185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05451 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05451  cytochrome c protein, subunit of nitrate reductase  100 
 
 
361 aa  751    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1672  cytochrome c-type protein  36.07 
 
 
389 aa  242  9e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00999  trimethylamine N-oxide (TMAO) reductase I, cytochrome c-type subunit  37.26 
 
 
390 aa  236  4e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01006  hypothetical protein  37.26 
 
 
390 aa  236  4e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2646  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.26 
 
 
390 aa  236  6e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1107  cytochrome c-type protein torC  37.26 
 
 
390 aa  236  6e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2599  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.26 
 
 
390 aa  236  6e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.426905 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1232  cytochrome c-type protein torC  37.26 
 
 
390 aa  235  7e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2128  cytochrome c-type protein torC  37.26 
 
 
390 aa  235  7e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1113  cytochrome c-type protein torC  37.26 
 
 
390 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.444567  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4051  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  36.41 
 
 
394 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1297  cytochrome c-type protein TorC  33.69 
 
 
394 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2609  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  37.19 
 
 
366 aa  233  3e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.637408  hitchhiker  0.00703853 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4106  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  36.14 
 
 
394 aa  232  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4034  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  36.14 
 
 
394 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4155  cytochrome c-type protein torC  36.14 
 
 
394 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1313  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  36.97 
 
 
366 aa  231  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.563249 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4213  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  36.14 
 
 
394 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1767  NapC/NirT cytochrome c domain protein  36.69 
 
 
366 aa  228  8e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.936098  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3773  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.64 
 
 
392 aa  229  8e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2166  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  36.74 
 
 
366 aa  228  1e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3046  DMSO/TMAO pentaheme cytochrome c subunit  37.36 
 
 
392 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2797  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  34.85 
 
 
392 aa  228  1e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.135718 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1759  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  36.69 
 
 
366 aa  227  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000872  cytochrome c-type protein TorY  35.08 
 
 
364 aa  227  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3525  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  34.32 
 
 
392 aa  228  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1968  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  36.69 
 
 
366 aa  227  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1233  tetraheme cytochrome c  33.97 
 
 
392 aa  227  3e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1117  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  33.7 
 
 
392 aa  226  4e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.514316  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1052  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  33.7 
 
 
392 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.653719  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3212  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  33.78 
 
 
392 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1155  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  33.78 
 
 
392 aa  226  6e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3351  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  33.78 
 
 
392 aa  226  6e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3212  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  33.78 
 
 
392 aa  226  6e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2105  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  36.13 
 
 
366 aa  225  9e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01844  TMAO reductase III (TorYZ), cytochrome c-type subunit  36.41 
 
 
366 aa  224  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01833  hypothetical protein  36.41 
 
 
366 aa  224  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1056  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  33.42 
 
 
392 aa  224  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3342  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  34.51 
 
 
392 aa  223  4e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.688416  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1995  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  34.5 
 
 
392 aa  223  4e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.783137  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0988  tetraheme cytochrome c  34.6 
 
 
391 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1539  cytochrome c-type protein YecK  35.34 
 
 
368 aa  223  4.9999999999999996e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4219  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  36.34 
 
 
359 aa  222  6e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0284374  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1875  NapC/NirT cytochrome c-like  34.85 
 
 
391 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06847  cytochrome c protein, subunit of nitrate reductase  35.56 
 
 
364 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3359  trimethylamine-N-oxide reductase C-type cytochrome TorC  34.86 
 
 
392 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3232  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  33.53 
 
 
386 aa  220  3e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000448194 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0773  cytochrome c-type protein  33.06 
 
 
392 aa  219  5e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1832  cytochrome c-type protein TorC  33.69 
 
 
392 aa  214  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.826575  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2730  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  31.38 
 
 
407 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003826  cytochrome c-type protein TorY  31.82 
 
 
383 aa  210  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1283  membrane-bound tetrahaem cytochrome TorC/YecK  36.89 
 
 
392 aa  209  6e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0656  NapC/NirT cytochrome c-like  33.05 
 
 
389 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.57103 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0807  cytochrome c-type protein  29.67 
 
 
378 aa  204  2e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1749  NapC/NirT cytochrome c-like  31.05 
 
 
385 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.154925 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0213  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  31.74 
 
 
411 aa  190  4e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.460429  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4219  denitrification system component NirT/cytochrome c552  38.54 
 
 
603 aa  143  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.50309  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2415  cytochrome c-type protein NapC  36.84 
 
 
200 aa  136  7.000000000000001e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2719  cytochrome c-type protein NapC  36.26 
 
 
200 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4061  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome NapC/NirT  39.05 
 
 
195 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418249  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1504  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  37.72 
 
 
203 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1678  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  39.41 
 
 
196 aa  134  3e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.184526  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3161  cytochrome c-type protein NapC  40.74 
 
 
237 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0086  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  38.92 
 
 
171 aa  133  5e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2425  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  38.24 
 
 
199 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0954  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome, NapC/NirT  38.24 
 
 
212 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.448088 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1055  cytochrome c-type protein NapC  37.65 
 
 
195 aa  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4765  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  38.46 
 
 
195 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.719721  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2936  NapC/NirT cytochrome c domain protein  38.15 
 
 
234 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.441265  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2678  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  36.47 
 
 
199 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.401671  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1772  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  35.88 
 
 
195 aa  126  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1624  periplasmic nitrate reductase C-type cytochrome, NapC/NirT  36.75 
 
 
195 aa  126  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.123114  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2440  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  37.28 
 
 
195 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.43164 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5182  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  41.83 
 
 
233 aa  125  8.000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.477551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2846  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  37.28 
 
 
195 aa  125  9e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.271621  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02129  nitrate reductase, cytochrome c-type, periplasmic  42.28 
 
 
200 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.268616  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1457  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  42.28 
 
 
200 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02088  hypothetical protein  42.28 
 
 
200 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.254061  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1448  cytochrome c-type protein NapC  42.28 
 
 
200 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0739  cytochrome c-type protein NapC  42.28 
 
 
200 aa  125  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2350  cytochrome c-type protein NapC  42.28 
 
 
200 aa  125  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3339  cytochrome c-type protein NapC  42.28 
 
 
200 aa  125  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4207  cytochrome c-type protein NapC  36.9 
 
 
198 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2501  cytochrome c-type protein NapC  42.28 
 
 
200 aa  125  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2340  cytochrome c-type protein NapC  42.28 
 
 
200 aa  125  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1945  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  36.14 
 
 
195 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00277944  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1389  cytochrome c-type protein NapC  39.13 
 
 
199 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.701394  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2495  cytochrome c-type protein NapC  43.05 
 
 
200 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00306548 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2381  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  36.14 
 
 
195 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000554571  normal  0.329531 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49270  cytochrome c-type protein NapC  37.35 
 
 
198 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0776862  normal  0.0378882 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2390  cytochrome c-type protein NapC  43.05 
 
 
200 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2481  cytochrome c-type protein NapC  43.05 
 
 
200 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1905  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  35.29 
 
 
195 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1860  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  38.24 
 
 
220 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1275  cytochrome c-type protein NapC  39.13 
 
 
199 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2439  cytochrome c-type protein NapC  43.05 
 
 
200 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119993  normal  0.568439 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2598  cytochrome c-type protein NapC  43.05 
 
 
200 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.374466 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2788  cytochrome c-type protein NapC  39.13 
 
 
200 aa  124  3e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0166943 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1938  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  36.14 
 
 
195 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00561646  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1947  nitrate/TMAO reductase  36.09 
 
 
192 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.674395  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>