More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0590 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0590  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  100 
 
 		 336 aa  693    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1117  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, subunit beta  62.07 
 
 		 341 aa  401  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000129584  normal  0.764642 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0417  cysteine synthase A protein  60.13 
 
 		 338 aa  380  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0440499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0103  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  54.43 
 
 		 326 aa  368  1e-101  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000135752  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0107  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.43 
 
 		 326 aa  368  1e-101  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000822794  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6948  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.48 
 
 		 333 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1863  cysteine synthase  44.66 
 
 		 340 aa  275  7e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11413  putative cysteine synthase  42.44 
 
 		 325 aa  264  2e-69  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.63655  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3877  Cysteine synthase  44.37 
 
 		 338 aa  236  4e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00690211  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0366  cysteine synthase  42.67 
 
 		 340 aa  230  2e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0500011 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4292  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.05 
 
 		 364 aa  228  8e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.713465  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1207  cysteine synthase  39.43 
 
 		 322 aa  222  7e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.243759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2745  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit:ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  36.45 
 
 		 685 aa  218  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.278132  normal  0.0380808 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1884  Cysteine synthase  39.74 
 
 		 333 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2960  pyridoxal-phosphate dependent enzyme family/ornithine cyclodeaminase family protein  38.35 
 
 		 707 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.76325  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3071  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.4 
 
 		 363 aa  205  7e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.178624  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1672  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.75 
 
 		 330 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0203  cysteine synthase  37.34 
 
 		 372 aa  199  6e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000292068  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0170  cysteine synthase family protein  35.79 
 
 		 302 aa  192  8e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5010  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.8 
 
 		 325 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.278031  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1560  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  37.75 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.180171  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1804  cysteine synthase A  35.94 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0339  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.92 
 
 		 330 aa  188  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.793635 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5856  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.84 
 
 		 368 aa  186  5e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.977841  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00130  cystathionine beta-synthase  33.33 
 
 		 326 aa  186  7e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0276  cysteine synthase A  35.42 
 
 		 324 aa  185  9e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.146971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1534  cysteine synthase A  34.36 
 
 		 325 aa  185  9e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3846  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.56 
 
 		 459 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.692652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1829  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.62 
 
 		 333 aa  184  1.0000000000000001e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0936757  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5839  cysteine synthase A  35 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5286  cystathionine beta-synthase  35.03 
 
 		 459 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.153908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3846  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  35.13 
 
 		 459 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4653  cysteine synthase  35.43 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.518003  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2830  cystathionine beta-synthase  36.05 
 
 		 332 aa  183  4.0000000000000006e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.908849  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4560  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  35.33 
 
 		 393 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3706  cystathionine beta-synthase  35.24 
 
 		 459 aa  182  6e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3763  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.81 
 
 		 459 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3360  cysteine synthase A  34.16 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.359843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1444  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.11 
 
 		 371 aa  180  2e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.784398  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1462  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.11 
 
 		 371 aa  180  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.867609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4424  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.67 
 
 		 369 aa  179  5.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.343092  normal  0.282187 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4197  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.67 
 
 		 369 aa  179  5.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4263  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.67 
 
 		 369 aa  179  5.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.651474  normal  0.919062 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1927  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.19 
 
 		 453 aa  177  2e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1822  cysteine synthase A  36.54 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.470327  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0178  cysteine synthase A  38.26 
 
 		 316 aa  175  8e-43  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0627608  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1362  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  34.29 
 
 		 319 aa  175  8e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.314138  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1228  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.33 
 
 		 302 aa  175  9e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3718  cystathionine beta-synthase  35.09 
 
 		 463 aa  175  9.999999999999999e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000446047  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37080  cysteine synthase B  35.48 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2557  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.48 
 
 		 346 aa  174  2.9999999999999996e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4422  cystathionine beta-synthase  34.08 
 
 		 455 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08106  putative cystathionine beta-synthase  29.63 
 
 		 345 aa  173  3.9999999999999995e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.434389  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8566  cystathionine beta-synthase  34.19 
 
 		 456 aa  172  5.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0822  cysteine synthase A  39.34 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.326455 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0154  cysteine synthase K/M/A  35.31 
 
 		 307 aa  172  7.999999999999999e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000054726  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03155  cystathionine beta-synthase  33.12 
 
 		 464 aa  172  9e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.140599  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0964  cysteine synthase B  36.96 
 
 		 297 aa  172  9e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4156  cystathionine beta-synthase  33.77 
 
 		 461 aa  172  9e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.884438 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2538  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.88 
 
 		 352 aa  172  1e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.655107 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3819  cysteine synthase A  32.71 
 
 		 324 aa  172  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10865  cysteine synthase A cysK2  35.29 
 
 		 372 aa  170  2e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109257 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4971  Cysteine synthase-like protein  33.67 
 
 		 379 aa  171  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.551978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4578  cysteine synthase B  34.31 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1694  cysteine synthase A  32.08 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52210  cysteine synthase B  34.97 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.183215 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0488  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.81 
 
 		 456 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0964  cysteine synthase  37.62 
 
 		 320 aa  170  3e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00274794  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4638  cysteine synthase A  32.81 
 
 		 325 aa  170  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000171052 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0166  cysteine synthase family protein  35.45 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2600  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.04 
 
 		 465 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0422691  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3445  cysteine synthase A  36.67 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0865  cysteine synthase  34.67 
 
 		 306 aa  169  7e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0922  cysteine synthase A  36.04 
 
 		 304 aa  169  9e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.107998  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1100  cysteine synthase B  34 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1654  cysteine synthase B  34 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0738123  normal  0.776685 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1255  cysteine synthase B  34 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.152363  hitchhiker  0.00382615 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1442  cysteine synthase  36.88 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593251 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1733  cysteine synthase B  34.23 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217633  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0990  cysteine synthase A  33.22 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  hitchhiker  0.0058381  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4559  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.13 
 
 		 328 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4064  cysteine synthase B  34 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.606315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2500  cystathionine beta-synthase (acetylserine-dependent)  32.33 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0885  cysteine synthase  35.18 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4743  cysteine synthase  35.91 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3398  cysteine synthase A  34.55 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1861  cysteine synthase B  35.22 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1215  cysteine synthase B  33.33 
 
 		 312 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1347  cysteine synthase A  31.68 
 
 		 324 aa  166  5e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0350194 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2103  cysteine synthase  34.44 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0401259  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3460  cysteine synthases  35.33 
 
 		 305 aa  166  5e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3364  cysteine synthase A  35.43 
 
 		 304 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000830673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3752  putative cysteine synthase (O-acetylserine sulfhydrylase) (O-acetylserine (thiol)-lyase) (CSase)  32.61 
 
 		 351 aa  166  5.9999999999999996e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0264452  normal  0.188869 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1589  cysteine synthase  35.55 
 
 		 302 aa  165  8e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.424086  normal  0.274481 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4219  cysteine synthase B  33.67 
 
 		 313 aa  165  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0547109  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4742  cysteine synthase A  31.99 
 
 		 326 aa  165  9e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0899  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.45 
 
 		 371 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0588  cysteine synthase  37.84 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0475794 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3667  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.44 
 
 		 496 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.699338  normal  0.0676519 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2240  cysteine synthase B  34.77 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>