201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_00999 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00999  trimethylamine N-oxide (TMAO) reductase I, cytochrome c-type subunit  100 
 
 
390 aa  821    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2646  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  99.74 
 
 
390 aa  818    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1232  cytochrome c-type protein torC  99.23 
 
 
390 aa  815    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4155  cytochrome c-type protein torC  89.74 
 
 
394 aa  746    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2128  cytochrome c-type protein torC  98.97 
 
 
390 aa  813    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01006  hypothetical protein  100 
 
 
390 aa  821    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4213  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  89.74 
 
 
394 aa  746    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1113  cytochrome c-type protein torC  99.49 
 
 
390 aa  816    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.444567  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1107  cytochrome c-type protein torC  99.74 
 
 
390 aa  818    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4034  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  89.74 
 
 
394 aa  746    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4051  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  89.49 
 
 
394 aa  744    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4106  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  89.74 
 
 
394 aa  746    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2599  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  99.74 
 
 
390 aa  818    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.426905 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4219  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  50.72 
 
 
359 aa  363  2e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0284374  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1283  membrane-bound tetrahaem cytochrome TorC/YecK  43.77 
 
 
392 aa  335  9e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3773  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  42.23 
 
 
392 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3046  DMSO/TMAO pentaheme cytochrome c subunit  41.82 
 
 
392 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1297  cytochrome c-type protein TorC  41.13 
 
 
394 aa  306  4.0000000000000004e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1749  NapC/NirT cytochrome c-like  43.22 
 
 
385 aa  298  8e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.154925 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0656  NapC/NirT cytochrome c-like  40.85 
 
 
389 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.57103 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2730  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  38.78 
 
 
407 aa  290  3e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1875  NapC/NirT cytochrome c-like  39.07 
 
 
391 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003826  cytochrome c-type protein TorY  40.52 
 
 
383 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1117  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.6 
 
 
392 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.514316  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1052  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.89 
 
 
392 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.653719  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1233  tetraheme cytochrome c  37.89 
 
 
392 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0773  cytochrome c-type protein  38.21 
 
 
392 aa  282  6.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1155  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.56 
 
 
392 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3212  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.56 
 
 
392 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3351  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.56 
 
 
392 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1056  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.63 
 
 
392 aa  281  2e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3212  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.31 
 
 
392 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3342  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  38.13 
 
 
392 aa  278  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.688416  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0988  tetraheme cytochrome c  37.4 
 
 
391 aa  276  5e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3359  trimethylamine-N-oxide reductase C-type cytochrome TorC  39.03 
 
 
392 aa  275  8e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3525  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  38.36 
 
 
392 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3232  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  40.41 
 
 
386 aa  271  1e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000448194 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2797  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  36.69 
 
 
392 aa  270  2e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.135718 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0213  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  36.99 
 
 
411 aa  265  1e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.460429  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1995  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  35.49 
 
 
392 aa  263  3e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.783137  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1832  cytochrome c-type protein TorC  34.53 
 
 
392 aa  263  4.999999999999999e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.826575  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1672  cytochrome c-type protein  35.85 
 
 
389 aa  246  4.9999999999999997e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06847  cytochrome c protein, subunit of nitrate reductase  37.26 
 
 
364 aa  236  6e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1539  cytochrome c-type protein YecK  36.99 
 
 
368 aa  236  8e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0807  cytochrome c-type protein  34.74 
 
 
378 aa  234  2.0000000000000002e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05451  cytochrome c protein, subunit of nitrate reductase  37.26 
 
 
361 aa  228  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000872  cytochrome c-type protein TorY  36.96 
 
 
364 aa  228  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2609  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  33.16 
 
 
366 aa  204  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.637408  hitchhiker  0.00703853 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1313  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  34.57 
 
 
366 aa  203  4e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.563249 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1767  NapC/NirT cytochrome c domain protein  34.86 
 
 
366 aa  203  5e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.936098  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2166  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  34.29 
 
 
366 aa  199  7e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1968  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  34.29 
 
 
366 aa  199  9e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2105  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  34.29 
 
 
366 aa  199  9e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1759  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  34.29 
 
 
366 aa  199  9e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01844  TMAO reductase III (TorYZ), cytochrome c-type subunit  34 
 
 
366 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01833  hypothetical protein  34 
 
 
366 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2579  NapC/NirT cytochrome c, N-terminal  45.64 
 
 
191 aa  189  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.123088  normal  0.367368 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1338  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  49.46 
 
 
202 aa  185  1.0000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1448  cytochrome c-type protein NapC  50 
 
 
200 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2415  cytochrome c-type protein NapC  47.85 
 
 
200 aa  182  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02129  nitrate reductase, cytochrome c-type, periplasmic  49.46 
 
 
200 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.268616  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1457  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  49.46 
 
 
200 aa  181  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2350  cytochrome c-type protein NapC  49.46 
 
 
200 aa  181  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3339  cytochrome c-type protein NapC  49.46 
 
 
200 aa  181  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2501  cytochrome c-type protein NapC  49.46 
 
 
200 aa  181  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02088  hypothetical protein  49.46 
 
 
200 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.254061  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2340  cytochrome c-type protein NapC  49.46 
 
 
200 aa  181  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0739  cytochrome c-type protein NapC  49.46 
 
 
200 aa  181  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2425  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  46.24 
 
 
199 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1624  periplasmic nitrate reductase C-type cytochrome, NapC/NirT  45.99 
 
 
195 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.123114  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2719  cytochrome c-type protein NapC  47.31 
 
 
200 aa  179  7e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1915  periplasmic nitrate reductase, cytochrome c-type protein  44.32 
 
 
196 aa  178  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000371882  normal  0.91066 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2390  cytochrome c-type protein NapC  47.57 
 
 
200 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2439  cytochrome c-type protein NapC  47.57 
 
 
200 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119993  normal  0.568439 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2495  cytochrome c-type protein NapC  47.57 
 
 
200 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00306548 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2598  cytochrome c-type protein NapC  47.57 
 
 
200 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.374466 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2481  cytochrome c-type protein NapC  47.57 
 
 
200 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1389  cytochrome c-type protein NapC  46.49 
 
 
199 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.701394  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1275  cytochrome c-type protein NapC  46.49 
 
 
199 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2788  cytochrome c-type protein NapC  46.49 
 
 
200 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0166943 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1772  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  44.09 
 
 
195 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2678  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  44.62 
 
 
199 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.401671  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2983  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  45.74 
 
 
198 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000569664  normal  0.0718991 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1945  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  43.32 
 
 
195 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00277944  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2381  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  43.32 
 
 
195 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000554571  normal  0.329531 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1499  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome, NapC/NirT  43.55 
 
 
195 aa  171  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.924736  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3218  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  45.36 
 
 
234 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1938  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  42.78 
 
 
195 aa  171  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00561646  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2617  NapC/NirT cytochrome c domain protein  45.56 
 
 
203 aa  170  4e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.245408  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1844  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  42.78 
 
 
195 aa  169  9e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.413955  hitchhiker  0.000210051 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2133  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  42.78 
 
 
195 aa  169  9e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264012 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1902  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  42.78 
 
 
195 aa  169  9e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.526119  hitchhiker  0.000000839402 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1055  cytochrome c-type protein NapC  45.05 
 
 
195 aa  169  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2364  cytochrome c-type protein NapC  40.86 
 
 
191 aa  168  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0102966  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4061  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome NapC/NirT  41.71 
 
 
195 aa  169  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418249  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1912  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  42.78 
 
 
195 aa  169  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00847918  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2846  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  42.78 
 
 
195 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.271621  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05375  cytochrome c-type protein NapC  42.16 
 
 
192 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1905  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  43.01 
 
 
195 aa  167  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2440  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  42.25 
 
 
195 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.43164 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>