More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0395 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0395  biotin biosynthesis protein BioC  100 
 
 		 272 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0883344  normal  0.752327 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0365  biotin biosynthesis protein BioC  95.59 
 
 		 272 aa  501  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.380868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0391  biotin biosynthesis protein BioC  95.96 
 
 		 276 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4837  biotin biosynthesis protein BioC  88.97 
 
 		 272 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.672386 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0497  biotin synthesis protein BioC  73.23 
 
 		 269 aa  391  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.572424  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4684  biotin synthesis protein BioC  72.86 
 
 		 269 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.701434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4085  biotin biosynthesis protein BioC  73.28 
 
 		 267 aa  382  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5173  biotin biosynthesis protein BioC  72.22 
 
 		 268 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0205142  normal  0.27831 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0603  putative biotin synthesis protein BioC  69.96 
 
 		 274 aa  349  2e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06540  putative biotin synthesis protein BioC  69.6 
 
 		 274 aa  348  7e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06010  biotin synthesis protein BioC  68.03 
 
 		 267 aa  336  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.746653  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1128  biotin synthesis protein BioC  45.85 
 
 		 275 aa  202  7e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2098  biotin biosynthesis protein BioC  42.65 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3013  biotin biosynthesis protein BioC  44.53 
 
 		 291 aa  192  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.755782  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0421  biotin biosynthesis protein BioC  44.02 
 
 		 292 aa  192  6e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000894072 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0245  biotin synthesis protein BioC  44.02 
 
 		 292 aa  192  7e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2161  biotin biosynthesis protein BioC  43.53 
 
 		 291 aa  189  5e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2899  biotin biosynthesis protein BioC  42.01 
 
 		 262 aa  187  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.785116  normal  0.0952013 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003869  biotin synthesis protein BioC  41.64 
 
 		 268 aa  187  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.19334  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01809  methyltransferase  40.81 
 
 		 268 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1313  biotin biosynthesis protein BioC  44.87 
 
 		 255 aa  182  6e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.110955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0632  biotin synthesis protein BioC  40.52 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000104697  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1132  biotin biosynthesis protein BioC  38.91 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3137  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  40 
 
 		 558 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.785759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1507  biotin biosynthesis protein BioC  42.41 
 
 		 253 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000063017  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2929  biotin biosynthesis protein BioC  43.98 
 
 		 267 aa  172  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2596  biotin biosynthesis protein bioC  36.72 
 
 		 265 aa  172  7.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.093326  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2433  biotin biosynthesis protein BioC  45.7 
 
 		 291 aa  170  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0734686 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1427  biotin synthesis protein BioC  43.61 
 
 		 267 aa  170  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2842  biotin biosynthesis protein BioC  43.23 
 
 		 267 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2537  biotin biosynthesis protein BioC  40.53 
 
 		 260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000300876  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2962  biotin biosynthesis protein BioC  39.61 
 
 		 253 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0381627  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0248  biotin biosynthesis protein BioC  39.76 
 
 		 253 aa  162  6e-39  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.996866  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0960  biotin biosynthesis protein BioC  41.41 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.131557  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1981  biotin biosynthesis protein BioC  34.33 
 
 		 309 aa  154  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3831  biotin biosynthesis protein BioC  40.23 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0858  biotin synthesis protein BioC  38.68 
 
 		 275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1922  biotin biosynthesis protein BioC  33.33 
 
 		 279 aa  152  5e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.152258  decreased coverage  0.00125244 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1881  biotin biosynthesis protein BioC  36.96 
 
 		 266 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0598822  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0157  biotin biosynthesis protein BioC  39.47 
 
 		 290 aa  152  8e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.322 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03630  biotin biosynthesis protein BioC  41.02 
 
 		 294 aa  149  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2627  biotin synthesis protein, putative  38.2 
 
 		 267 aa  148  8e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3454  methyltransferase type 11  36.23 
 
 		 270 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2279  hypothetical protein  33.07 
 
 		 284 aa  147  3e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2251  hypothetical protein  33.07 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0573  putative methyltransferase  35.57 
 
 		 281 aa  144  2e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1611  biotin synthesis protein  35.57 
 
 		 281 aa  144  2e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2754  biotin biosynthesis protein BioC  37.39 
 
 		 272 aa  142  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.32969  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0322  biotin biosynthesis protein BioC  37.5 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0126192 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2555  methyltransferase type 11  34.69 
 
 		 315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00279696  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0926  biotin synthesis protein  34.98 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.676817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0925  biotin biosynthesis protein BioC  38.24 
 
 		 251 aa  139  7e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000310618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0822  biotin biosynthesis protein BioC  34.83 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1164  methyltransferase type 11  37.75 
 
 		 267 aa  136  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1312  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2575  biotin biosynthesis protein BioC  37.82 
 
 		 251 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000803036  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0840  biotin biosynthesis protein BioC  37.82 
 
 		 251 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000158566  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0800  biotin biosynthesis protein BioC  37.39 
 
 		 251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000119753  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00744  predicted methltransferase, enzyme of biotin synthesis  37.39 
 
 		 251 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000740427  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2865  biotin biosynthesis protein BioC  37.39 
 
 		 251 aa  133  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134794  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2866  biotin biosynthesis protein BioC  37.39 
 
 		 251 aa  133  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000576262  normal  0.0541364 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0831  biotin biosynthesis protein BioC  37.39 
 
 		 251 aa  133  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000107707  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00761  hypothetical protein  37.39 
 
 		 251 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000873779  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0619  biotin synthesis protein  34.67 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2440  Methyltransferase type 11  39.82 
 
 		 216 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0165065  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3856  methyltransferase type 11  41.7 
 
 		 264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3428  Methyltransferase type 11  35.41 
 
 		 267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.512533 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0833  Methyltransferase type 11  36.5 
 
 		 267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.741572  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0844  UbiE/COQ5 methyltransferase  35.88 
 
 		 269 aa  126  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1268  biotin biosynthesis protein BioC  35.55 
 
 		 251 aa  125  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00543221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0946  biotin biosynthesis protein BioC  36.78 
 
 		 251 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000915647  normal  0.885447 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0891  biotin biosynthesis protein BioC  37.25 
 
 		 251 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0441055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3244  methyltransferase type 11  34.59 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0832  biotin biosynthesis protein BioC  36.36 
 
 		 251 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000189171  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0923  biotin biosynthesis protein BioC  36.86 
 
 		 251 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00600636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0860  biotin biosynthesis protein BioC  35.95 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00894914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1664  Methyltransferase type 11  32.34 
 
 		 271 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1535  Methyltransferase type 11  34.93 
 
 		 320 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02209  Biotin biosynthesis protein BioC  34.48 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.28779  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2429  biotin biosynthesis protein BioC  33.72 
 
 		 275 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0131748 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2343  biotin biosynthesis protein BioC  33.46 
 
 		 269 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2357  biotin biosynthesis protein BioC  32.95 
 
 		 275 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000020473 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2517  biotin biosynthesis protein BioC  32.57 
 
 		 275 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000257486 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1760  methyltransferase type 11  31.53 
 
 		 320 aa  106  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1803  methyltransferase type 11  33.72 
 
 		 256 aa  106  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2738  biotin synthesis protein BioC  31.89 
 
 		 275 aa  105  8e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1797  methyltransferase type 11  30.62 
 
 		 374 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.105535  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0024  biotin biosynthesis protein BioC  28.26 
 
 		 283 aa  105  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00323673  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1753  methyltransferase type 11  31.31 
 
 		 367 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.757271  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3874  Methyltransferase type 11  38.4 
 
 		 262 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.26208  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0274  methyltransferase type 11  29.5 
 
 		 319 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.372157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2525  Methyltransferase type 11  29.9 
 
 		 383 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.991475  normal  0.34904 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1440  biotin synthesis protein BioC  31.89 
 
 		 248 aa  101  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00159982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2091  methyltransferase type 11  31.85 
 
 		 278 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00620726  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1663  biotin biosynthesis protein  30.08 
 
 		 268 aa  99  8e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000363598  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1868  methyltransferase type 11  29.81 
 
 		 263 aa  98.2  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00760268  decreased coverage  0.000000322294 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4173  hypothetical protein  28.78 
 
 		 338 aa  96.3  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0312  putative methylase involved in ubiquinone/menaquinone biosynthesis  29.63 
 
 		 333 aa  94.4  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0542  Methyltransferase type 11  30.08 
 
 		 321 aa  94  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.617554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2774  biotin biosynthesis protein BioC  30.29 
 
 		 266 aa  94.4  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0014139  hitchhiker  0.00911196 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1721  methyltransferase type 11  29.93 
 
 		 309 aa  93.6  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0157757  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>