More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3294 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3294  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  100 
 
 		 224 aa  462  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0118223  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0616  two component transcriptional regulator  87.84 
 
 		 224 aa  413  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0199047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3414  two component transcriptional regulator  87.84 
 
 		 224 aa  413  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00145574  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0615  two component transcriptional regulator  87.84 
 
 		 224 aa  412  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0124209  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0622  DNA-binding response regulator  86.94 
 
 		 224 aa  409  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3692  two component transcriptional regulator, winged helix family  86.61 
 
 		 224 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0674602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0650  two component transcriptional regulator  85.71 
 
 		 224 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000493918  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3875  two component transcriptional regulator  86.61 
 
 		 224 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000900168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3749  two component transcriptional regulator  86.61 
 
 		 224 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.545663  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0576  two component transcriptional regulator  86.61 
 
 		 224 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00494054  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3875  two component transcriptional regulator  83.93 
 
 		 224 aa  395  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000754116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0660  two component transcriptional regulator  83.48 
 
 		 224 aa  392  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000259813  hitchhiker  0.0000270487 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3511  two component transcriptional regulator  83.48 
 
 		 224 aa  392  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699106  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3006  response regulator receiver protein  83.33 
 
 		 224 aa  389  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0583  two component transcriptional regulator  83.78 
 
 		 224 aa  390  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0841609  normal  0.467543 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1995  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 222 aa  225  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4487  DNA-binding response regulator  50.46 
 
 		 220 aa  223  2e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0312  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 		 221 aa  223  2e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0357  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 219 aa  223  3e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0242  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 219 aa  222  3e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0239  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 219 aa  222  3e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0245  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 219 aa  222  4e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117592 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0239  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 219 aa  222  4e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0240  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 220 aa  221  6e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000039366 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3781  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 220 aa  221  6e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0241  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 220 aa  221  9e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000169962 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  49.32 
 
 		 222 aa  219  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2347  winged helix family two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 222 aa  218  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302018 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.87 
 
 		 222 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3349  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 222 aa  218  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 222 aa  218  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1787  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 222 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.132601  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0124  two component transcriptional regulator  48.2 
 
 		 221 aa  217  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28580  Response regulator  50 
 
 		 221 aa  216  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29730  putative two-component response regulator  49.1 
 
 		 223 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1354  two comoponent transcriptional regulator  48.86 
 
 		 219 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.12417  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2543  putative two-component response regulator  49.1 
 
 		 223 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0177943  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3772  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 		 222 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.701851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.3 
 
 		 220 aa  202  3e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3060  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 223 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 221 aa  198  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1913  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.06 
 
 		 221 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0004  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 223 aa  192  2e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000117037  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  42.08 
 
 		 224 aa  191  6e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  44.04 
 
 		 225 aa  191  9e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  45.62 
 
 		 223 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  43.84 
 
 		 227 aa  189  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  43.32 
 
 		 220 aa  190  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  45.16 
 
 		 224 aa  188  5e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.62 
 
 		 223 aa  188  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 224 aa  188  5.999999999999999e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  42.47 
 
 		 225 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.47 
 
 		 225 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.47 
 
 		 225 aa  187  8e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.38 
 
 		 225 aa  187  9e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  42.92 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  43.32 
 
 		 225 aa  187  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  45.16 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  41.89 
 
 		 222 aa  186  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.7 
 
 		 223 aa  185  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 221 aa  185  5e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 221 aa  184  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 230 aa  184  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  43.78 
 
 		 229 aa  185  6e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 224 aa  184  8e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  43.78 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 221 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 224 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  42.4 
 
 		 221 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5573  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 221 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.106335 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.37 
 
 		 221 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  42.01 
 
 		 223 aa  182  3e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  44.24 
 
 		 221 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  42.47 
 
 		 257 aa  181  7e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0630  two component transcriptional regulator  42.4 
 
 		 223 aa  181  7e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000549408  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  41.01 
 
 		 225 aa  180  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.84 
 
 		 236 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  45.16 
 
 		 226 aa  178  7e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  40.55 
 
 		 229 aa  178  7e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1885  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 221 aa  177  9e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  42.08 
 
 		 226 aa  176  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4239  two component transcriptional regulator  41.47 
 
 		 220 aa  176  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0202421  normal  0.361244 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.83 
 
 		 222 aa  175  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  42.4 
 
 		 220 aa  176  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.5 
 
 		 227 aa  175  6e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  41.94 
 
 		 222 aa  174  7e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 224 aa  174  9e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 221 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2440  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0936231  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0392  DNA-binding transcriptional regulator BasR  42.01 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  40 
 
 		 221 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  43.5 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2596  two component transcriptional regulator  41.94 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.606495  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0928  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 		 223 aa  172  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1039  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.01 
 
 		 222 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2976  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 225 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.176642 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  40.81 
 
 		 225 aa  171  6.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  42.08 
 
 		 227 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4083  two component transcriptional regulator  43.32 
 
 		 223 aa  171  9e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.193454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>