More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0072 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0072  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 123 aa  241  3e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0075  GntR family transcriptional regulator  98.35 
 
 		 121 aa  233  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0073  GntR family transcriptional regulator  98.35 
 
 		 121 aa  233  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0077  GntR family transcriptional regulator  98.35 
 
 		 121 aa  233  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000256514 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0077  GntR family transcriptional regulator  90.16 
 
 		 123 aa  223  6e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0072  regulatory protein GntR HTH  90.16 
 
 		 123 aa  223  6e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0074  transcriptional regulator, GntR family  89.34 
 
 		 123 aa  223  9e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0058  regulatory protein GntR, HTH  90.98 
 
 		 123 aa  221  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4277  regulatory protein GntR, HTH  89.34 
 
 		 123 aa  221  3e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3976  transcriptional regulator, GntR family protein  73.77 
 
 		 125 aa  176  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3574  GntR family transcriptional regulator  73.98 
 
 		 123 aa  173  8e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4863  GntR family transcriptional regulator  70.16 
 
 		 125 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3779  GntR family transcriptional regulator  70.73 
 
 		 126 aa  169  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0069  regulatory protein GntR, HTH  71.54 
 
 		 129 aa  167  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4189  GntR family transcriptional regulator  70.97 
 
 		 124 aa  166  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2620  transcriptional regulator, GntR family  40.18 
 
 		 119 aa  77  0.00000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0363096  normal  0.140863 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0996  transcriptional regulator, GntR family  32.81 
 
 		 129 aa  74.7  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.467589 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3903  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 124 aa  73.9  0.0000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000301963  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0160  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 121 aa  72.8  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000659048  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3987  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 139 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.142638  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0162  regulatory protein GntR, HTH  34.45 
 
 		 121 aa  72.8  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000379114  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3907  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 139 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4298  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 139 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.4553  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4146  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3817  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3833  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4209  transcriptional regulator, GntR family  34.17 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000240895  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4098  transcriptional regulator, GntR family  34.17 
 
 		 139 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.57441e-29 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1052  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 139 aa  72  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00681455 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4186  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 139 aa  72  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0817984  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4353  transcriptional regulator, GntR family  34.51 
 
 		 124 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000250168  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4333  transcriptional regulator, GntR family  34.51 
 
 		 124 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000068149  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4299  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000606617  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2835  GntR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.062788  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4126  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000992152  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2807  gluconate operon transcriptional repressor  36.52 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00313262  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3966  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000936551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2769  GntR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3976  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000310644  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3049  GntR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4445  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000230512  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3062  transcriptional regulator, GntR family  36.52 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4242  transcriptional regulator, GntR family  33.63 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4077  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000584944  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3079  transcriptional regulator, GntR family  36.52 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2775  regulatory protein GntR HTH  34.17 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.233655  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2647  GntR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 115 aa  68.2  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0423424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3223  regulatory protein GntR HTH  33.9 
 
 		 115 aa  67.8  0.00000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1272  GntR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 132 aa  67.8  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2609  transcriptional regulator, GntR family  29.75 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1388  transcriptional regulator, GntR family  36.21 
 
 		 117 aa  67.4  0.00000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14957 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2910  regulatory protein GntR HTH  32.74 
 
 		 124 aa  67.4  0.00000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  40.24 
 
 		 252 aa  67  0.00000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0118  transcriptional regulator, GntR family  33.6 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000000000889333  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4731  transcriptional regulator, GntR family  33.63 
 
 		 122 aa  66.6  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0791  putative transcriptional regulator  31.75 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2285  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2000  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1382  GntR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 125 aa  65.9  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00127899  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03060  predicted transcriptional regulator  31.67 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1173  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 113 aa  64.3  0.0000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.497772  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000965  transcriptional regulator GntR family  33.93 
 
 		 123 aa  63.9  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0823  transcriptional regulator, GntR family  33.03 
 
 		 113 aa  64.3  0.0000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.609388  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2461  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 125 aa  63.9  0.0000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2475  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  40.96 
 
 		 255 aa  63.5  0.0000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.505105  normal  0.226466 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1332  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 127 aa  63.2  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24450  transcriptional regulator, GntR family  34.48 
 
 		 117 aa  63.2  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.498075 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1133  regulatory protein GntR, HTH  31.86 
 
 		 122 aa  62.8  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03590  transcriptional regulator, GntR family  33.61 
 
 		 116 aa  62.8  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.325087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2275  transcriptional regulator, GntR family  34.82 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00673812  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0732  transcriptional regulator, GntR family  30.7 
 
 		 138 aa  63.2  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0138087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  43.24 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0676  transcriptional regulator, GntR family  32.46 
 
 		 119 aa  62.4  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2248  transcriptional regulator, GntR family  31.62 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07005  hypothetical protein  34.86 
 
 		 166 aa  62  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1337  transcriptional regulator, GntR family  32.46 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1077  regulatory protein GntR HTH  36.19 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2645  transcriptional regulator, GntR family  34.55 
 
 		 125 aa  60.8  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1549  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 124 aa  61.2  0.000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.478849  decreased coverage  0.0000058181 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1359  transcriptional regulator, GntR family  28.35 
 
 		 123 aa  60.8  0.000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.131607  normal  0.428483 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2244  GntR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 130 aa  60.8  0.000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3544  GntR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 256 aa  60.5  0.000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0335375  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0449  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 119 aa  60.5  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0366  transcriptional regulator, GntR family  28.07 
 
 		 128 aa  60.1  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0389778  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1206  GntR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 119 aa  60.1  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0894307 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2199  GntR family transcriptional regulator  37 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.958543 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3464  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000142721  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3936  transcriptional regulator, GntR family  37.61 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.105249 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1445  transcriptional regulator, GntR family  34.75 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000575051 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 233 aa  59.3  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1243  GntR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.151316  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1245  GntR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1514  transcriptional regulator, GntR family  34.75 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0222  transcriptional regulator, GntR family  29.2 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.672326  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1373  GntR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1175  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 124 aa  58.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0796897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0631  transcriptional regulator, GntR family  33.04 
 
 		 121 aa  58.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0653  transcriptional regulator, GntR family  31.15 
 
 		 128 aa  58.9  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.90305  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1108  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 122 aa  58.9  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0952489  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>