More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0075 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0077  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
121 aa  237  4e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000256514 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0075  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
121 aa  237  4e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0073  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
121 aa  237  4e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0072  GntR family transcriptional regulator  98.35 
 
 
123 aa  233  5e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0072  regulatory protein GntR HTH  90.91 
 
 
123 aa  222  2e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0077  GntR family transcriptional regulator  90.91 
 
 
123 aa  222  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0074  transcriptional regulator, GntR family  90.08 
 
 
123 aa  221  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0058  regulatory protein GntR, HTH  91.74 
 
 
123 aa  220  6e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4277  regulatory protein GntR, HTH  90.08 
 
 
123 aa  219  7e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3976  transcriptional regulator, GntR family protein  74.59 
 
 
125 aa  177  4e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3574  GntR family transcriptional regulator  73.77 
 
 
123 aa  171  3e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4863  GntR family transcriptional regulator  71.31 
 
 
125 aa  169  9e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3779  GntR family transcriptional regulator  70.49 
 
 
126 aa  168  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4189  GntR family transcriptional regulator  71.54 
 
 
124 aa  166  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0069  regulatory protein GntR, HTH  71.31 
 
 
129 aa  164  3e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2620  transcriptional regulator, GntR family  41.07 
 
 
119 aa  78.2  3e-14  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0363096  normal  0.140863 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3903  GntR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
124 aa  76.3  1e-13  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000301963  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0996  transcriptional regulator, GntR family  33.61 
 
 
129 aa  75.1  3e-13  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.467589 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0160  GntR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
121 aa  74.7  4e-13  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  6.59048e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0162  regulatory protein GntR, HTH  36.52 
 
 
121 aa  74.7  4e-13  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000379114  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4298  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
139 aa  72.4  2e-12  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.4553  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3987  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
139 aa  72.4  2e-12  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.142638  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3907  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
139 aa  72.4  2e-12  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3817  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
139 aa  71.6  3e-12  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4098  transcriptional regulator, GntR family  34.45 
 
 
139 aa  71.6  3e-12  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.57441e-29 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3833  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
139 aa  72  3e-12  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4209  transcriptional regulator, GntR family  34.45 
 
 
139 aa  71.6  3e-12  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  2.40895e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4146  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
139 aa  71.6  3e-12  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1052  transcriptional regulator, GntR family  33.61 
 
 
139 aa  71.2  4e-12  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00681455 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4186  transcriptional regulator, GntR family  33.61 
 
 
139 aa  71.2  4e-12  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0817984  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3079  transcriptional regulator, GntR family  36.52 
 
 
129 aa  70.5  8e-12  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3062  transcriptional regulator, GntR family  36.52 
 
 
129 aa  70.1  9e-12  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2769  GntR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
129 aa  70.1  9e-12  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3049  GntR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
129 aa  70.1  9e-12  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2807  gluconate operon transcriptional repressor  36.52 
 
 
129 aa  70.1  9e-12  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00313262  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2835  GntR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
129 aa  70.1  9e-12  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.062788  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2609  transcriptional regulator, GntR family  31.9 
 
 
122 aa  69.7  1e-11  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4333  transcriptional regulator, GntR family  34.51 
 
 
124 aa  69.3  2e-11  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  6.8149e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4353  transcriptional regulator, GntR family  34.51 
 
 
124 aa  68.9  2e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  2.50168e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1272  GntR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
132 aa  68.2  3e-11  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2647  GntR family transcriptional regulator  37.82 
 
 
115 aa  68.6  3e-11  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0423424  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3966  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
124 aa  68.2  4e-11  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  9.36551e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3223  regulatory protein GntR HTH  33.9 
 
 
115 aa  68.2  4e-11  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4126  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
124 aa  68.2  4e-11  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  9.92152e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4445  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
124 aa  68.2  4e-11  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  2.30512e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2775  regulatory protein GntR HTH  37.38 
 
 
139 aa  68.2  4e-11  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.233655  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3976  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
124 aa  68.2  4e-11  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  3.10644e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4077  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
124 aa  67.8  5e-11  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  5.84944e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4242  transcriptional regulator, GntR family  33.63 
 
 
124 aa  67.8  5e-11  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4299  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
124 aa  67.8  5e-11  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  6.06617e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000965  transcriptional regulator GntR family  34.82 
 
 
123 aa  66.6  9e-11  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  40.24 
 
 
252 aa  66.6  1e-10  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2910  regulatory protein GntR HTH  32.74 
 
 
124 aa  66.2  1e-10  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  3.02631e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4731  transcriptional regulator, GntR family  33.63 
 
 
122 aa  66.6  1e-10  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1388  transcriptional regulator, GntR family  36.21 
 
 
117 aa  66.6  1e-10  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.14957 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1173  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
113 aa  66.6  1e-10  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.497772  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0823  transcriptional regulator, GntR family  33.94 
 
 
113 aa  66.6  1e-10  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.609388  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1332  GntR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
127 aa  66.2  1e-10  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03060  predicted transcriptional regulator  31.67 
 
 
126 aa  65.1  3e-10  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1359  transcriptional regulator, GntR family  30.16 
 
 
123 aa  65.1  3e-10  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.131607  normal  0.428483 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1382  GntR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
125 aa  65.1  3e-10  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00127899  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2248  transcriptional regulator, GntR family  32.48 
 
 
128 aa  64.7  4e-10  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07005  hypothetical protein  35.78 
 
 
166 aa  64.7  4e-10  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0118  transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 
129 aa  64.7  4e-10  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  8.89333e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1337  transcriptional regulator, GntR family  33.93 
 
 
131 aa  64.7  5e-10  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0791  putative transcriptional regulator  31.2 
 
 
124 aa  64.3  6e-10  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1133  regulatory protein GntR, HTH  31.86 
 
 
122 aa  63.9  8e-10  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24450  transcriptional regulator, GntR family  35.34 
 
 
117 aa  63.5  8e-10  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.498075 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2475  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  40.96 
 
 
255 aa  63.5  8e-10  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.505105  normal  0.226466 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2461  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
125 aa  63.5  9e-10  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0449  GntR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
119 aa  63.2  1e-09  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2000  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
118 aa  63.2  1e-09  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2285  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
118 aa  62.8  1e-09  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3464  GntR family transcriptional regulator  34.19 
 
 
126 aa  63.2  1e-09  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  1.42721e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0222  transcriptional regulator, GntR family  30.97 
 
 
127 aa  63.2  1e-09  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.672326  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2275  transcriptional regulator, GntR family  34.82 
 
 
126 aa  62.8  2e-09  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00673812  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2244  GntR family transcriptional regulator  26.96 
 
 
130 aa  62  2e-09  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0732  transcriptional regulator, GntR family  30.7 
 
 
138 aa  62.8  2e-09  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0138087  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  35.58 
 
 
247 aa  62.4  2e-09  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3544  GntR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
256 aa  62  3e-09  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0335375  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0188  transcriptional regulator, GntR family  35.09 
 
 
120 aa  61.6  4e-09  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.428204  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0413  transcriptional regulator, GntR family  36.13 
 
 
120 aa  61.2  4e-09  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.126119  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1549  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
124 aa  61.2  5e-09  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.478849  decreased coverage  5.8181e-06 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0366  transcriptional regulator, GntR family  28.07 
 
 
128 aa  61.2  5e-09  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0389778  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1077  regulatory protein GntR HTH  36.19 
 
 
126 aa  61.2  5e-09  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03590  transcriptional regulator, GntR family  33.05 
 
 
116 aa  60.8  5e-09  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.325087  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0185  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
122 aa  60.5  7e-09  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0676  transcriptional regulator, GntR family  32.11 
 
 
119 aa  60.1  9e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2645  transcriptional regulator, GntR family  33.96 
 
 
125 aa  59.7  1e-08  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3525  GntR family transcriptional regulator  45.9 
 
 
120 aa  59.7  1e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  38.67 
 
 
248 aa  58.9  2e-08  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0653  transcriptional regulator, GntR family  31.15 
 
 
128 aa  59.3  2e-08  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.90305  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1108  transcriptional regulator  35.71 
 
 
122 aa  58.9  2e-08  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0952489  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1206  GntR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
119 aa  59.3  2e-08  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0894307 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1175  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 
124 aa  58.9  2e-08  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0796897  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1390  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
129 aa  58.9  2e-08  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  6.97536e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1514  transcriptional regulator, GntR family  34.21 
 
 
126 aa  58.2  3e-08  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2889  transcriptional regulator, GntR family  30.28 
 
 
123 aa  58.5  3e-08  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39240  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 
123 aa  58.9  3e-08  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1271  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
126 aa  58.2  3e-08  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>