More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0069 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_0069  regulatory protein GntR, HTH  100 
 
 
129 aa  258  2e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3779  GntR family transcriptional regulator  69.35 
 
 
126 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4863  GntR family transcriptional regulator  68.29 
 
 
125 aa  170  5e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0058  regulatory protein GntR, HTH  71.54 
 
 
123 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4189  GntR family transcriptional regulator  68.55 
 
 
124 aa  169  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0072  GntR family transcriptional regulator  71.54 
 
 
123 aa  167  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3976  transcriptional regulator, GntR family protein  66.94 
 
 
125 aa  166  9e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0072  regulatory protein GntR HTH  67.48 
 
 
123 aa  165  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0077  GntR family transcriptional regulator  67.48 
 
 
123 aa  165  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0074  transcriptional regulator, GntR family  66.67 
 
 
123 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0075  GntR family transcriptional regulator  71.31 
 
 
121 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0073  GntR family transcriptional regulator  71.31 
 
 
121 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0077  GntR family transcriptional regulator  71.31 
 
 
121 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000256514 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4277  regulatory protein GntR, HTH  66.67 
 
 
123 aa  163  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3574  GntR family transcriptional regulator  65.85 
 
 
123 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0996  transcriptional regulator, GntR family  34.78 
 
 
129 aa  73.9  0.0000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.467589 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2620  transcriptional regulator, GntR family  36.04 
 
 
119 aa  72  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0363096  normal  0.140863 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2775  regulatory protein GntR HTH  34.96 
 
 
139 aa  68.6  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.233655  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0162  regulatory protein GntR, HTH  35.34 
 
 
121 aa  67.4  0.00000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000379114  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0160  GntR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
121 aa  67.4  0.00000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000659048  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4077  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
124 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000584944  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4299  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
124 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000606617  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4126  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
124 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000992152  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3966  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
124 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000936551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3976  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000310644  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4242  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 
124 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4445  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 
124 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000230512  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0631  transcriptional regulator, GntR family  35.2 
 
 
121 aa  66.2  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3907  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
139 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3987  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
139 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.142638  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4298  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
139 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.4553  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4186  transcriptional regulator, GntR family  30.89 
 
 
139 aa  63.9  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0817984  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1052  transcriptional regulator, GntR family  30.89 
 
 
139 aa  63.9  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00681455 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4353  transcriptional regulator, GntR family  29.17 
 
 
124 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000250168  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3833  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
139 aa  63.9  0.0000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4333  transcriptional regulator, GntR family  29.17 
 
 
124 aa  63.5  0.0000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000068149  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4146  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
139 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4098  transcriptional regulator, GntR family  30.89 
 
 
139 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.57441e-29 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3817  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
139 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4209  transcriptional regulator, GntR family  30.89 
 
 
139 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000240895  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1271  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
126 aa  63.2  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1243  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
126 aa  63.2  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.151316  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1245  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
126 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1373  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
126 aa  63.2  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1445  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 
126 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000575051 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3936  transcriptional regulator, GntR family  33.61 
 
 
126 aa  62.8  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.105249 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1514  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 
126 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2910  regulatory protein GntR HTH  27.64 
 
 
124 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1407  transcriptional regulator, GntR family  32.77 
 
 
126 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.378384  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2645  transcriptional regulator, GntR family  32.2 
 
 
125 aa  62.8  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1272  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
132 aa  62.8  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  43.84 
 
 
247 aa  62  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1472  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
126 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03060  predicted transcriptional regulator  33.06 
 
 
126 aa  61.6  0.000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3903  GntR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
124 aa  61.6  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000301963  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0732  transcriptional regulator, GntR family  35.53 
 
 
138 aa  62  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0138087  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0449  GntR family transcriptional regulator  34.82 
 
 
119 aa  60.8  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2689  GntR family transcriptional regulator  38.55 
 
 
498 aa  60.8  0.000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00169618  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0823  transcriptional regulator, GntR family  28.97 
 
 
113 aa  60.1  0.000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.609388  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  38.27 
 
 
252 aa  60.1  0.000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1173  GntR family transcriptional regulator  28.97 
 
 
113 aa  60.1  0.000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.497772  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000965  transcriptional regulator GntR family  33.61 
 
 
123 aa  60.1  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
248 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3525  GntR family transcriptional regulator  45.31 
 
 
120 aa  58.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2455  transcriptional regulator, GntR family  29.57 
 
 
128 aa  59.3  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07005  hypothetical protein  32.43 
 
 
166 aa  59.3  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2275  transcriptional regulator, GntR family  28.23 
 
 
126 aa  58.5  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00673812  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2835  GntR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
129 aa  58.5  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.062788  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2807  gluconate operon transcriptional repressor  30.71 
 
 
129 aa  58.5  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00313262  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2769  GntR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
129 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3049  GntR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
129 aa  58.5  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1133  regulatory protein GntR, HTH  30.17 
 
 
122 aa  58.5  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2599  transcriptional regulator, GntR family  36.9 
 
 
133 aa  58.5  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.10292  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3079  transcriptional regulator, GntR family  30.71 
 
 
129 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3062  transcriptional regulator, GntR family  30.71 
 
 
129 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1278  GntR family transcriptional regulator  30.83 
 
 
126 aa  58.9  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0107112  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04760  predicted transcriptional regulator  32.11 
 
 
130 aa  57.8  0.00000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0506039  normal  0.467802 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0185  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
122 aa  57.8  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2407  transcriptional regulator, GntR family  31.62 
 
 
159 aa  57.8  0.00000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00608999  normal  0.35427 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2244  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 
130 aa  57.8  0.00000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2609  transcriptional regulator, GntR family  26.72 
 
 
122 aa  57.8  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1382  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
125 aa  57.8  0.00000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00127899  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
243 aa  57.8  0.00000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
243 aa  57.8  0.00000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
243 aa  57.8  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
243 aa  57.8  0.00000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2647  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
115 aa  57.4  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0423424  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
496 aa  57.4  0.00000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
243 aa  57.4  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2248  transcriptional regulator, GntR family  27.83 
 
 
128 aa  57.4  0.00000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3243  regulatory protein GntR, HTH  28.45 
 
 
126 aa  57  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0898  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 
321 aa  57  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.329812  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3111  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000165856 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1388  transcriptional regulator, GntR family  34.78 
 
 
117 aa  56.2  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.14957 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0791  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 
124 aa  56.6  0.0000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1549  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
124 aa  56.6  0.0000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.478849  decreased coverage  0.0000058181 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2650  transcriptional regulator, putative  29.57 
 
 
121 aa  55.8  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1991  regulatory protein GntR, HTH  29.66 
 
 
126 aa  55.8  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2387  transcriptional regulator, GntR family  32.28 
 
 
133 aa  56.2  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.136165 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1332  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
127 aa  55.5  0.0000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>