More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1868 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1868  methyltransferase type 11  100 
 
 
263 aa  545  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00760268  decreased coverage  3.22294e-07 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2774  biotin biosynthesis protein BioC  62.03 
 
 
266 aa  346  2e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0014139  hitchhiker  0.00911196 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2357  biotin biosynthesis protein BioC  47.58 
 
 
275 aa  250  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  2.0473e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2517  biotin biosynthesis protein BioC  48.83 
 
 
275 aa  248  7e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.57486e-08 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2429  biotin biosynthesis protein BioC  49.4 
 
 
275 aa  246  2e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0131748 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2738  biotin synthesis protein BioC  47.21 
 
 
275 aa  245  6e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1721  methyltransferase type 11  46.24 
 
 
309 aa  243  2e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0157757  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1803  methyltransferase type 11  46.94 
 
 
256 aa  236  3e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2343  biotin biosynthesis protein BioC  48.61 
 
 
269 aa  236  4e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1477  methyltransferase type 11  47.22 
 
 
254 aa  231  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1760  methyltransferase type 11  41.52 
 
 
320 aa  216  3e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1753  methyltransferase type 11  39.16 
 
 
367 aa  213  2e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.757271  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1797  methyltransferase type 11  37.69 
 
 
374 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.105535  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1660  methyltransferase type 11  43.33 
 
 
309 aa  207  1e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2525  Methyltransferase type 11  37.04 
 
 
383 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.991475  normal  0.34904 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1440  biotin synthesis protein BioC  42.86 
 
 
248 aa  188  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00159982  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01809  methyltransferase  31.76 
 
 
268 aa  112  6e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0248  biotin biosynthesis protein BioC  32.66 
 
 
253 aa  108  8e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.996866  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003869  biotin synthesis protein BioC  30.95 
 
 
268 aa  107  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.19334  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1164  methyltransferase type 11  31.76 
 
 
267 aa  107  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1312  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1268  biotin biosynthesis protein BioC  30.48 
 
 
251 aa  103  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00543221  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2575  biotin biosynthesis protein BioC  30.64 
 
 
251 aa  102  7e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.03036e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0925  biotin biosynthesis protein BioC  30.21 
 
 
251 aa  102  8e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  3.10618e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3454  methyltransferase type 11  27.57 
 
 
270 aa  101  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0800  biotin biosynthesis protein BioC  30.64 
 
 
251 aa  101  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.19753e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06540  putative biotin synthesis protein BioC  31.48 
 
 
274 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0840  biotin biosynthesis protein BioC  30.21 
 
 
251 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.58566e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0946  biotin biosynthesis protein BioC  30.99 
 
 
251 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000915647  normal  0.885447 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0832  biotin biosynthesis protein BioC  30.99 
 
 
251 aa  99.4  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.89171e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2537  biotin biosynthesis protein BioC  31.58 
 
 
260 aa  99  7e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000300876  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0632  biotin synthesis protein BioC  29.84 
 
 
312 aa  98.6  9e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000104697  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0831  biotin biosynthesis protein BioC  29.79 
 
 
251 aa  98.6  9e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.07707e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00761  hypothetical protein  29.79 
 
 
251 aa  98.6  9e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  8.73779e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2866  biotin biosynthesis protein BioC  29.79 
 
 
251 aa  98.6  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  5.76262e-06  normal  0.0541364 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2865  biotin biosynthesis protein BioC  29.79 
 
 
251 aa  98.6  9e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.34794e-09  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00744  predicted methltransferase, enzyme of biotin synthesis  29.79 
 
 
251 aa  98.6  9e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  7.40427e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0497  biotin synthesis protein BioC  28.84 
 
 
269 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.572424  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1427  biotin synthesis protein BioC  30.83 
 
 
267 aa  97.1  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0891  biotin biosynthesis protein BioC  30.58 
 
 
251 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0441055  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4085  biotin biosynthesis protein BioC  31.54 
 
 
267 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2929  biotin biosynthesis protein BioC  32.39 
 
 
267 aa  97.8  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0860  biotin biosynthesis protein BioC  30.58 
 
 
251 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00894914  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2842  biotin biosynthesis protein BioC  32.39 
 
 
267 aa  96.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0923  biotin biosynthesis protein BioC  29.63 
 
 
251 aa  96.3  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00600636  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4684  biotin synthesis protein BioC  29.73 
 
 
269 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.701434  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2440  Methyltransferase type 11  33.01 
 
 
216 aa  95.9  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0165065  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2161  biotin biosynthesis protein BioC  29 
 
 
291 aa  95.5  7e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0603  putative biotin synthesis protein BioC  31.11 
 
 
274 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1507  biotin biosynthesis protein BioC  31.23 
 
 
253 aa  94.7  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  6.3017e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1922  biotin biosynthesis protein BioC  29.73 
 
 
279 aa  94.4  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.152258  decreased coverage  0.00125244 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0926  biotin synthesis protein  28.79 
 
 
295 aa  91.7  1e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.676817  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0322  biotin biosynthesis protein BioC  28.21 
 
 
306 aa  90.5  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0126192 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1132  biotin biosynthesis protein BioC  24.82 
 
 
307 aa  90.1  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2098  biotin biosynthesis protein BioC  27.5 
 
 
309 aa  90.1  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3013  biotin biosynthesis protein BioC  30.08 
 
 
291 aa  90.1  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.755782  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0157  biotin biosynthesis protein BioC  31 
 
 
290 aa  89  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.322 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1313  biotin biosynthesis protein BioC  29.48 
 
 
255 aa  89  7e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.110955  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0395  biotin biosynthesis protein BioC  29.81 
 
 
272 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0883344  normal  0.752327 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2433  biotin biosynthesis protein BioC  29.58 
 
 
291 aa  88.2  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0734686 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2962  biotin biosynthesis protein BioC  31.5 
 
 
253 aa  88.2  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0381627  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3831  biotin biosynthesis protein BioC  31.84 
 
 
294 aa  87.4  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1981  biotin biosynthesis protein BioC  26.64 
 
 
309 aa  87  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0822  biotin biosynthesis protein BioC  28.03 
 
 
295 aa  85.9  7e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1881  biotin biosynthesis protein BioC  26.74 
 
 
266 aa  85.9  7e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0598822  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0365  biotin biosynthesis protein BioC  29.28 
 
 
272 aa  85.1  1e-15  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.380868  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0391  biotin biosynthesis protein BioC  29.28 
 
 
276 aa  84.7  1e-15  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03630  biotin biosynthesis protein BioC  30.94 
 
 
294 aa  84  2e-15  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1611  biotin synthesis protein  27.91 
 
 
281 aa  83.2  4e-15  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0960  biotin biosynthesis protein BioC  27.99 
 
 
295 aa  83.2  4e-15  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.131557  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02209  Biotin biosynthesis protein BioC  29.06 
 
 
325 aa  83.2  4e-15  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.28779  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0573  putative methyltransferase  27.91 
 
 
281 aa  82.8  5e-15  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2596  biotin biosynthesis protein bioC  26.4 
 
 
265 aa  82.8  6e-15  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.093326  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5173  biotin biosynthesis protein BioC  29.86 
 
 
268 aa  82.8  6e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0205142  normal  0.27831 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2555  methyltransferase type 11  26.92 
 
 
315 aa  82.4  7e-15  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00279696  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2899  biotin biosynthesis protein BioC  27.48 
 
 
262 aa  81.6  1e-14  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.785116  normal  0.0952013 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3137  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  26.1 
 
 
558 aa  80.1  3e-14  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.785759  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2279  hypothetical protein  22.31 
 
 
284 aa  79.7  5e-14  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06010  biotin synthesis protein BioC  27.36 
 
 
267 aa  78.6  9e-14  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.746653  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2251  hypothetical protein  22.31 
 
 
284 aa  78.6  1e-13  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1128  biotin synthesis protein BioC  26.85 
 
 
275 aa  78.2  1e-13  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4837  biotin biosynthesis protein BioC  28.83 
 
 
272 aa  77  3e-13  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.672386 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0619  biotin synthesis protein  24.54 
 
 
297 aa  75.9  6e-13  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2754  biotin biosynthesis protein BioC  29.82 
 
 
272 aa  75.1  1e-12  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.32969  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1664  Methyltransferase type 11  31.37 
 
 
271 aa  73.9  3e-12  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2091  methyltransferase type 11  28.32 
 
 
278 aa  71.6  1e-11  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00620726  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1535  Methyltransferase type 11  25.09 
 
 
320 aa  71.2  2e-11  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0421  biotin biosynthesis protein BioC  25.36 
 
 
292 aa  69.3  6e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  8.94072e-06 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0245  biotin synthesis protein BioC  25.36 
 
 
292 aa  69.3  6e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0858  biotin synthesis protein BioC  26.53 
 
 
275 aa  68.9  8e-11  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4226  putative biotin synthesis protein BioC  25.91 
 
 
269 aa  67.8  2e-10  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1011  putative biotin synthesis protein BioC  25.91 
 
 
269 aa  67.8  2e-10  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3244  methyltransferase type 11  25.28 
 
 
280 aa  66.2  5e-10  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1705  Methyltransferase type 11  30.34 
 
 
234 aa  66.2  5e-10  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1663  biotin biosynthesis protein  31.13 
 
 
268 aa  64.7  1e-09  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.63598e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0259  methyltransferase type 11  25.11 
 
 
300 aa  62.4  7e-09  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4249  putative biotin synthesis protein BioC  23.11 
 
 
269 aa  61.2  2e-08  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1671  s-adenosylmethionine (SAM)-dependent methyltransferase  25.39 
 
 
251 aa  59.7  4e-08  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4185  biotin synthesis protein BioC, putative  23.11 
 
 
269 aa  59.7  4e-08  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0833  Methyltransferase type 11  25.76 
 
 
267 aa  59.7  5e-08  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.741572  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4139  putative biotin synthesis protein BioC  22.67 
 
 
269 aa  58.9  9e-08  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>