More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7369 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7369  ribokinase  100 
 
 		 299 aa  588  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0251  ribokinase-like domain-containing protein  52.54 
 
 		 280 aa  222  7e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  31.88 
 
 		 310 aa  149  5e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  31.27 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  35.84 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0733  ribokinase  34.98 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0560  ribokinase  35.34 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000679387  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0794  ribokinase  34.98 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00121525  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  36.07 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  34.3 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0576  ribokinase  34.98 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0575  ribokinase  34.98 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0632  ribokinase  34.98 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0665  ribokinase  34.98 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0722  ribokinase  34.98 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.83177e-24 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  33.33 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0697  ribokinase  33.92 
 
 		 298 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0813613  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  32.98 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  37.59 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4641  ribokinase  33.57 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.184783  unclonable  5.38833e-26 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  31.47 
 
 		 307 aa  135  7.000000000000001e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  31.91 
 
 		 299 aa  135  9e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0579  ribokinase  33.92 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  35.94 
 
 		 310 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  37.85 
 
 		 309 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  38.38 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  35.64 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  37.85 
 
 		 309 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  38.6 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  37.55 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0083  ribokinase-like domain-containing protein  36.92 
 
 		 324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  37.92 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  38.25 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2276  PfkB domain protein  39.62 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.303585  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  37.72 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  36.62 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  32.21 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  36.14 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  29.75 
 
 		 340 aa  125  6e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04400  sugar kinase, ribokinase  34.15 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.736771 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  31.95 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1010  ribokinase-like domain-containing protein  34.81 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0465  ribokinase  35.43 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  37.19 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  32.07 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  38.83 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1802  ribokinase family sugar kinase  34.29 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00331295  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  33.33 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4124  ribokinase  33.33 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  33.33 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  36.4 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4003  ribokinase  33.33 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  36.27 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4182  ribokinase  33.33 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  33.21 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0949  PfkB  38.46 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0276  PfkB domain protein  30.39 
 
 		 304 aa  122  6e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  32.61 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  34.56 
 
 		 314 aa  122  8e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0252  ribokinase  38.3 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.377165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  33.21 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  35.04 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0558  PfkB domain protein  33.89 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  31.1 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  32.85 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  30.69 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3132  ribokinase-like domain-containing protein  38.28 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00509823 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0187  PfkB domain protein  35.42 
 
 		 327 aa  120  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  35.82 
 
 		 321 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  32.71 
 
 		 313 aa  119  7e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  32.61 
 
 		 305 aa  119  7e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0259  ribokinase  34.16 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00211116  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  32.63 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  37.54 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3570  PfkB  35.32 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.498935  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  33.68 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  33.45 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  34.48 
 
 		 305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  36.81 
 
 		 308 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  37.11 
 
 		 308 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  32.56 
 
 		 319 aa  115  6e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  37.11 
 
 		 308 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  30.5 
 
 		 345 aa  115  6.9999999999999995e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1705  ribokinase  38.32 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2588  PfkB domain-containing protein  36.4 
 
 		 311 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.02383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  36.13 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  36.84 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  34.59 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  31.84 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  31.84 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1539  ribokinase  33.33 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385923  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6290  ribokinase  33.33 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.631078 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0671  PfkB domain protein  27.53 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0983  PfkB domain protein  35.66 
 
 		 322 aa  113  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.143465  normal  0.0284601 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  34.89 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  28.67 
 
 		 398 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  32.19 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2838  ribokinase  32.88 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.760591  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  35.4 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  32.19 
 
 		 308 aa  113  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>