528 aa  727    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125319 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0384  isocitrate lyase  94.32 
 
 		 528 aa  1026    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2353  isocitrate lyase  82.35 
 
 		 527 aa  924    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000102131  decreased coverage  0.000000217224 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0304  isocitrate lyase  73.69 
 
 		 531 aa  809    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4878  isocitrate lyase  77.4 
 
 		 544 aa  868    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.347742  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0529  isocitrate lyase  96.39 
 
 		 528 aa  1041    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4801  isocitrate lyase  96.2 
 
 		 528 aa  1036    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.815542 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0610  isocitrate lyase  96.2 
 
 		 527 aa  1041    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5860  isocitrate lyase  96.96 
 
 		 527 aa  1048    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2407  isocitrate lyase  83.58 
 
 		 531 aa  929    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.210555  normal  0.138791 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4188  isocitrate lyase  77.92 
 
 		 545 aa  870    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0755941  normal  0.12145 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28420  isocitrate lyase  80 
 
 		 531 aa  893    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.528136  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4199  isocitrate lyase  78.83 
 
 		 545 aa  882    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.747158 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1029  isocitrate lyase  81.84 
 
 		 531 aa  898    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1379  isocitrate lyase  77.5 
 
 		 545 aa  869    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.378133 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2926  isocitrate lyase  79.73 
 
 		 531 aa  885    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.70995  normal  0.314009 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0047  isocitrate lyase  80.27 
 
 		 530 aa  886    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4053  isocitrate lyase  77.55 
 
 		 545 aa  869    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.177822 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4340  isocitrate lyase  100 
 
 		 528 aa  1100    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.968792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1860  isocitrate lyase  67.05 
 
 		 528 aa  733    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0847952 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3465  isocitrate lyase  79.92 
 
 		 530 aa  877    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.662087  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4737  isocitrate lyase  95.26 
 
 		 526 aa  1039    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613526  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0943  isocitrate lyase  79.58 
 
 		 530 aa  892    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.478615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3921  isocitrate lyase  96.96 
 
 		 527 aa  1048    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1215  isocitrate lyase  74.48 
 
 		 533 aa  834    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.180669  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3724  isocitrate lyase  96.2 
 
 		 528 aa  1036    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3157  isocitrate lyase  80.08 
 
 		 542 aa  880    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2682  isocitrate lyase  76.65 
 
 		 531 aa  857    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000577171 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3139  isocitrate lyase  81.4 
 
 		 526 aa  912    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.87886  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3879  isocitrate lyase  99.62 
 
 		 528 aa  1096    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.51448  normal  0.0498655 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30050  isocitrate lyase  82.64 
 
 		 531 aa  918    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12313  isocitrate lyase  66.35 
 
 		 552 aa  742    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4447  isocitrate lyase  96.96 
 
 		 527 aa  1048    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1363  isocitrate lyase  55.13 
 
 		 535 aa  559  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1501  isocitrate lyase  28.81 
 
 		 461 aa  143  7e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2249  isocitrate lyase  28.66 
 
 		 428 aa  143  8e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.44014  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1102  isocitrate lyase  28.29 
 
 		 438 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0073  isocitrate lyase  28.8 
 
 		 452 aa  134  3e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.136709 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4054  isocitrate lyase  27.66 
 
 		 492 aa  133  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2985  isocitrate lyase  30.65 
 
 		 435 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.54257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1739  isocitrate lyase  27.92 
 
 		 426 aa  133  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1287  isocitrate lyase  28.81 
 
 		 443 aa  132  1.0000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.745788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2380  isocitrate lyase  27.32 
 
 		 439 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.399534 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1246  isocitrate lyase  27.56 
 
 		 441 aa  131  3e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0481368  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0665  isocitrate lyase  26.46 
 
 		 428 aa  131  3e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000467053  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3778  isocitrate lyase  27.92 
 
 		 435 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0583  isocitrate lyase  27.87 
 
 		 443 aa  131  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1317  isocitrate lyase  27.56 
 
 		 441 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1344  isocitrate lyase  27.56 
 
 		 441 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1308  isocitrate lyase  27.56 
 
 		 441 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0590884  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2766  isocitrate lyase  27.32 
 
 		 440 aa  130  6e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0008216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2942  isocitrate lyase  27.32 
 
 		 440 aa  130  6e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.337122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3042  isocitrate lyase  27.56 
 
 		 441 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.709803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1239  isocitrate lyase  28.05 
 
 		 440 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.18616  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0999  isocitrate lyase  28.96 
 
 		 440 aa  130  8.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0592  isocitrate lyase  26.48 
 
 		 432 aa  129  9.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.442111  normal  0.573655 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3364  isocitrate lyase  27.42 
 
 		 441 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.113037  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1429  isocitrate lyase  27.25 
 
 		 432 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.307912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3098  isocitrate lyase  28.47 
 
 		 432 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.183218  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0366  isocitrate lyase  27.71 
 
 		 435 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4706  isocitrate lyase  28.05 
 
 		 438 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.942851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2844  isocitrate lyase  27.32 
 
 		 440 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.166361  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0451  isocitrate lyase  28.29 
 
 		 436 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1484  isocitrate lyase  27.32 
 
 		 440 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0219  isocitrate lyase  27.19 
 
 		 434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0895016 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0295  isocitrate lyase  27.02 
 
 		 435 aa  128  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.474355  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1368  isocitrate lyase  27.52 
 
 		 434 aa  128  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.871931  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0365  isocitrate lyase  27.02 
 
 		 435 aa  128  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1097  isocitrate lyase  30.12 
 
 		 435 aa  128  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1480  isocitrate lyase  26.46 
 
 		 428 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1865  isocitrate lyase  27.74 
 
 		 430 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3602  isocitrate lyase  27.42 
 
 		 441 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0640  isocitrate lyase  26.56 
 
 		 435 aa  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0281046 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4116  isocitrate lyase  27.46 
 
 		 441 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.818708 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4617  isocitrate lyase  27.59 
 
 		 471 aa  127  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.417878  hitchhiker  0.00173468 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2963  malate synthase  28.38 
 
 		 1110 aa  127  5e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.821485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1017  isocitrate lyase  28.73 
 
 		 430 aa  127  6e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1415  isocitrate lyase  27.07 
 
 		 441 aa  127  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4249  isocitrate lyase  27.56 
 
 		 434 aa  127  7e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03887  isocitrate lyase  27.56 
 
 		 434 aa  127  7e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3982  isocitrate lyase  27.56 
 
 		 434 aa  127  7e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1276  isocitrate lyase  26.67 
 
 		 450 aa  127  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.57065 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4015  isocitrate lyase  27.56 
 
 		 434 aa  127  7e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.857815  normal  0.048313 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4509  isocitrate lyase  27.56 
 
 		 434 aa  127  7e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4469  isocitrate lyase  27.56 
 
 		 434 aa  127  7e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0668028  normal  0.0385997 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03847  hypothetical protein  27.56 
 
 		 434 aa  127  7e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4557  isocitrate lyase  27.56 
 
 		 434 aa  127  7e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4395  isocitrate lyase  26.95 
 
 		 434 aa  126  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4517  isocitrate lyase  26.95 
 
 		 434 aa  126  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.169882 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4520  isocitrate lyase  26.95 
 
 		 434 aa  126  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4430  isocitrate lyase  26.95 
 
 		 434 aa  126  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>