222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3306 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7017  hydantoin utilization protein  73.73 
 
 
571 aa  854    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3306  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  100 
 
 
561 aa  1156    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.32832  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2941  5-oxoprolinase  56.33 
 
 
579 aa  649    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2207  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  54.79 
 
 
559 aa  628  1e-178  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00887256  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0080  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.73 
 
 
572 aa  328  2.0000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.740516  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5219  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.51 
 
 
568 aa  313  3.9999999999999997e-84  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.667486  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.69 
 
 
589 aa  311  2e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.39 
 
 
584 aa  310  5e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126981  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2300  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35 
 
 
585 aa  310  5.9999999999999995e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.56332  normal  0.0979902 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2446  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.45 
 
 
583 aa  307  3e-82  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4582  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.21 
 
 
577 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3642  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.14 
 
 
557 aa  306  7e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4027  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.4 
 
 
558 aa  298  2e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5473  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.39 
 
 
552 aa  293  6e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.691063  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6261  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.15 
 
 
577 aa  290  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0857847  normal  0.425917 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1718  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.19 
 
 
556 aa  286  5.999999999999999e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3764  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.27 
 
 
564 aa  280  5e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4192  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.52 
 
 
580 aa  274  3e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3415  Hydantoinase B/oxoprolinase  30.07 
 
 
578 aa  271  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41537  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1059  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.87 
 
 
599 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.331843  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4352  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.45 
 
 
594 aa  267  4e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2633  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.28 
 
 
577 aa  267  5e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.286418 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1062  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.67 
 
 
519 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0859035  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5965  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.68 
 
 
597 aa  260  4e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.744958  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5833  hydantoin utilization protein  31.83 
 
 
563 aa  258  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5631  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.51 
 
 
598 aa  256  6e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0685105 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9149  hydantoin utilization protein  29.48 
 
 
566 aa  252  1e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.288319  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4144  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.07 
 
 
601 aa  251  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.969544  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2411  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.15 
 
 
515 aa  251  3e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.381663  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0561  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.83 
 
 
524 aa  249  1e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.899145  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2708  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.15 
 
 
527 aa  247  4e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4046  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.04 
 
 
559 aa  245  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0146598  decreased coverage  0.00136288 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0692  hydantoin utilization protein B  33.12 
 
 
565 aa  239  9e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.755562  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9129  hydantoin utilization protein  28.92 
 
 
640 aa  238  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8174  hydantoin utilization protein  28.65 
 
 
585 aa  235  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246451  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5647  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.31 
 
 
582 aa  229  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.753702  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1981  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.28 
 
 
562 aa  229  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307299  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0372  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.42 
 
 
616 aa  227  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.014712  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3648  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.54 
 
 
564 aa  225  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101613  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5989  N-methylhydantoinase B (Hydantoin utilization protein B)  31.12 
 
 
577 aa  223  8e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0982181 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3104  N-methylhydantoinase B/acetone carboxylase, alpha subunit  30.23 
 
 
537 aa  222  9.999999999999999e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1968  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.17 
 
 
528 aa  221  3e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.302268  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1934  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.12 
 
 
561 aa  218  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3921  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.73 
 
 
534 aa  218  2e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.710611  normal  0.101565 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0376  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.08 
 
 
657 aa  217  4e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2084  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.37 
 
 
587 aa  216  8e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.81629  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2225  5-oxoprolinase  28.52 
 
 
611 aa  212  2e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.113832  normal  0.624978 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20950  N-methylhydantoinase B/acetone carboxylase, alpha subunit  28.28 
 
 
647 aa  210  6e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0800854 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0414  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.31 
 
 
513 aa  209  9e-53  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5341  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.22 
 
 
633 aa  209  1e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1578  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.19 
 
 
541 aa  209  1e-52  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6188  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.05 
 
 
539 aa  208  2e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.104121 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0037  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.8 
 
 
531 aa  207  3e-52  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2462  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.4 
 
 
515 aa  207  4e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0467  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.43 
 
 
514 aa  207  6e-52  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.011841  hitchhiker  0.0000000457573 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0424  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.38 
 
 
514 aa  206  8e-52  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6535  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.68 
 
 
582 aa  205  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.479598 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1104  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.26 
 
 
511 aa  205  2e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.723439  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3663  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.98 
 
 
586 aa  204  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0156041 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3116  Hydantoinase B/oxoprolinase  30.81 
 
 
548 aa  203  9e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.708743  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3569  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.02 
 
 
575 aa  201  1.9999999999999998e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6594  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.27 
 
 
624 aa  199  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2210  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.15 
 
 
586 aa  198  3e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.81 
 
 
548 aa  197  5.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4825  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.3 
 
 
586 aa  197  5.000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.308896  normal  0.0497189 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3534  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.83 
 
 
519 aa  197  6e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0275589 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6273  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.24 
 
 
634 aa  197  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0677788 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4343  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.84 
 
 
1206 aa  196  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.808871  normal  0.0662323 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0123  Hydantoinase B/oxoprolinase  27.56 
 
 
623 aa  196  1e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.242495  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6264  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.28 
 
 
544 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1877  Hydantoinase B/oxoprolinase  27.73 
 
 
613 aa  195  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0727  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.69 
 
 
513 aa  194  3e-48  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0131  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.72 
 
 
517 aa  194  3e-48  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.367473  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1128  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.88 
 
 
510 aa  194  3e-48  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.69 
 
 
529 aa  194  4e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0408738  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4926  Hydantoin utilization protein B  27.84 
 
 
551 aa  194  4e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253759  normal  0.500561 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1497  hydantoinase B/oxoprolinase  27.57 
 
 
659 aa  192  1e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00877273  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0802  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.33 
 
 
561 aa  192  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36294  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2566  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.19 
 
 
1185 aa  192  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3956  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.84 
 
 
681 aa  191  2e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4084  Hydantoinase B/oxoprolinase  30.34 
 
 
589 aa  190  5.999999999999999e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.307442 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0476  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.66 
 
 
579 aa  190  5.999999999999999e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4976  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.44 
 
 
1210 aa  189  8e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3090  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.07 
 
 
645 aa  189  1e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0547803  hitchhiker  0.000201646 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0004  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.82 
 
 
1218 aa  189  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.521135 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3807  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.74 
 
 
1206 aa  188  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1517  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.5 
 
 
1220 aa  187  6e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.987172 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3345  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.05 
 
 
1258 aa  186  8e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0277673 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2414  hydantoinase B/oxoprolinase  25.26 
 
 
581 aa  186  8e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.49373  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0398  hydantoinase/oxoprolinase  27.49 
 
 
1277 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4106  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.47 
 
 
1212 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.264245  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2528  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.19 
 
 
629 aa  184  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.165308  normal  0.701277 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10270  5-oxoprolinase oplA  26.38 
 
 
1209 aa  184  3e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0830899 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3492  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.72 
 
 
645 aa  184  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1856  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.78 
 
 
512 aa  183  9.000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0996976  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0637  hydantoinase/oxoprolinase family protein  26.93 
 
 
1203 aa  183  9.000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3514  hydantoinase B/oxoprolinase  24.87 
 
 
581 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5123  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.65 
 
 
1212 aa  182  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0650369 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1926  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27 
 
 
515 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3732  hydantoinase B/oxoprolinase  27.04 
 
 
674 aa  182  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>