More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4574 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4574  ribonuclease H  100 
 
 		 202 aa  403  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.690757 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0703  ribonuclease H  62.44 
 
 		 269 aa  224  5.0000000000000005e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.076303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0963  ribonuclease HII  60.66 
 
 		 198 aa  203  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.765501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2102  ribonuclease HII  60.44 
 
 		 210 aa  196  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  56.25 
 
 		 201 aa  194  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1175  Ribonuclease H  56.44 
 
 		 202 aa  192  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1115  ribonuclease HII  56.35 
 
 		 213 aa  192  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1470  ribonuclease HII  58.1 
 
 		 212 aa  192  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281309  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3039  ribonuclease HII  57.14 
 
 		 208 aa  193  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982104  normal  0.582676 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  54.59 
 
 		 201 aa  192  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0120  ribonuclease HII  58.1 
 
 		 212 aa  192  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.105458 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1357  ribonuclease HII  54.12 
 
 		 218 aa  191  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0508  RNase HII  55.17 
 
 		 213 aa  191  7e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.261807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4366  ribonuclease HII  57.44 
 
 		 230 aa  190  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1548  ribonuclease HII  56.42 
 
 		 217 aa  189  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1103  ribonuclease HII  50 
 
 		 198 aa  188  5e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38850  ribonuclease HII  57.69 
 
 		 207 aa  188  5e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234048  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4068  ribonuclease HII  53.97 
 
 		 207 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0312759 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2441  ribonuclease HII  56.99 
 
 		 248 aa  187  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal  0.0206101 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1160  ribonuclease HII  53.97 
 
 		 207 aa  187  8e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392772  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1605  ribonuclease HII  53.97 
 
 		 207 aa  186  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.388739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4172  ribonuclease HII  53.97 
 
 		 207 aa  186  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2650  ribonuclease HII  56.04 
 
 		 229 aa  184  6e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1696  ribonuclease HII  56.45 
 
 		 248 aa  184  8e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915201  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2583  ribonuclease HII  52.91 
 
 		 199 aa  184  9e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.584045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2534  ribonuclease H  54.92 
 
 		 227 aa  183  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1428  ribonuclease HII  50.27 
 
 		 202 aa  182  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.982643  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1492  ribonuclease HII  50.27 
 
 		 202 aa  182  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0067  ribonuclease HII  58.1 
 
 		 212 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.970815 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1772  ribonuclease HII  56.35 
 
 		 208 aa  181  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0955  ribonuclease HII  54.7 
 
 		 198 aa  180  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0144418  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3425  ribonuclease HII  53.04 
 
 		 230 aa  180  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2681  ribonuclease HII  56.35 
 
 		 199 aa  179  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.474695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0194  ribonuclease HII  53.51 
 
 		 198 aa  177  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00608058  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00181  ribonuclease HII  53.51 
 
 		 198 aa  177  8e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0135226  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3477  ribonuclease HII  53.51 
 
 		 198 aa  177  8e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000111932  normal  0.110141 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00180  hypothetical protein  53.51 
 
 		 198 aa  177  8e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.010735  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1839  ribonuclease HII  56.48 
 
 		 196 aa  177  9e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.010294  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0252  ribonuclease HII  52.97 
 
 		 198 aa  176  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.653457 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0252  ribonuclease HII  52.97 
 
 		 198 aa  176  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.553168 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3151  ribonuclease HII  55.8 
 
 		 198 aa  176  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0033757  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1263  ribonuclease H  53.51 
 
 		 197 aa  177  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0268  ribonuclease HII  52.97 
 
 		 198 aa  176  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.443462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0193  ribonuclease HII  52.97 
 
 		 198 aa  176  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.614653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3147  ribonuclease HII  53.19 
 
 		 213 aa  176  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.236655  normal  0.0126167 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0278  ribonuclease HII  54.19 
 
 		 283 aa  176  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0176  ribonuclease HII  52.97 
 
 		 198 aa  176  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0723713  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0256  ribonuclease HII  52.97 
 
 		 198 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2966  ribonuclease HII  54.7 
 
 		 198 aa  176  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.208356  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0271  ribonuclease HII  52.97 
 
 		 198 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.259033  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2038  ribonuclease HII  54.7 
 
 		 217 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.886397  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3346  ribonuclease HII  53.59 
 
 		 198 aa  175  4e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.114641  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1271  ribonuclease HII  54.7 
 
 		 210 aa  175  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.329181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0154  RNase HII  55.62 
 
 		 198 aa  175  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  hitchhiker  0.0000294513 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1907  ribonuclease HII  54.7 
 
 		 217 aa  175  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3421  ribonuclease HII  53.04 
 
 		 198 aa  175  5e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.329934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1027  ribonuclease HII  53.04 
 
 		 198 aa  175  5e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0554  Ribonuclease H  52.76 
 
 		 214 aa  175  5e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.14554 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2962  ribonuclease H  50.83 
 
 		 204 aa  174  6e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118797 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3776  ribonuclease HII  54.75 
 
 		 197 aa  174  6e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0312514  hitchhiker  0.00441554 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1837  ribonuclease HII  57.22 
 
 		 240 aa  174  6e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1080  ribonuclease HII  53.04 
 
 		 198 aa  174  8e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0391  ribonuclease H  50.77 
 
 		 199 aa  174  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.451839 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3007  ribonuclease HII  52.24 
 
 		 224 aa  173  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.654478  normal  0.32816 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2571  ribonuclease HII  55.85 
 
 		 209 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.480513  normal  0.0641 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  53.89 
 
 		 203 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1237  ribonuclease HII  55.85 
 
 		 209 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0721  ribonuclease HII  52.43 
 
 		 198 aa  173  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3420  Ribonuclease H  52.43 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00118566  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0187  ribonuclease HII  52.43 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000269157  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5315  ribonuclease HII  54.44 
 
 		 214 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.120662  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2613  ribonuclease HII  56.11 
 
 		 240 aa  172  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0185  ribonuclease HII  52.43 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000292767  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6072  ribonuclease HII  54.19 
 
 		 214 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.236887  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2005  ribonuclease HII  54.19 
 
 		 214 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2343  ribonuclease HII  56.42 
 
 		 292 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.391883 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  48.7 
 
 		 212 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2025  ribonuclease HII  54.19 
 
 		 214 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  50.83 
 
 		 211 aa  171  5.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2041  ribonuclease HII  55.74 
 
 		 214 aa  170  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000010241  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1418  ribonuclease HII  55.49 
 
 		 236 aa  169  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal  0.0561712 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1324  ribonuclease HII  54.7 
 
 		 249 aa  169  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0444833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0300  ribonuclease HII  53.07 
 
 		 283 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0289  ribonuclease HII  52.51 
 
 		 283 aa  169  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.267831  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1092  ribonuclease HII  49.47 
 
 		 219 aa  169  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.11848  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0298  ribonuclease HII  52.75 
 
 		 217 aa  169  3e-41  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2022  ribonuclease H  52.75 
 
 		 201 aa  169  3e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1449  ribonuclease HII  54.1 
 
 		 226 aa  169  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000143368  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1452  ribonuclease HII  54.3 
 
 		 209 aa  169  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1867  ribonuclease HII  54.35 
 
 		 218 aa  169  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0144978  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1204  ribonuclease HII  52.75 
 
 		 268 aa  168  4e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000113775  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2422  ribonuclease HII  55.19 
 
 		 214 aa  168  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000428257  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3757  ribonuclease HII  50.55 
 
 		 216 aa  169  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00155926  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3270  ribonuclease HII  55.25 
 
 		 214 aa  168  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000737319  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2041  ribonuclease HII  55.25 
 
 		 214 aa  168  5e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00230414  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1541  ribonuclease HII  55.25 
 
 		 214 aa  168  5e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0283248  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1356  ribonuclease HII  56.04 
 
 		 232 aa  168  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2478  ribonuclease HII  55.25 
 
 		 214 aa  168  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0544675  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1357  ribonuclease HII  50.55 
 
 		 211 aa  168  5e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  53.26 
 
 		 218 aa  168  5e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>