274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0215 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02262  predicted outer membrane export usher protein  57.09 
 
 		 881 aa  1079    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0252  fimbrial usher protein  44.11 
 
 		 826 aa  725    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00772695  hitchhiker  0.00000864074 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0825  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.96 
 
 		 845 aa  661    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4146  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  51.53 
 
 		 846 aa  917    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3270  fimbrial usher protein  53.66 
 
 		 881 aa  989    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.142463  normal  0.0139544 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0232  fimbrial usher protein  99.44 
 
 		 885 aa  1811    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3089  fimbrial usher protein  54.37 
 
 		 881 aa  989    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3480  fimbrial usher protein  58.36 
 
 		 860 aa  1081    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02223  hypothetical protein  58 
 
 		 579 aa  729    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0695  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.99 
 
 		 826 aa  723    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4723  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  52.21 
 
 		 844 aa  937    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.66956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2489  fimbrial usher family protein  57.11 
 
 		 880 aa  1086    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2717  fimbrial usher family protein  57.11 
 
 		 880 aa  1086    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.405081  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0215  fimbrial usher protein  100 
 
 		 885 aa  1822    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00519356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4673  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.36 
 
 		 828 aa  713    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2632  fimbrial usher family protein  56.75 
 
 		 881 aa  1077    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0233  fimbrial usher protein  99.1 
 
 		 885 aa  1807    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.516859  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0217  fimbrial usher protein  99.55 
 
 		 885 aa  1813    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0273463  normal  0.609825 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0403  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  50.9 
 
 		 835 aa  876    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3172  fimbrial usher protein  54 
 
 		 881 aa  993    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.287175  normal  0.39987 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3153  fimbrial usher protein  54.6 
 
 		 881 aa  992    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.804519  normal  0.112503 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2496  fimbrial usher protein  57.71 
 
 		 882 aa  1097    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.111704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0614  fimbrial usher protein  44.58 
 
 		 826 aa  736    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1315  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  57.16 
 
 		 881 aa  1085    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4106  fimbrial usher protein  38.76 
 
 		 830 aa  589  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.71 
 
 		 832 aa  587  1e-166  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3247  fimbrial usher protein  37.37 
 
 		 829 aa  546  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.239063  normal  0.0404863 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3184  fimbrial usher protein  37.25 
 
 		 829 aa  542  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3261  fimbrial usher protein  37.25 
 
 		 829 aa  543  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.313341 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3363  fimbrial usher protein  37.25 
 
 		 829 aa  542  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0678454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3198  fimbrial usher protein  37.37 
 
 		 829 aa  545  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0653  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.25 
 
 		 832 aa  534  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.802851 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3222  fimbrial usher protein  36.25 
 
 		 833 aa  533  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000448746  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3509  fimbrial usher protein  36.48 
 
 		 834 aa  531  1e-149  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00630946  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02916  predicted outer membrane usher protein  36.32 
 
 		 822 aa  521  1e-146  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0654  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.32 
 
 		 821 aa  520  1e-146  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02866  hypothetical protein  36.32 
 
 		 812 aa  521  1e-146  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.419634  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0808  fimbrial usher protein  36.28 
 
 		 816 aa  521  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.404851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0766  fimbrial usher family protein  36.82 
 
 		 833 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0744  fimbrial usher family protein  36.82 
 
 		 833 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2937  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.82 
 
 		 819 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00678  predicted outer membrane protein  36.84 
 
 		 816 aa  514  1e-144  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0635  fimbrial usher family protein  36.82 
 
 		 833 aa  513  1e-144  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2918  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.09 
 
 		 818 aa  504  1e-141  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.528881  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4772  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.37 
 
 		 828 aa  501  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.460753 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00667  hypothetical protein  37.03 
 
 		 792 aa  500  1e-140  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1147  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.4 
 
 		 828 aa  498  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1627  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.4 
 
 		 828 aa  498  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1602  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.4 
 
 		 828 aa  498  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.334862 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1611  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.11 
 
 		 829 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0173282 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1547  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.12 
 
 		 817 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.160729  normal  0.526328 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1524  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.04 
 
 		 828 aa  489  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2061  MrfC  33.97 
 
 		 813 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.230274  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1654  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.97 
 
 		 813 aa  463  1e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1897  fimbrial usher protein  33.85 
 
 		 813 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.377011  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1910  fimbrial usher protein  33.85 
 
 		 813 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04794  porin PapC  30.91 
 
 		 820 aa  368  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02222  hypothetical protein  55.07 
 
 		 298 aa  348  3e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  28.56 
 
 		 863 aa  305  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.67 
 
 		 878 aa  304  5.000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  28.67 
 
 		 878 aa  304  6.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  28.67 
 
 		 878 aa  304  6.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  28.67 
 
 		 878 aa  301  3e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1271  outer membrane usher protein SfmD  29.91 
 
 		 851 aa  300  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.396185 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.17 
 
 		 877 aa  296  1e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0025  outer membrane usher protein FimD  29.52 
 
 		 888 aa  293  9e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0588197  normal  0.0296149 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  28.87 
 
 		 856 aa  293  9e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0024  outer membrane usher protein FimD  29.4 
 
 		 873 aa  293  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.267854  normal  0.163844 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0026  outer membrane usher protein FimD  29.4 
 
 		 888 aa  293  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0025  outer membrane usher protein FimD  29.4 
 
 		 888 aa  293  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.028823  normal  0.118886 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  29.51 
 
 		 870 aa  289  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28 
 
 		 833 aa  289  2e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  28.36 
 
 		 871 aa  289  2e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0026  outer membrane usher protein FimD  29.16 
 
 		 888 aa  288  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0792355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  29.51 
 
 		 870 aa  286  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.26 
 
 		 840 aa  286  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  28.75 
 
 		 870 aa  285  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.67 
 
 		 876 aa  284  5.000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  28.91 
 
 		 870 aa  284  6.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  29.39 
 
 		 870 aa  283  7.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  29.6 
 
 		 869 aa  283  1e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00487  hypothetical protein  29.6 
 
 		 869 aa  283  1e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  29.6 
 
 		 869 aa  283  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3081  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.64 
 
 		 867 aa  281  3e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  28.97 
 
 		 839 aa  281  3e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  29.6 
 
 		 869 aa  281  3e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  28.86 
 
 		 833 aa  281  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  29.79 
 
 		 809 aa  280  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3090  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.49 
 
 		 869 aa  280  1e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.832581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  29.74 
 
 		 809 aa  279  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  29.74 
 
 		 809 aa  279  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  29.74 
 
 		 809 aa  279  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1499  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.82 
 
 		 832 aa  279  2e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  28.3 
 
 		 840 aa  278  3e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  28.74 
 
 		 850 aa  277  7e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0607  outer membrane usher protein fimD  29.25 
 
 		 869 aa  276  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0594926  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  28.23 
 
 		 833 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  29.5 
 
 		 809 aa  276  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0207  putative outer membrane usher protein  29.15 
 
 		 888 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  28.62 
 
 		 833 aa  275  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>