More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5650 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 303 aa  615  1e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  63.67 
 
 		 301 aa  391  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  61.82 
 
 		 303 aa  380  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4331  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 298 aa  275  9e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  41.39 
 
 		 308 aa  219  5e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 308 aa  215  8e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 292 aa  206  4e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.22 
 
 		 295 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.87 
 
 		 295 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 296 aa  199  6e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.07 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  39.07 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.07 
 
 		 299 aa  195  9e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.07 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.07 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.07 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.07 
 
 		 299 aa  192  5e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.62 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.33 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.95 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.46 
 
 		 311 aa  185  9e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.46 
 
 		 311 aa  185  9e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.46 
 
 		 311 aa  185  9e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.46 
 
 		 311 aa  185  9e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.46 
 
 		 311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.46 
 
 		 311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.68 
 
 		 295 aa  182  6e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.46 
 
 		 311 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  32.08 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.22 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.59 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.55 
 
 		 292 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.19 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0611  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.44 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.519974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0644  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.78 
 
 		 296 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0161  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.78 
 
 		 296 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.46 
 
 		 325 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.94 
 
 		 328 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.33 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 305 aa  159  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.49 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.78 
 
 		 301 aa  158  9e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.99 
 
 		 315 aa  155  8e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 292 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  34.09 
 
 		 343 aa  146  5e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  34.17 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 291 aa  144  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.97 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 307 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4436  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 288 aa  136  5e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.53692  normal  0.340151 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 292 aa  135  6.0000000000000005e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 297 aa  132  9e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  34.87 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  34.87 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  34.87 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  34.87 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  34.87 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  37.45 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>