More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3779 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3779  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 126 aa  248  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4863  GntR family transcriptional regulator  69.11 
 
 		 125 aa  178  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4189  GntR family transcriptional regulator  70.16 
 
 		 124 aa  178  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3976  transcriptional regulator, GntR family protein  65.32 
 
 		 125 aa  174  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0069  regulatory protein GntR, HTH  69.35 
 
 		 129 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0058  regulatory protein GntR, HTH  69.92 
 
 		 123 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3574  GntR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 123 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0072  GntR family transcriptional regulator  70.73 
 
 		 123 aa  169  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0077  GntR family transcriptional regulator  69.11 
 
 		 123 aa  169  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0072  regulatory protein GntR HTH  69.11 
 
 		 123 aa  169  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0074  transcriptional regulator, GntR family  68.29 
 
 		 123 aa  168  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0075  GntR family transcriptional regulator  70.49 
 
 		 121 aa  168  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0073  GntR family transcriptional regulator  70.49 
 
 		 121 aa  168  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0077  GntR family transcriptional regulator  70.49 
 
 		 121 aa  168  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000256514 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4277  regulatory protein GntR, HTH  68.29 
 
 		 123 aa  167  5e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2620  transcriptional regulator, GntR family  36.94 
 
 		 119 aa  80.9  0.000000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0363096  normal  0.140863 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0732  transcriptional regulator, GntR family  30.25 
 
 		 138 aa  75.9  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0138087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0996  transcriptional regulator, GntR family  34.78 
 
 		 129 aa  75.9  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.467589 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2910  regulatory protein GntR HTH  33.05 
 
 		 124 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3223  regulatory protein GntR HTH  32.77 
 
 		 115 aa  72  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4353  transcriptional regulator, GntR family  31.36 
 
 		 124 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000250168  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  40.24 
 
 		 252 aa  70.1  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03060  predicted transcriptional regulator  31.97 
 
 		 126 aa  68.9  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4333  transcriptional regulator, GntR family  31.36 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000068149  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1175  GntR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 124 aa  68.2  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0796897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4242  transcriptional regulator, GntR family  30.51 
 
 		 124 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4299  GntR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 124 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000606617  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4126  GntR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 124 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000992152  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3966  GntR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 124 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000936551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3976  GntR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 124 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000310644  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4445  GntR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 124 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000230512  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07005  hypothetical protein  36.89 
 
 		 166 aa  68.2  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4077  GntR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 124 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000584944  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2609  transcriptional regulator, GntR family  28.1 
 
 		 122 aa  68.2  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0160  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 121 aa  67.8  0.00000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000659048  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3987  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 139 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.142638  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0162  regulatory protein GntR, HTH  31.09 
 
 		 121 aa  67.8  0.00000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000379114  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4298  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 139 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.4553  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1278  GntR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 126 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0107112  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3907  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 139 aa  67  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4209  transcriptional regulator, GntR family  31.4 
 
 		 139 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000240895  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1445  transcriptional regulator, GntR family  31.15 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000575051 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4146  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 139 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1271  GntR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1243  GntR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.151316  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3817  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 139 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1245  GntR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3833  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 139 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1373  GntR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4098  transcriptional regulator, GntR family  31.4 
 
 		 139 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.57441e-29 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2275  transcriptional regulator, GntR family  31.5 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00673812  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1514  transcriptional regulator, GntR family  31.15 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1472  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2775  regulatory protein GntR HTH  34.45 
 
 		 139 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.233655  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1052  transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00681455 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3936  transcriptional regulator, GntR family  33.63 
 
 		 126 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.105249 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4186  transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0817984  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3079  transcriptional regulator, GntR family  29.75 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1407  transcriptional regulator, GntR family  31.15 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.378384  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3062  transcriptional regulator, GntR family  29.75 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2835  GntR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.062788  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2807  gluconate operon transcriptional repressor  29.75 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00313262  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2769  GntR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3049  GntR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 129 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2461  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 		 125 aa  65.1  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1991  regulatory protein GntR, HTH  33.05 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2024  regulatory protein GntR HTH  33.05 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1272  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 132 aa  64.7  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04760  predicted transcriptional regulator  34.23 
 
 		 130 aa  64.3  0.0000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0506039  normal  0.467802 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1173  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 113 aa  64.3  0.0000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.497772  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0823  transcriptional regulator, GntR family  32.71 
 
 		 113 aa  64.3  0.0000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.609388  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000965  transcriptional regulator GntR family  33.64 
 
 		 123 aa  63.9  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2376  transcriptional regulator, GntR family  28.46 
 
 		 131 aa  63.5  0.0000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.2044  normal  0.545557 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0791  putative transcriptional regulator  28.12 
 
 		 124 aa  63.5  0.0000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1388  transcriptional regulator, GntR family  31.15 
 
 		 117 aa  63.2  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14957 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  48.48 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1478  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 125 aa  62.4  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0392506  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1077  regulatory protein GntR HTH  30.97 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0631  transcriptional regulator, GntR family  33.04 
 
 		 121 aa  62  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2199  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 304 aa  62.4  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.958543 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1515  regulatory protein GntR, HTH  31.62 
 
 		 120 aa  62.4  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2244  GntR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1108  transcriptional regulator  35.78 
 
 		 122 aa  61.6  0.000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0952489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0073  GntR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 127 aa  61.2  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.138424  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3525  GntR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 120 aa  60.8  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3903  GntR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 124 aa  61.2  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000301963  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1332  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 127 aa  60.8  0.000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2248  transcriptional regulator, GntR family  31.43 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1382  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 125 aa  60.5  0.000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00127899  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2599  transcriptional regulator, GntR family  31.73 
 
 		 133 aa  60.5  0.000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.10292  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0185  GntR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 122 aa  60.1  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03590  transcriptional regulator, GntR family  31.97 
 
 		 116 aa  60.5  0.000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.325087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24450  transcriptional regulator, GntR family  31.4 
 
 		 117 aa  59.7  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.498075 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1604  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  43.42 
 
 		 494 aa  59.7  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.172343 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2285  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 118 aa  59.7  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2000  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 118 aa  60.1  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 248 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3243  regulatory protein GntR, HTH  31.13 
 
 		 126 aa  58.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0898  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.329812  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1133  regulatory protein GntR, HTH  28.95 
 
 		 122 aa  59.3  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>