More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1919 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011374  UUR10_0088  DNA gyrase subunit A  47.65 
 
 
844 aa  763  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5084  DNA gyrase, A subunit  47.48 
 
 
908 aa  796  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.615317  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0008  DNA gyrase subunit A  49.25 
 
 
807 aa  832  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.425562  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00734  DNA gyrase subunit A  59.74 
 
 
898 aa  1043  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.942934  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0771  DNA gyrase subunit A  60.82 
 
 
889 aa  1083  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.380841  hitchhiker  0.00768544 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3009  DNA gyrase subunit A  60.23 
 
 
878 aa  1058  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.354996  normal  0.0330044 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2606  DNA gyrase subunit A  70.67 
 
 
875 aa  1284  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0006  DNA gyrase, A subunit  46.99 
 
 
840 aa  804  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  9.48225e-06 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0738  DNA gyrase subunit A  60.32 
 
 
859 aa  1055  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.958835  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2042  DNA gyrase subunit A  58.51 
 
 
893 aa  1062  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.430376  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0920  DNA gyrase subunit A  60.41 
 
 
867 aa  1070  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0820357 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1315  DNA gyrase subunit A  58.95 
 
 
902 aa  1043  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  8.57491e-07  decreased coverage  3.46296e-25 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0959  DNA gyrase subunit A  59.41 
 
 
885 aa  1037  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2123  DNA gyrase subunit A  58.29 
 
 
893 aa  1060  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.155054  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4447  DNA gyrase, A subunit  48.1 
 
 
914 aa  823  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.950017 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0999  DNA gyrase subunit A  60.96 
 
 
851 aa  1059  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2306  DNA gyrase, A subunit  87.05 
 
 
905 aa  1562  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0379216  hitchhiker  1.00846e-06 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0103  DNA gyrase, A subunit  49.49 
 
 
828 aa  851  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  9.29696e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0027  DNA gyrase, A subunit  56.59 
 
 
848 aa  952  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000124476  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0828  hypothetical protein  48.85 
 
 
816 aa  833  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.725746 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1744  DNA gyrase subunit A  47.6 
 
 
941 aa  801  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.494976  normal  0.4202 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3365  DNA gyrase subunit A  70.56 
 
 
875 aa  1282  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.329132  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1767  DNA gyrase subunit A  73.29 
 
 
885 aa  1294  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1016  DNA gyrase, A subunit  58.05 
 
 
845 aa  1003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  9.44183e-11 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2616  DNA gyrase subunit A  72.05 
 
 
878 aa  1303  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.341614 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2408  DNA gyrase subunit A  72.05 
 
 
878 aa  1303  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000367831  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0005  DNA gyrase, A subunit  56.47 
 
 
836 aa  972  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4482  DNA gyrase, A subunit  50.71 
 
 
906 aa  836  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2498  DNA gyrase subunit A  71.83 
 
 
878 aa  1297  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2512  DNA gyrase subunit A  72.05 
 
 
878 aa  1303  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0982635 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2457  DNA gyrase subunit A  72.05 
 
 
878 aa  1303  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0910619  normal  0.208896 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2578  DNA gyrase subunit A  60.82 
 
 
904 aa  1071  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.551431 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0096  DNA gyrase, A subunit  50.23 
 
 
827 aa  840  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00180112  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0137  DNA gyrase, A subunit  48.29 
 
 
826 aa  842  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2869  DNA gyrase subunit A  47.9 
 
 
913 aa  800  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.135991  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0125  DNA gyrase, A subunit  49.49 
 
 
828 aa  858  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  5.07659e-05  decreased coverage  0.00116524 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2151  DNA gyrase, A subunit  46.94 
 
 
910 aa  766  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587258  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1374  DNA gyrase subunit A  63.27 
 
 
923 aa  1166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2379  DNA gyrase subunit A  70.44 
 
 
875 aa  1280  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.076856  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2303  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  87.63 
 
 
904 aa  1584  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.55743e-05 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0843  DNA gyrase subunit A  47.81 
 
 
873 aa  759  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.462106  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2526  DNA gyrase subunit A  70.67 
 
 
875 aa  1284  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2371  DNA gyrase subunit A  70.67 
 
 
875 aa  1283  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02730  DNA gyrase subunit A  74.54 
 
 
878 aa  1315  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0328  DNA gyrase, A subunit  47.42 
 
 
823 aa  766  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1539  DNA gyrase subunit A  63.52 
 
 
850 aa  1090  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.202951  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4317  DNA gyrase, A subunit  48.37 
 
 
914 aa  828  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3049  DNA gyrase, A subunit  50.72 
 
 
965 aa  764  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.288748  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1459  DNA gyrase subunit A  46.9 
 
 
873 aa  747  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.371947  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1244  DNA gyrase subunit A  46.42 
 
 
875 aa  757  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1633  DNA gyrase, A subunit  45.25 
 
 
829 aa  736  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0894525  normal  0.0126179 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2767  DNA gyrase subunit A  73.28 
 
 
897 aa  1312  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0123016  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0761  DNA gyrase subunit A  46.91 
 
 
862 aa  749  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000813267  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4493  DNA gyrase, A subunit  51.74 
 
 
891 aa  841  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0318161 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0006  DNA gyrase subunit A  50.41 
 
 
821 aa  852  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0979169  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3269  DNA gyrase subunit A  71.21 
 
 
882 aa  1326  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00267185  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2067  DNA gyrase, A subunit  87.92 
 
 
903 aa  1589  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0392339  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0007  DNA gyrase subunit A  45.48 
 
 
837 aa  736  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.822047 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1420  DNA gyrase subunit A  70.56 
 
 
875 aa  1281  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  4.67679e-06 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2846  DNA gyrase subunit A  73.28 
 
 
897 aa  1310  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.215176  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0008  DNA gyrase, A subunit  48.95 
 
 
812 aa  811  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  8.00696e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1358  DNA gyrase subunit A  63.58 
 
 
921 aa  1167  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.832857  normal  0.422434 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0010  DNA gyrase, A subunit  49.19 
 
 
807 aa  834  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0200618  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0006  DNA gyrase subunit A  50.29 
 
 
823 aa  850  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0500902  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4567  DNA gyrase, A subunit  46.67 
 
 
911 aa  766  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.205833 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1310  DNA gyrase subunit A  73.28 
 
 
885 aa  1310  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0388177  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0638  DNA gyrase, A subunit  63.52 
 
 
848 aa  1091  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00668409  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2264  DNA gyrase subunit A  59.55 
 
 
867 aa  1065  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.999623  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4719  DNA gyrase subunit A  59.2 
 
 
888 aa  1056  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.902316 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0006  DNA gyrase, A subunit  45.78 
 
 
899 aa  768  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2404  DNA gyrase, A subunit  93.48 
 
 
916 aa  1675  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00637691  unclonable  1.91603e-05 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4627  DNA gyrase, A subunit  46.22 
 
 
827 aa  741  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.116338  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1476  DNA gyrase subunit A  46.01 
 
 
913 aa  757  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0249688 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0673  DNA gyrase, A subunit  53.7 
 
 
830 aa  912  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  1.24756e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2182  DNA gyrase subunit A  47.68 
 
 
923 aa  812  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.88662  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0531  DNA gyrase subunit A  43.55 
 
 
869 aa  743  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.897683  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4476  DNA gyrase, A subunit  49.66 
 
 
891 aa  810  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1339  DNA gyrase, A subunit  60.95 
 
 
864 aa  1090  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0126105  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3211  DNA gyrase subunit A  73.74 
 
 
879 aa  1316  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0006  DNA gyrase subunit A  49.6 
 
 
818 aa  848  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0006  DNA gyrase, A subunit  48.2 
 
 
802 aa  803  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.540811  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2473  DNA gyrase, A subunit  47.85 
 
 
809 aa  820  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000335285 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0007  DNA gyrase, A subunit  50.35 
 
 
811 aa  845  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0006  DNA gyrase, A subunit  49.2 
 
 
820 aa  830  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0007  DNA gyrase, A subunit  47.39 
 
 
932 aa  817  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0706522  hitchhiker  0.000130108 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0007  DNA gyrase, A subunit  47.38 
 
 
901 aa  794  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.607285  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2730  DNA gyrase, A subunit  46.99 
 
 
819 aa  762  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3094  DNA gyrase, A subunit  47.78 
 
 
848 aa  807  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.654737  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0006  DNA gyrase, A subunit  47.41 
 
 
814 aa  801  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0624353  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00060  DNA gyrase subunit A  46.24 
 
 
870 aa  779  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00061935  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00060  DNA gyrase subunit A  45.79 
 
 
838 aa  747  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.120033  normal  0.0325774 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00070  DNA gyrase subunit A  45.23 
 
 
841 aa  748  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0318292  normal  0.41561 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003111  DNA gyrase subunit A  75.98 
 
 
906 aa  1368  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00046231  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2192  DNA gyrase, A subunit  48.57 
 
 
853 aa  818  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0323  DNA gyrase, A subunit  48.02 
 
 
846 aa  759  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.175043  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11138  DNA gyrase A subunit  48.91 
 
 
848 aa  827  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185535  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2474  DNA gyrase, A subunit  46.09 
 
 
805 aa  756  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  1.72995e-05  decreased coverage  0.00702489 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0007  DNA gyrase, A subunit  46.33 
 
 
870 aa  740  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0197472 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0007  DNA gyrase subunit A  45.82 
 
 
834 aa  753  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.612132  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0007  DNA gyrase A subunit  46.3 
 
 
831 aa  751  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.386887 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>