69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2893 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2893  putative ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 		 429 aa  879    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0101  ABC transporter substrate-binding protein  72.96 
 
 		 427 aa  635    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0635162  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4739  ABC transporter substrate-binding protein  71.79 
 
 		 426 aa  621  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3269  twin-arginine translocation pathway signal  70 
 
 		 429 aa  614  1e-175  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5902  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  69.76 
 
 		 433 aa  615  1e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3534  twin-arginine translocation pathway signal  69.3 
 
 		 422 aa  613  9.999999999999999e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1361  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  69.34 
 
 		 431 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.721333  normal  0.0486797 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1010  twin-arginine translocation pathway signal  69.43 
 
 		 431 aa  603  1.0000000000000001e-171  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617003  hitchhiker  0.00435801 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3943  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  72.66 
 
 		 420 aa  600  1e-170  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.627454  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5257  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  68.87 
 
 		 431 aa  599  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.726657 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0208  twin-arginine translocation pathway signal  72.66 
 
 		 435 aa  599  1e-170  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0825185 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3374  ABC transporter substrate-binding protein  68.25 
 
 		 415 aa  595  1e-169  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2472  twin-arginine translocation pathway signal  66.12 
 
 		 433 aa  573  1.0000000000000001e-162  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6278  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  58 
 
 		 429 aa  511  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2919  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  56.88 
 
 		 432 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2658  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  57.24 
 
 		 432 aa  501  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3636  hypothetical protein  58.92 
 
 		 421 aa  491  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4063  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  60.3 
 
 		 421 aa  484  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.797968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3337  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  60.05 
 
 		 421 aa  484  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.874781  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1905  putative ABC transporter substrate-binding protein  48.17 
 
 		 421 aa  386  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7129  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  46.62 
 
 		 435 aa  371  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1216  signal peptide prediction  37.91 
 
 		 428 aa  304  2.0000000000000002e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2912  signal peptide prediction  37.38 
 
 		 423 aa  285  1.0000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.511961 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3722  signal peptide prediction  35.96 
 
 		 435 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1002  hypothetical protein  35.16 
 
 		 412 aa  282  7.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.290932  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4197  hypothetical protein  35.38 
 
 		 398 aa  272  7e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982148  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3931  hypothetical protein  35.38 
 
 		 398 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5885  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  36.43 
 
 		 405 aa  269  5.9999999999999995e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29258  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01580  signal peptide prediction  35.34 
 
 		 427 aa  258  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2087  hypothetical protein  34.02 
 
 		 396 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0716956 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0997  putative substrate-binding component of ABC transporter  33.42 
 
 		 406 aa  207  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.88303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5880  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  33.72 
 
 		 437 aa  201  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5836  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  27.51 
 
 		 392 aa  103  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174731  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1052  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  24.91 
 
 		 389 aa  99.8  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0815  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.29 
 
 		 348 aa  75.5  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2141  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.29 
 
 		 348 aa  75.5  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.315963  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4308  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 369 aa  67.4  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00256094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3955  twin-arginine translocation pathway signal  22.74 
 
 		 374 aa  66.2  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 		 343 aa  56.2  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 		 355 aa  55.8  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  24.21 
 
 		 345 aa  52.8  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  22.19 
 
 		 373 aa  52.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  22.19 
 
 		 373 aa  51.6  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  22.19 
 
 		 366 aa  51.2  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  23.34 
 
 		 348 aa  51.2  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2372  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 		 367 aa  50.4  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.984752  normal  0.0187734 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1703  extracellular solute-binding protein family 1  20.8 
 
 		 398 aa  49.7  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3308  extracellular solute-binding protein  24.27 
 
 		 383 aa  48.9  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3229  extracellular solute-binding protein  22.87 
 
 		 408 aa  48.5  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.712082  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  22.22 
 
 		 414 aa  47.8  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  22.56 
 
 		 366 aa  47.8  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6181  extracellular solute-binding protein family 1  21.25 
 
 		 369 aa  47  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4502  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.6 
 
 		 360 aa  46.6  0.0009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3862  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 		 348 aa  46.2  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  21.71 
 
 		 362 aa  46.2  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 358 aa  46.2  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 348 aa  45.8  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1367  transcription factor jumonji, jmjC  21.31 
 
 		 365 aa  45.1  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2387  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.75 
 
 		 344 aa  44.3  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.246061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4497  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 353 aa  44.3  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 		 343 aa  44.3  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2779  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  23.66 
 
 		 371 aa  44.3  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  24.91 
 
 		 346 aa  43.9  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2394  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.43 
 
 		 358 aa  43.5  0.007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1734  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.83 
 
 		 381 aa  43.5  0.008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000404923 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  26.23 
 
 		 348 aa  43.5  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1208  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 366 aa  43.1  0.01  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.139759  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1486  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  21.35 
 
 		 381 aa  43.1  0.01  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0980554 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>