194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1875 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1875  NapC/NirT cytochrome c-like  100 
 
 
391 aa  815    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1283  membrane-bound tetrahaem cytochrome TorC/YecK  50.4 
 
 
392 aa  381  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0656  NapC/NirT cytochrome c-like  46.91 
 
 
389 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.57103 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3773  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  46.83 
 
 
392 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3046  DMSO/TMAO pentaheme cytochrome c subunit  46.65 
 
 
392 aa  355  8.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1749  NapC/NirT cytochrome c-like  48.44 
 
 
385 aa  353  4e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.154925 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2646  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  39.33 
 
 
390 aa  288  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2599  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  39.33 
 
 
390 aa  288  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.426905 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1107  cytochrome c-type protein torC  39.33 
 
 
390 aa  288  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1232  cytochrome c-type protein torC  39.33 
 
 
390 aa  287  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1113  cytochrome c-type protein torC  39.33 
 
 
390 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.444567  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2128  cytochrome c-type protein torC  39.07 
 
 
390 aa  286  4e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00999  trimethylamine N-oxide (TMAO) reductase I, cytochrome c-type subunit  39.07 
 
 
390 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01006  hypothetical protein  39.07 
 
 
390 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3232  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  41.5 
 
 
386 aa  283  5.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000448194 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4213  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  38.64 
 
 
394 aa  278  9e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4155  cytochrome c-type protein torC  38.64 
 
 
394 aa  278  9e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4034  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  38.64 
 
 
394 aa  278  9e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4106  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  39.1 
 
 
394 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4051  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  38.38 
 
 
394 aa  276  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1297  cytochrome c-type protein TorC  37.11 
 
 
394 aa  251  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4219  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  37.05 
 
 
359 aa  249  8e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0284374  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3525  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  34.86 
 
 
392 aa  241  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3359  trimethylamine-N-oxide reductase C-type cytochrome TorC  34.35 
 
 
392 aa  239  8e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0807  cytochrome c-type protein  35.58 
 
 
378 aa  238  1e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1117  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  35.08 
 
 
392 aa  236  3e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.514316  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0988  tetraheme cytochrome c  33.67 
 
 
391 aa  237  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1233  tetraheme cytochrome c  35.47 
 
 
392 aa  236  4e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1052  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  35.2 
 
 
392 aa  236  6e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.653719  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2797  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  34.25 
 
 
392 aa  235  9e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.135718 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1155  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  34.82 
 
 
392 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003826  cytochrome c-type protein TorY  34.48 
 
 
383 aa  235  1.0000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3212  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  34.82 
 
 
392 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3351  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  34.82 
 
 
392 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1056  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  34.93 
 
 
392 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0773  cytochrome c-type protein  35.58 
 
 
392 aa  233  4.0000000000000004e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3212  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  34.55 
 
 
392 aa  233  6e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1832  cytochrome c-type protein TorC  33.93 
 
 
392 aa  232  9e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.826575  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2730  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  34.28 
 
 
407 aa  231  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3342  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  33.68 
 
 
392 aa  231  1e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.688416  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0213  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  34.17 
 
 
411 aa  231  2e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.460429  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1995  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  32.82 
 
 
392 aa  228  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.783137  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2609  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  35.37 
 
 
366 aa  218  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.637408  hitchhiker  0.00703853 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000872  cytochrome c-type protein TorY  34.58 
 
 
364 aa  217  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06847  cytochrome c protein, subunit of nitrate reductase  34.14 
 
 
364 aa  215  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1313  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  35.11 
 
 
366 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.563249 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05451  cytochrome c protein, subunit of nitrate reductase  34.85 
 
 
361 aa  213  5.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1968  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  34.84 
 
 
366 aa  209  7e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1759  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  34.84 
 
 
366 aa  209  7e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1767  NapC/NirT cytochrome c domain protein  34.57 
 
 
366 aa  208  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.936098  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2105  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  34.31 
 
 
366 aa  208  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01844  TMAO reductase III (TorYZ), cytochrome c-type subunit  34.57 
 
 
366 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01833  hypothetical protein  34.57 
 
 
366 aa  207  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1539  cytochrome c-type protein YecK  32.61 
 
 
368 aa  206  7e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2166  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  34.04 
 
 
366 aa  205  1e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1672  cytochrome c-type protein  31.27 
 
 
389 aa  202  9.999999999999999e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3161  cytochrome c-type protein NapC  52.94 
 
 
237 aa  195  9e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2495  cytochrome c-type protein NapC  47.28 
 
 
200 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00306548 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2439  cytochrome c-type protein NapC  47.28 
 
 
200 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119993  normal  0.568439 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2481  cytochrome c-type protein NapC  47.28 
 
 
200 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2598  cytochrome c-type protein NapC  47.28 
 
 
200 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.374466 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2390  cytochrome c-type protein NapC  47.28 
 
 
200 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1587  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  53.22 
 
 
196 aa  188  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2579  NapC/NirT cytochrome c, N-terminal  47.25 
 
 
191 aa  186  5e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.123088  normal  0.367368 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2788  cytochrome c-type protein NapC  45.65 
 
 
200 aa  186  6e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0166943 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1389  cytochrome c-type protein NapC  45.65 
 
 
199 aa  186  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.701394  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1275  cytochrome c-type protein NapC  45.65 
 
 
199 aa  186  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2846  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  47.09 
 
 
195 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.271621  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02129  nitrate reductase, cytochrome c-type, periplasmic  46.15 
 
 
200 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.268616  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1457  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  46.15 
 
 
200 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2501  cytochrome c-type protein NapC  46.15 
 
 
200 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3339  cytochrome c-type protein NapC  46.15 
 
 
200 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02088  hypothetical protein  46.15 
 
 
200 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.254061  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0739  cytochrome c-type protein NapC  46.15 
 
 
200 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1448  cytochrome c-type protein NapC  46.15 
 
 
200 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2340  cytochrome c-type protein NapC  46.15 
 
 
200 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2350  cytochrome c-type protein NapC  46.15 
 
 
200 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5182  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  44.95 
 
 
233 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.477551 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2440  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  46.56 
 
 
195 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.43164 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3218  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  41.96 
 
 
234 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3513  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  48.3 
 
 
215 aa  182  7e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.654609  normal  0.0192355 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1339  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  47.8 
 
 
233 aa  182  9.000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1338  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  45.79 
 
 
202 aa  181  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4061  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome NapC/NirT  46.7 
 
 
195 aa  179  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418249  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2617  NapC/NirT cytochrome c domain protein  50.28 
 
 
203 aa  179  5.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.245408  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4765  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  50 
 
 
195 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.719721  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1678  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  48.33 
 
 
196 aa  178  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.184526  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1582  NapC/NirT cytochrome c, N-terminal  50 
 
 
195 aa  178  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.220778  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1504  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  48.59 
 
 
203 aa  177  2e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4005  NapC/NirT cytochrome c domain protein  45.51 
 
 
206 aa  177  2e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3484  cytochrome c-type protein NapC  43.78 
 
 
205 aa  176  8e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0382018  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4219  denitrification system component NirT/cytochrome c552  43.58 
 
 
603 aa  176  9e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.50309  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1624  periplasmic nitrate reductase C-type cytochrome, NapC/NirT  48.35 
 
 
195 aa  176  9e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.123114  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2983  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  46.7 
 
 
198 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000569664  normal  0.0718991 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0954  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome, NapC/NirT  48.28 
 
 
212 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.448088 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2415  cytochrome c-type protein NapC  43.09 
 
 
200 aa  173  5e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1017  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  45.95 
 
 
204 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1055  cytochrome c-type protein NapC  46.41 
 
 
195 aa  172  9e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1938  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  48.24 
 
 
195 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00561646  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2425  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  47.51 
 
 
199 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>