More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0916 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02157  DNA gyrase subunit A  61.34 
 
 
875 aa  1055    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1428  DNA gyrase, A subunit  60.99 
 
 
875 aa  1051    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000222135  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0461  DNA gyrase subunit A  45.03 
 
 
833 aa  752    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1630  DNA gyrase, A subunit  45.85 
 
 
809 aa  752    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0004  DNA gyrase, A subunit  53.37 
 
 
857 aa  919    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1767  DNA gyrase subunit A  58.38 
 
 
923 aa  1071    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.159029  normal  0.697919 
 
 
-
 
NC_002950  PG1386  DNA gyrase, A subunit  46.41 
 
 
859 aa  784    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000518586 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0295  DNA gyrase, A subunit  45.05 
 
 
815 aa  754    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000104169  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2548  DNA gyrase, A subunit  49.36 
 
 
893 aa  827    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1421  DNA gyrase, A subunit  64.05 
 
 
860 aa  1139    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.633923  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1202  DNA gyrase subunit A  44.41 
 
 
900 aa  761    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0901  DNA gyrase subunit A  83.05 
 
 
885 aa  1503    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.018045  normal  0.748507 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0006  DNA gyrase subunit A  51.63 
 
 
823 aa  859    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.711032  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2331  DNA gyrase, A subunit  58 
 
 
908 aa  1044    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.627723  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0960  DNA gyrase subunit A  46.67 
 
 
819 aa  760    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00632258  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1097  DNA gyrase subunit A  47.17 
 
 
922 aa  820    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.788697  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2411  DNA gyrase, A subunit  59.68 
 
 
919 aa  1068    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1745  DNA gyrase, subunit A  59.58 
 
 
928 aa  1086    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.6885  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0006  DNA gyrase subunit A  51.63 
 
 
823 aa  859    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.814718  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0006  DNA gyrase subunit A  51.63 
 
 
823 aa  859    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0006  DNA gyrase subunit A  51.63 
 
 
823 aa  858    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0435  DNA gyrase subunit A  94.82 
 
 
866 aa  1671    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.361933  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1372  DNA gyrase, subunit A, type II topoisomerase  62.22 
 
 
863 aa  1122    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1368  DNA gyrase, subunit A, type II topoisomerase  62.22 
 
 
863 aa  1121    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3647  DNA gyrase subunit A  59.15 
 
 
925 aa  1077    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1543  DNA gyrase subunit A  52.69 
 
 
930 aa  919    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.255758 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1230  DNA gyrase subunit A  72.97 
 
 
879 aa  1325    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0017603  normal  0.486018 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0007  DNA gyrase subunit A  47.17 
 
 
848 aa  762    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2578  DNA gyrase subunit A  83.37 
 
 
883 aa  1501    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0234  DNA gyrase subunit A  44.29 
 
 
898 aa  759    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2804  DNA gyrase subunit A  51.43 
 
 
949 aa  859    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.371561  hitchhiker  0.000745999 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0948  DNA gyrase subunit A  72.11 
 
 
849 aa  1285    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309422  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1801  DNA gyrase subunit A  47.75 
 
 
913 aa  812    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.303162  normal  0.145926 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4464  DNA gyrase subunit A  44.76 
 
 
872 aa  757    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.32353  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3000  DNA gyrase subunit A  94.94 
 
 
866 aa  1672    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0171  DNA gyrase, subunit A  61.7 
 
 
846 aa  1080    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.101835  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4078  DNA gyrase subunit A  60.8 
 
 
887 aa  1085    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0373422  normal  0.530642 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2630  DNA gyrase subunit A  45.45 
 
 
907 aa  777    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0005  DNA gyrase, A subunit  53.07 
 
 
835 aa  920    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.170541  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4153  DNA gyrase subunit A  98.5 
 
 
867 aa  1755    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0098  DNA gyrase, subunit A  50.76 
 
 
815 aa  846    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333525  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0088  DNA gyrase, subunit A  50.87 
 
 
828 aa  856    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0005  DNA gyrase subunit A  52.86 
 
 
857 aa  916    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000593628  normal  0.429362 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0004  DNA gyrase subunit A  48.05 
 
 
811 aa  830    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.882068  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1191  DNA gyrase, A subunit  61.57 
 
 
871 aa  1097    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0006  DNA gyrase subunit A  51.63 
 
 
823 aa  859    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2189  DNA gyrase subunit A  74.36 
 
 
893 aa  1333    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1744  DNA gyrase subunit A  49.72 
 
 
943 aa  824    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0008  DNA gyrase, A subunit  48.64 
 
 
814 aa  819    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000266151  unclonable  0.0000000153333 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1632  DNA gyrase subunit A  94.82 
 
 
866 aa  1647    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4346  DNA gyrase subunit A  50.9 
 
 
907 aa  847    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0007  DNA gyrase subunit A  45.63 
 
 
834 aa  751    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2876  DNA gyrase subunit A  48 
 
 
925 aa  820    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.987294  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1918  DNA gyrase subunit A  45.78 
 
 
908 aa  763    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0264462  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1045  DNA gyrase, A subunit  45.59 
 
 
839 aa  784    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.980476  normal  0.0656064 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0958  DNA gyrase, A subunit  44.49 
 
 
869 aa  756    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.687987  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0858  DNA gyrase subunit A  44.03 
 
 
898 aa  763    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.683478  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2494  DNA gyrase subunit A  45.57 
 
 
919 aa  766    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.257377  normal  0.164499 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1571  DNA gyrase subunit A  79.98 
 
 
880 aa  1434    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612234  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2148  DNA gyrase subunit A  62.16 
 
 
886 aa  1080    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0598325  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2584  DNA gyrase subunit A  48.36 
 
 
927 aa  809    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.216203  normal  0.308753 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1688  DNA gyrase subunit A  75.96 
 
 
864 aa  1357    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.352233  normal  0.651217 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1795  DNA gyrase subunit A  78.33 
 
 
880 aa  1431    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.979791  unclonable  0.00000642236 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0974  DNA gyrase subunit A  91.52 
 
 
882 aa  1637    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1948  DNA gyrase, A subunit  59.7 
 
 
908 aa  1069    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000559672  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0420  DNA gyrase subunit A  50.88 
 
 
830 aa  863    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.422569  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2596  DNA gyrase subunit A  47.37 
 
 
917 aa  784    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0785629 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2168  DNA gyrase subunit A  57.26 
 
 
907 aa  1053    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1764  DNA gyrase subunit A  47.52 
 
 
913 aa  806    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.314085  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1724  DNA gyrase, A subunit  52.7 
 
 
928 aa  919    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0733273  normal  0.707795 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0713  DNA gyrase subunit A  82.68 
 
 
897 aa  1503    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0387  DNA gyrase, A subunit  56.79 
 
 
847 aa  996    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4772  DNA gyrase subunit A  48.43 
 
 
865 aa  834    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.427862  decreased coverage  0.00451801 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1332  DNA gyrase subunit A  45.15 
 
 
912 aa  771    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0561  DNA gyrase subunit A  98.27 
 
 
867 aa  1755    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.3573  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0006  DNA gyrase subunit A  46.38 
 
 
852 aa  791    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2470  DNA gyrase, A subunit  59.84 
 
 
897 aa  1065    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.931023  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1400  DNA gyrase subunit A  48.24 
 
 
929 aa  824    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1682  DNA gyrase subunit A  48.35 
 
 
865 aa  829    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0007  DNA gyrase subunit A  50.35 
 
 
839 aa  860    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0007  DNA gyrase subunit A  51.51 
 
 
839 aa  860    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1163  DNA gyrase subunit A  58.29 
 
 
881 aa  1042    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00841835  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1919  DNA gyrase subunit A  60.02 
 
 
946 aa  1071    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000233211  hitchhiker  0.00000000296006 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2059  DNA gyrase subunit A  60.02 
 
 
944 aa  1071    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00127013  unclonable  0.0000452472 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0923  DNA gyrase subunit A  64.08 
 
 
862 aa  1121    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.222877  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2130  DNA gyrase, A subunit  59.7 
 
 
909 aa  1056    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.717755  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0006  DNA gyrase, A subunit  45.67 
 
 
812 aa  776    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0916  DNA gyrase subunit A  100 
 
 
867 aa  1776    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23260  DNA gyrase subunit A  59.09 
 
 
921 aa  1081    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00503917 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1216  DNA gyrase subunit A  47.05 
 
 
836 aa  766    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.504333  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0006  DNA gyrase subunit A  47 
 
 
866 aa  769    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0006  DNA gyrase, A subunit  48.07 
 
 
829 aa  813    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000708877  hitchhiker  8.0391e-18 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0006  DNA gyrase subunit A  46.6 
 
 
848 aa  785    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.889145  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1256  DNA gyrase subunit A  46.54 
 
 
817 aa  757    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1040  DNA gyrase subunit A  98.39 
 
 
867 aa  1758    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1394  DNA gyrase, A subunit  49.46 
 
 
796 aa  816    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2690  DNA gyrase, A subunit  52.76 
 
 
813 aa  890    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.163226  decreased coverage  0.000223283 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1072  DNA gyrase subunit A  53.41 
 
 
915 aa  898    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.554737 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1972  DNA gyrase subunit A  60.02 
 
 
918 aa  1073    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000455042  hitchhiker  0.000000817353 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0006  DNA gyrase subunit A  46.57 
 
 
834 aa  753    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>