177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5182 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5182  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  100 
 
 
233 aa  486  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.477551 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2936  NapC/NirT cytochrome c domain protein  74.89 
 
 
234 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.441265  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4723  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  76.73 
 
 
237 aa  345  5e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0585086  normal  0.100383 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4118  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  69.27 
 
 
227 aa  327  1e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3992  hypothetical protein  68.84 
 
 
222 aa  323  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0212723  normal  0.240868 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4207  cytochrome c-type protein NapC  70.85 
 
 
198 aa  305  5e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1017  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  69.76 
 
 
204 aa  304  6e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2983  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  70.35 
 
 
198 aa  304  7e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000569664  normal  0.0718991 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49270  cytochrome c-type protein NapC  70.35 
 
 
198 aa  303  1e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0776862  normal  0.0378882 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2425  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  70.35 
 
 
199 aa  303  2e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1844  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  72.58 
 
 
195 aa  298  5e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.413955  hitchhiker  0.000210051 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1902  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  72.04 
 
 
195 aa  297  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.526119  hitchhiker  8.39402e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2133  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  72.04 
 
 
195 aa  297  1e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264012 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2678  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  69.35 
 
 
199 aa  297  1e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.401671  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1945  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  71.51 
 
 
195 aa  295  3e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00277944  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1772  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  71.51 
 
 
195 aa  295  3e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1860  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  68.69 
 
 
220 aa  295  3e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2381  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  71.51 
 
 
195 aa  295  3e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000554571  normal  0.329531 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2551  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family protein  68.37 
 
 
199 aa  296  3e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.476596  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1905  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  70.97 
 
 
195 aa  295  4e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1055  cytochrome c-type protein NapC  67.86 
 
 
195 aa  295  6e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1938  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  70.97 
 
 
195 aa  294  7e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00561646  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1624  periplasmic nitrate reductase C-type cytochrome, NapC/NirT  70.9 
 
 
195 aa  293  1e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.123114  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1912  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  70.97 
 
 
195 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00847918  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0954  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome, NapC/NirT  66.5 
 
 
212 aa  292  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.448088 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4765  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  70.43 
 
 
195 aa  292  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.719721  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1499  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome, NapC/NirT  69.35 
 
 
195 aa  291  5e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.924736  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4061  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome NapC/NirT  67.89 
 
 
195 aa  290  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418249  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0369  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  67.72 
 
 
204 aa  285  3e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000187536 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2440  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  66.84 
 
 
195 aa  285  3e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.43164 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2846  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  66.84 
 
 
195 aa  285  3e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.271621  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0086  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  76.16 
 
 
171 aa  285  5e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1297  cytochrome c-type protein TorC  60.29 
 
 
394 aa  258  6e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3339  cytochrome c-type protein NapC  58.16 
 
 
200 aa  240  1e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1448  cytochrome c-type protein NapC  58.16 
 
 
200 aa  240  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2501  cytochrome c-type protein NapC  58.16 
 
 
200 aa  240  1e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2350  cytochrome c-type protein NapC  58.16 
 
 
200 aa  240  1e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0739  cytochrome c-type protein NapC  58.16 
 
 
200 aa  240  1e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2340  cytochrome c-type protein NapC  58.16 
 
 
200 aa  240  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1457  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  58.16 
 
 
200 aa  240  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02129  nitrate reductase, cytochrome c-type, periplasmic  58.16 
 
 
200 aa  240  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.268616  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02088  hypothetical protein  58.16 
 
 
200 aa  240  1e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.254061  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2481  cytochrome c-type protein NapC  58.2 
 
 
200 aa  239  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2390  cytochrome c-type protein NapC  58.2 
 
 
200 aa  239  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2495  cytochrome c-type protein NapC  58.2 
 
 
200 aa  239  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00306548 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2598  cytochrome c-type protein NapC  58.2 
 
 
200 aa  239  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.374466 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1389  cytochrome c-type protein NapC  57.14 
 
 
199 aa  239  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.701394  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2788  cytochrome c-type protein NapC  57.14 
 
 
200 aa  240  2e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0166943 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1275  cytochrome c-type protein NapC  57.14 
 
 
199 aa  239  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2439  cytochrome c-type protein NapC  58.2 
 
 
200 aa  239  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119993  normal  0.568439 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003826  cytochrome c-type protein TorY  57.44 
 
 
383 aa  236  2e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0213  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  56.92 
 
 
411 aa  233  2e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.460429  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0619  periplasmic nitrate reductase, cytochrome c-type protein  57.44 
 
 
191 aa  232  4e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2617  NapC/NirT cytochrome c domain protein  60 
 
 
203 aa  231  9e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.245408  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2579  NapC/NirT cytochrome c, N-terminal  57.22 
 
 
191 aa  226  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.123088  normal  0.367368 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1832  cytochrome c-type protein TorC  55.03 
 
 
392 aa  225  4e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.826575  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0773  cytochrome c-type protein  59.24 
 
 
392 aa  225  4e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05375  cytochrome c-type protein NapC  56.63 
 
 
192 aa  225  4e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0988  tetraheme cytochrome c  53.2 
 
 
391 aa  224  6e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2415  cytochrome c-type protein NapC  53.3 
 
 
200 aa  224  7e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2172  nitrate reductase periplasmic cytochrome c-type protein NapC  55.44 
 
 
191 aa  224  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.457152  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2719  cytochrome c-type protein NapC  53.3 
 
 
200 aa  223  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1338  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  52.17 
 
 
202 aa  221  6e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3484  cytochrome c-type protein NapC  60.37 
 
 
205 aa  221  6e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0382018  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3218  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  56.22 
 
 
234 aa  220  1e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000515  cytochrome c-type protein NapC  62.35 
 
 
170 aa  219  2e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2730  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  52.36 
 
 
407 aa  220  2e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1052  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  49.32 
 
 
392 aa  219  2e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.653719  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1233  tetraheme cytochrome c  49.32 
 
 
392 aa  219  3e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3351  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  50 
 
 
392 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1155  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  50 
 
 
392 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3212  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  50 
 
 
392 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3212  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  50 
 
 
392 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1117  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  50 
 
 
392 aa  219  4e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.514316  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1995  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  51.98 
 
 
392 aa  218  5e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.783137  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1056  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  48.86 
 
 
392 aa  218  6e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3525  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  50.7 
 
 
392 aa  218  6e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3359  trimethylamine-N-oxide reductase C-type cytochrome TorC  49.3 
 
 
392 aa  218  8e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1915  periplasmic nitrate reductase, cytochrome c-type protein  53.23 
 
 
196 aa  216  3e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  3.71882e-08  normal  0.91066 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3342  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  49.08 
 
 
392 aa  215  6e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.688416  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2797  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  48.83 
 
 
392 aa  214  6e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.135718 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1339  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  53.16 
 
 
233 aa  214  1e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2364  cytochrome c-type protein NapC  52.31 
 
 
191 aa  213  2e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0102966  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3513  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  57.47 
 
 
215 aa  212  3e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.654609  normal  0.0192355 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4005  NapC/NirT cytochrome c domain protein  54.8 
 
 
206 aa  210  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0656  NapC/NirT cytochrome c-like  62.75 
 
 
389 aa  209  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.57103 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1504  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  52.24 
 
 
203 aa  209  3e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4219  denitrification system component NirT/cytochrome c552  56.41 
 
 
603 aa  197  1e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.50309  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1749  NapC/NirT cytochrome c-like  55.77 
 
 
385 aa  193  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.154925 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3161  cytochrome c-type protein NapC  45.79 
 
 
237 aa  190  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1587  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  56.41 
 
 
196 aa  190  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3773  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  48.9 
 
 
392 aa  188  6e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3046  DMSO/TMAO pentaheme cytochrome c subunit  48.9 
 
 
392 aa  188  6e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1875  NapC/NirT cytochrome c-like  44.95 
 
 
391 aa  183  2e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1582  NapC/NirT cytochrome c, N-terminal  50.27 
 
 
195 aa  181  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.220778  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1672  cytochrome c-type protein  45.26 
 
 
389 aa  180  2e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1283  membrane-bound tetrahaem cytochrome TorC/YecK  49.21 
 
 
392 aa  175  6e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4034  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  44.81 
 
 
394 aa  161  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4155  cytochrome c-type protein torC  44.81 
 
 
394 aa  161  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4051  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  44.81 
 
 
394 aa  161  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>